Отныне Шарнхорст стал флагманским кораблём эскадры, а контр-адмирал фон Ингеноль, ещё как младший флагман, вместо капитана 1 ранга Вурмбаха стал возглавлять несение службы на германских восточноазиатских станциях. Лишь после того как нынешний командующий крейсерской эскадры вице-адмирал Коерпер, находившийся в это время на лёгком крейсере Лейпциг в районе о. Сува, 18 мая возвратился в Г ерманию, фон Ингеноль официально стал командующим эскадрой.
В это время в состав базирующейся на Циндао восточноазиатской эскадры, кроме Шарнхорста, входили лёгкие крейсера Лейпциг (1904-06 гг., 3816 т, 10 105-мм, 22,1 уз.) и Аркона (1901-03 гг., 3180 т, 10 105-мм, 21,5 уз.). В дальнейшем в её подчинение вошли канонерские лодки Ильтис, Ягуар, Тигер и Луке (все 1897-1900 гг., 1462-1665 т,два-четыре 88-мм, 13,9-14,8 уз.), речные канонерские лодки Форвартс (1899 г., 406 т, два 50-мм, 11 уз.), Циндао и Фатерлянд
(1902-04 гг., 497 т, одно 88-мм, одно 50-мм, 13 уз.), а также миноносец Таку (1898-1899 гг., 284 т, два 50-мм, два 450-мм ТА, 11 уз.) и S-90.
В июле-августе Шарнхорст совершил поход в район северной группы островов германских восточноазиатских станций, в сентябре посетил порты Жёлтого моря, 18 ноября ушёл в район южной группы станций. Поход прервали в Гонконге, где вместе с лёгким крейсером Лейпциг отпраздновали наступление нового 1910 г.
В конце лета 1909 г. по случаю встречи и переговоров кайзера Вильгельма II с русским царём Николаем II на яхте кайзера Гогенцоллерн в Финском заливе Гнейзенау и лёгкий крейсер Гамбург (1902-04 гг., 3651 т, 10 105-мм, 23,3 уз.) направили туда в качестве кораблей сопровождения.
По итогам 1908-09 гг. Гнейзенау, всё ещё находящемуся в составе флота Открытого моря, удалось завоевать приз кайзера за лучшую артиллерийскую стрельбу среди броненосных крейсеров.
1910 г.
В феврале из состава восточноазиатской эскадры выбыл лёгкий крейсер Аркона и во время возвращения в Г ерманию 9 апреля в Сингапуре встретился с сменившим его более современным лёгким крейсером Нюрнберг (1906-08 гг., 3902т, 10 105-мм, 23,4уз.). С 18 апреля по 31 мая Шарнхорст и Лейпциг совершили поход вокруг Японских о-вов.
Окончательно вступив 27 апреля в состав флота Открытого моря, Блюхер вместо Йорка сразу же стал флагманским кораблем разведывательных сил под командованием вице-адмирала Хейрингена. В её составе, когда не проводились артиллерийские опытовые стрельбы, он обычно использовался как флагманский корабль. Кроме него в состав этого соединения входили: Гнейзенау, лёгкие крейсера Данциг (до 6 июня), затем Майнц, Кёнигсберг, Дрезден, броненосные крейсера Роон (флагманский корабль 2-го флагмана контр-адмирала Бахмана), Йорк, легкие крейсера Берлин, Любек, Штеттин.
6 июня на посту командующего крейсерской эскадрой вице- адмирала фон Ингеноля сменил контр-адмирал Гюлер, а командиром Шарнхорста вместо капитана 1-го ранга Маасса стал капитан 1-го ранга Крафт. Контр-адмирал Гюлер держал свой флаг на Шарнхорсте и вместе с Нюрнбергом 20 июня вышел из базы Циндао в поход в район южных морей, во время которого инспектировали лагерь ссыльных на о. Самоа вблизи Сейпана, затем зашли на атолл Трук и посетили неспокойное Понапе. На о. Апиа 27 июля к отряду присоединился новый лёгкий крейсер Эмден (1906-1909 гг., 4268 т, 10 105-мм, 24 уз.). В дальнейшем посещение островов продолжили как в составе всей эскадры, так и отдельными кораблями. Снова Шарнхорст и Эмден встретилсь в базе Циндао только 17 сентября.
Броненосный крейсер "Гнейзенау". 1909 г. (Наружный вид)
В июле 1910 г. после обычных летних учений состоялся заграничный поход флота Открытого моря в воды Норвегии. Осенью последовали значительные изменения в составе командования разведывательных сил. Командующим назначили контр-адмирала Бахмана, 2-м флагманом контр-адмирала графа фон Шпее, поднявшего свой флаг на борту Йорка. Кроме того, 9 сентября Гнейзенау вывели
из состава разведывательного соединения, планируя присоединить его к базирующейся в Восточной Азии крейсерской эскадре. После ввода в состав Гранд- флита трёх первых линейных крейсеров для флота Открытого моря Гнейзенау также оказался недостаточно боеспособным. К этому времени германские колониальные территории оказались слабо охраняемыми, особенно это относилось к Восточной Азии.
10 ноября Гнейзенау с новым командиром капитаном 1-го ранга фон Усларом из Вильгельмсхафена отправили в Восточную Азию. После отдачи почестей на кладбище в Малаге (Испания) экипажу затонувшего в шторм 16 декабря 1900 г. одноимённого крейсер-фрегата Гнейзенау, крейсер через Порт-Саид и Суэцкий канал перешёл в Коломбо, где 12 декабря поджидавший его кронпринц Вильгельм со своей свитой перешёл на корабль. Высокие гости покинули Гнейзенау в Бомбее, чтобы после посещения Калькутты в Дакке в устье р. Ганг снова подняться на его борт. Но к тому времени во многих планируемых для посещения портах Индии выявились случаи заболевания лёгочной чумой, и кронпринц по приказу кайзера прервал путешествие и вернулся в Германию.
Шарнхорст, завоевавший по итогам 1909-10 гг. приз кайзера за лучшую артиллерийскую стрельбу (артиллерийский офицер капитан-лейтенант Пауль Шредер), 25 ноября направился на подходы к Нанкину и Гонконгу.