Правда, в некоторых неудачах армии принято считать наличие доли вины самого Сен-Сира. Из-за сложного и несговорчивого характера его отношения с Моро, командующим Рейнской армией, испортились. Одной из главных причин стали разные взгляды на тактическое взаимодействие между отдельными армейскими корпусами, куда входили пехота, кавалерия и артиллерия. Сен-Сир, получивший под свое командование столь мощный корпус, полагал, что теперь как командир столь крупного соединения имеет право на большую самостоятельность в своих действиях. В итоге разногласия между двумя генералами не утихали ни на минуту и закончились открытым разрывом. Как результат в сражениях при Энгене и при Мескирхе, в которых Моро пришлось столкнуться с огромными трудностями, Сен-Сир не принял активного участия и появлялся на поле боя лишь в самом конце боев, когда повлиять на результат уже было невозможно. Штабные офицеры Моро открыто обвинили Сен-Сира в предательстве и нежелании действовать сообща. Гувьон, оскорбленный такими речами, прекратил «сотрудничество» с армией Моро и ограничился руководством только своим корпусом.
…Между прочим, принято считать, что уже тогда отчетливо проявилась одна очень серьезная черта характера Сен-Сира – независимость не только в своих суждениях, но и независимость во всем, даже если это касается ведения войны. Очевидно, что его «опоздание» во время сражения при Мескирхе спасло австрийцев от полного разгрома. Оправдываясь, Лоран говорил лишь одно: он не получал никаких приказов, несмотря на твердые уверения Моро в том, что приказы ему направлялись. Никакие доводы ни Моро, ни офицеров штаба не действовали на Сен-Сира. Гувьон был непреклонен в своей позиции и заставить его изменить свою точку зрения было нереально. Если он в чем-то был уверен, то переубедить его не удавалось. В подтверждении собственной правоты Лоран мог приводить все новые и новые доводы. Нужен был вышестоящий человек, чей авторитет был бы непререкаем, чья сила духа и воли, чей магнетизм подавлял бы на столько, чтобы Гувьон согласился бы выполнять все отдаваемые ему приказы беспрекословно. Как показала практика только гений Бонапарта (да и то не всегда!) справлялся со строптивцем Сен-Сиром. Так, получив как-то от Массена известие о назначении его на должность командующего Неаполитанской армией, Лоран открыто счел подобное решение неразумным. Более того, Сен-Сир отправился в Париж, чтобы окончательно прояснить ситуацию, получив инструкции непосредственно у самого Наполеона. Однако Бонапарт не стал вникать в детали, и, тем более, выслушивать аргументы своего известного упрямством подчиненного. Рассказывали, что он по-армейски просто сказал генералу, что если через два часа карета последнего не будет на дороге, ведущей из Парижа в Неаполь, то еще до полудня его «расстреляют на Гренельском поле». Бонапарт умел столь беспрекословно и аргументировано отдавать приказы, сопровидив их своим почти немигающим взором серо-стальных глаз из-под нахмуренных бровей, что даже строптивый Сен-Сир счел за благо немедленно последовать его приказу и невероятно быстро покинул столицу Франции в южном направлении. Холодный ум Лорана быстро просчитал, что хуже угрозы военным трибуналом для военных не бывает: после него следует приказ расстрельной команде, которая крепко знает свое незамысловатое дело! В общем, то ли – быль, то ли – все же небыль… Другое дело, что в армии – без армейских баек не бывает…
Но уже несколько дней спустя после «неувязочки» -«непонятки» под Мескирхом Лоран в блестящем стиле разбил противника у Бибераха. Австрийцы после сражения при Мескирхе отступили так быстро, что генерал Моро не рассчитывал настигнуть их на следующий день. Именно Сен-Сир получил приказ поспешать к Бибераху, небольшому городку, лежащему на путях отхода австрийцев. Однако, прибыв туда, Сен-Сир обнаружил не отступающих в беспорядке австрийцев, а, наоборот, наступающего противника, который перешел обратно Дунай и собирался оборонять городок из-за больших складов, находящихся там. Австрийский командующий расположил часть своих войск на дороге, ведущей к Бибераху, а основные силы позади города – на главенствующих высотах. Гувьон быстро определил все несомненное превосходство позиций австрийцев и остановился, не решаясь атаковать их своими численно уступавшими силами. По началу он собирался дождаться подхода дивизии Нея, но та словно сквозь землю провалилась. Но выход из тупика все же нашелся: оказалось, что на подходе другая французская дивизия – генерала Ришпанса. Лоран мгновенно сориентировался и, задействовав эти войска, предпринял наступление на передовые части австрийцев, оборонявшие дефиле. Атака получилась на загляденье красивой и эффективной: противник был смят и отброшен к высотам.
