Прибыв к своему новому месту службы 26 марта 1798 г., новый командующий всего за четыре дня благоразумными мерами дал всем понять «кто в доме хозяин» и немедленно арестовав всех недовольных офицеров, успокоил войска и восстановил дисциплину.
Правда, вскоре по причине подковерных интриг «сильных мира сего», связанных с армейской коррупцией, Сен-Сира смещают с должности и отзывают в Париж, передав командование назначенному вместо него генералу Ж. Макдональду. С тех пор Сен-Сир затаил глубокую обиду на этого генерала (затем маршала Франции), хотя тот никакого отношения к смещению своего предшественника с должности не имел.
Покидая Рим, Сен-Сир был уверен, что его военная карьера закончилась. Но он ошибся. Когда в конце 1798 г. образовалась Вторая антифранцузская коалиция европейских держав против республиканской Франции Сен-Сир снова понадобился – тем более, что значительная часть французских генералов во главе с Бонапартом увязла на востоке – в Египте.
Директория отправила его командовать дивизией в армию, которая сосредоточивалась на Рейне, в районе Майнца. Но в начале 1799 г. он был переведен в Дунайскую армию (генерал Ж. Журдан), где командовал сначала дивизией, а затем корпусом. Участвовал в сражении при Остерахе (21 марта 1799 г.), а через 4 дня отличился в другом сражении – при Штокахе (25 марта 1799 г.). Однако вскоре чрезмерная осторожность, а порою и нерешительность командующего армией, вызвала резкое недовольство Сен-Сира. Разногласия с Журданом по оперативным вопросам явились причиной, заставившей его покинуть Дунайскую армию. Сославшись на болезнь (Сен-Сир никогда не отличался крепким здоровьем – и это правда!), он подал в отставку и уехал в Париж.
Пока генерал Бонапарт воевал в Египте и Сирии, монархические державы развернули боевые действия не только в Германии, но и в Северной Италии. Причем, в последней обстановка для французов приобрела катастрофический характер. «Русский Марс» во главе русско-австрийской армии победоносно двигался к границам Франции, уничтожая плоды блестящих побед Бонапарта в 1796—1797 гг. В июне 1799 г. Сен-Сир был призван на службу и получил назначение в Итальянскую армию генерала Жубера (потом – Моро), действующую против «неистового старика Suvaroff», где возглавил одну из ее дивизий. Он прибыл туда накануне сражения у Нови [4 (15) августа 1799 года], в котором принял участие.
В том знаменательном для Суворова сражении (оно оказалось последним крупным сражением в его победоносной военной биографии!) Сен-Сир, отвечавший за центр французской позиции, сумел продемонстрировать все свое незаурядное тактическое умение в обороне и столь присущую ему выдержку. Лишь в шестом часу вечера, когда австрийцам Митровского из корпуса Меласа все же удалось обойти правый фланг французов и отвлечь туда внимание, срочно заступившего «на капитанский мостик» после гибели в самом начале битвы от шальной пули Жубера, Моро, в ходе боя случился перелом в пользу союзников. В отчаянном штыковом бою, неся большие потери, солдатам Дерфельдена и Багратиона наконец удалось прорвать в центре оборону Лорана Гувьона Сен-Сира и ворваться в Нови. У французов не осталось резервов и они не могли сдерживать неприятеля. Быстро оценив ситуацию, генерал Моро – признанный мастер «искусных ретирад» – немедленно отдал приказ к отступлению. Несмотря на поражение французов, арьергард под командованием Сен-Сира стойко противостоял русско-австрийской армии, давая возможность основным силам спокойно отойти. Примечательно, что лишь его сравнительно организованно отступившим солдатам удалось оторваться в горы от наседавших казаков с наименьшими потерями. Там Сен-Сир энергично занялся приведением в порядок разбитых войск и реорганизацией утративших боеспособность частей, что он проделал с успехом и в короткий строк. А вот будущие наполеоновские маршалы Периньон и Груши тогда попали в плен!
