Найденные в результате работ остатки жилищ и вошедшие в коллекцию средневековая красно-глиняная керамика, монеты, шпора, фрагменты китайской и ордынской керамики проливают свет на великокняжеский период истории Коломенского.
В XIII – начале XVI века на нынешней Вознесенской площади, к востоку от Полковничьих палат XVII века было расположено кладбище села Коломенского. Археологи изучили около 200 погребений. В собрание музея поступили четыре белокаменных надгробия, нательный крест, со-суды для елея, монета «пуло тверское», керамические поливные плитки пола. Изучение некрополя позволило судить о численности населения, проживающего в селе, об особенностях погребального обряда в раннемосковское время, половозрастной и социальной характеристике погребённых.
Верхняя дата существования кладбища соответствует времени окончания постройки наибо-лее известного памятника Коломенского – церкви Вознесения Господня. Многочисленные архео-логические изыскания, проведённые в церкви и её окрестностях в течение ряда лет, пополнили музейный фонд образцами белокаменного декора, фигурного и клеймёного кирпича, позволили судить о масштабах, времени сооружения и перестройках этого памятника и его архитектурно-строительных особенностях.
В фонде хранится богатая коллекция фрагментов белокаменного декора церкви Вознесения. В нём доминирует библейская орнаментальная символика – плоды и ветви растений, виноградные лозы. Фрагменты декора являются частью утраченных вскоре после завершения постройки внешних украшений церкви Вознесения.
По фрагментам можно графически реконструировать первоначальный облик церкви.
С возведением церкви Вознесения открывается новый период в развитии Коломенского как царского села. Активная застройка здесь начинается в середине XVII века. Наблюдения и архео-логические раскопки позволили точно выявить расположение построек. Известны границы фун-даментов «восьмого чуда света» – деревянного дворца царя Алексея Михайловича, Кормового и Хлебного дворов, стрелецких караулен. На протяжении многих лет археологическая коллекция пополняется предметами XVII века, позволяющими представить внешний вид дворца, внутреннее убранство дворцовых помещений, известное только по отрывочным и противоречивым письменным источникам, интерьеры хозяйственных построек, быт людей. Это фрагменты слюдяных окон и железного декора, печные изразцы, кирпичи с клеймами, дверные и оконные крепления, засовы и замки, кованые гвозди, пуговицы, нательные кресты, керамика и многое другое.
Эпоха XVIII века в собрании музея представлена большим количеством монет, штофного стекла, западным и российским фарфором, столовой керамикой разнообразной формы, фрагмен-тами оружия и военной амуниции (свинцовые пули, картечь, чугунные ядра, оружейный кремень, пуговицы от мундиров), курительными «турецкими» трубками. Всё это помогает детально представить быт и хозяйство угасающей летней резиденции российских царей.
Большая коллекция глиняных курительных трубок, произведённых в Москве или привезён-ных из-за рубежа, интересна своим оформлением и клеймами, позволяющими определить мастер-скую и время изготовления каждого предмета.
В музее хранится и частью экспонируется коллекция предметов из раскопок в Свято-Даниловом монастыре, переданная доктором исторических наук Л. А. Беляевым. Она включает более двух тысяч предметов, датирующихся X–XIX веками. Это полные формы и фрагменты ке-рамики и изразцов, а также стеклянные и фарфоровые сосуды, ювелирные украшения, нательные кресты, пуговицы, стеклянные бусины и другие предметы.
Особого внимания заслуживает представительное собрание крестов-тельников, выполнен-ных литьём по восковой модели из меди, иногда с последующей инкрустацией перегородчатой эмалью. Отдельная часть крестов изготовлена из низкопробного серебра и золота. Материал ис-полнения и манера украшения дают представление о социальном положении владельца, а также указывают на характерные черты развития русского ювелирного искусства XVI–IX веков.