Теперь предстояло взять сильные позиции врага за городом. Здесь за рекой Рис и болотом, на высотах чуть ли не 60 тыс. солдат противника стояли в боевом порядке. Какое-то время Сен-Сир размышлял, где лучше всего нанести главный удар. Тем более, что у него было всего лишь чуть более 20 тыс. человек, а «окопавшийся» противник превосходил его почти в трое! Во все времена для штурма укрепленных позиций врага такое соотношение сил считалось губительным, а последствия атаки более чем туманными! И все же, взвесив все «за и против» и, найдя-таки слабые места в построении австрийцев, Лоран решился на атаку. Перейдя реку и болото и приблизившись к высотам, он, разделив свои силы на три колонны, быстро пошел на противника. Все было взвешенно и продуманно. Будучи одним из самых способных тактиков во французской армии, Сен-Сир, видел, что на одной чаше весов были численное превосходство и нерешительность, на другой – решимость, храбрость и вера в успех. Несмотря на плотный артиллерийский и ружейный огонь австрийцев, французы упорно шли на штурм высот. Действия Сен-Сира были столь стремительны и точно рассчитаны, что противник оказался опрокинут и пустился в паническое бегство.
После завершения Рейнской кампании 1796 г., закончившейся для французов неудачей и отставкой Моро, между боевыми соратниками произошла размолвка. Считается, что причина могла заключаться категорическом отказе Сен-Сира от участия в некой политической интриге, вроде бы задуманной Моро.
Эстет по натуре, Сен-Сир увлекался военным искусством как таковым и ничему больше не хотел отдавать предпочтения и тем более – ввязываться в непонятные и неприятные ему политические интриги. Суть дела заключалась в том, что в руках Моро случайно оказалась тайная переписка генерала Пишегрю с французскими эмигрантами. Но Моро скрыл захваченные у врага письма, решив использовать полученную информацию в собственных интересах. С этой целью он попытался привлечь на свою сторону Сен-Сира, предложив ему выработать совместный план действий. Но тот ответил, что его дело как солдата сражаться с врагами на поле боя, а не заниматься политическими интригами, и покинул армию.
Прибыв в Париж, Сен-Сир около года оставался не у дел. Лишь осенью 1797 г., после окончания войны и заключения 17 октября того года Кампоформийского мира, он был назначен командующим французскими войсками в Риме. На этом посту он должен был сменить генерала Массена, который своими действиями вызвал сильное недовольство солдат и офицеров, грозящих поднять мятеж. Страсть к накопительству, которую почти единодушно отмечали у Массена современники, не способствовала популярности этого генерала в войсках, которыми ему было поручено командовать. Случалось, что он, порой, буквально вымогал у своих солдат деньги и трофейные ценности, если узнавал, что они у них есть. Лихоимство старого контрабандиста в Риме и его окрестностях, вызвало настоящее возмущение, а войска и вовсе отказались выполнять любые его приказы. Оставлять подобного командующего в войсках, доведенных до отчаяния вороватостью армейских поставщиков, с которыми Массена всегда жил душа в душу, означало играть с огнем. Директория не рискнула усугублять ситуацию и отозвала генерала во Францию, заменив его Сен-Сиром.