В конце 1799 г. он нанес серьезное поражение австрийцам при Кони (под Генуей), что позднее был награжден почетной саблей.
В январе 1800 г. Первый консул Французской республики Наполеон Бонапарт назначил Сен-Сира заместителем командующего Рейнской армией генерала Моро. Возглавляя непосредственное руководство одним из корпусов этой армии, он сыграл важную роль в достижении успеха в сражениях при Энгене (3 мая 1800 г.) и Биберахе (8 мая 1800 г.). В боевых действиях на завершающем этапе кампании 1800 г. в Германии, возобновившихся в конце ноября после истечения срока 4-месячного перемирия, и в знаменитом сражении при Гогенлиндене (3 декабря 1800 г.), вопреки утверждениям некоторых источников, Сен-Сир уже не участвовал.
Потом в его послужном списке была дипломатическая работа. В 1801 г. Сен-Сира направили вместо Люсьена Бонапарта французским послом при испанском дворе.
Когда в мае 1804 г. во Франции была установлена империя, то по этому случаю императору Наполеону от всех французских армиях были посланы поздравления. Но в адресе, прибывшем из Неаполя, где в ту пору служил замкомандующим Сен-Сир, подписи последнего не было. Придерживавшийся твердых республиканских взглядов, он не одобрял введения монархической формы правления во Франции. Хотя Сен-Сир открыто и не выступил против этого, но свое негативное отношение выразил тем, что демонстративно отказался поставить свою подпись на адресе, отправленном в Париж от имени Неаполитанской армии. Свой поступок он объяснил тем, что армия должна сражаться с внешним врагом, а не заниматься политикой.
Этот самодостаточный чертежник, инженер и актер недолюбливал Наполеона (как, впрочем, недолюбливал и практически всех маршалов) и совершенно не беспокоился о том, что он (они) об этом знают. Просто он всю свою жизнь спокойно занимался тем делом, что было ему на данный момент интересно. И этой своей манере бытия Сен-Сир не изменил до конца своих дней.
Этот демарш Сен-Сира, конечно, не мог понравиться Наполеону и в 1804 г. Сен-Сир маршальского жезла, в отличие от того же Периньона (военного, ну очень скромного дарования!), не получил. Можно, конечно, сказать, что просто тогда его время еще не наступило. Но и на торжествах по случаю коронации Наполеона Сен-Сир то же не присутствовал.
И, тем не менее, ценя способного генерала, Бонапарт сделал вид, что ничего особенного не произошло и даже пожаловал ему командорский крест ордена Почетного легиона, а вслед за тем в июле 1804 г. назначил генерал-полковником кирасиров, что было очень престижно, поскольку эта должность была в единственном экземпляре. А в феврале 1805 г. в числе других высших военачальников Сен-Сир был удостоен высшей награды наполеоновской Франции – Большого креста ордена Почетного легиона.
Затем Сен-Сира назначили командующим неаполитанской армией. В Неаполе он прослужил вплоть до начала кампании 1805 г. против очередной антифранцузской коалиции. В той кампании Лоран Гувьон очень умело командовал корпусом в Итальянской армии генерала Массена против австрийских корпусов генерала Елачича и принца Рогана. После разгрома и пленения австрийской армии Макка у Ульма, основные силы Наполеона устремилась вслед за отступающей русской армией Кутузова. В этот момент на Итальянском театре военных действий австрийские войска принца Рогана стремились прорваться к Венеции. Сен-Сир вышел навстречу и в тяжелом бою при Кастельфранко сумел победить противника, а во время преследования и вовсе вынудил его капитулировать. Старый австрийский кавалерийский полковник, отдавая французскому генералу драгунский палаш, не пряча слез, произнес: «Я чувствую, что у вас не так уж много сил». Сен-Сир невозмутимо молчал. У него действительно был под рукой всего лишь один польский батальон – 800 солдат!