В 1950-е годы был сожжён деревянный храм Ильинского скита на острове Лембос. Погибли Назариевская пустынь и около 20 деревянных часовен на островах. От строений Коневского скита к середине 1950-х годов остались только фундаменты. Церковь, перевезённую на центральную усадьбу, приспособленную под кормокухню и осквернённую, позже также уничтожил пожар.
Последняя, Покровская часовня, как и многие другие, сгорела не во время военных действий, а в мирное лето 1982 года (ныне, как и Владимирская, отстроена заново). Изуверское отношение к святыням не прошло бесследно, многие из тех, кто разрушал их, постепенно теряли человеческий облик. Очень точно заметил бывший игумен монастыря (с июля 1990) Андроник (Трубачёв), что впервые источником разрушения обители стали «не войны противоборствующих держав, а разорение собственного гнезда, самоопустошение и самоистребление».
В 1965 году власти, организовав на острове природный заказник, решили дать Валааму но-вую жизнь. Были и другие попытки. В 1979 году природный заказник был преобразован в историко-архитектурный и природный музей-заповедник, в связи с чем некоторым зданиям был придан статус памятников. Предполагались устройство туристического аттракциона с канатной дорогой и аэродромом, в соборе – зала органной музыки, строительство нового посёлка на 1000 жителей. По милости Божьей, этим планам не суждено было сбыться.
Конец 1980-х годов стал первым этапом в восстановлении обители, бывшей когда-то стол-пом православной веры на севере России. По инициативе митрополита Ленинградского и Новго-родского Алексия (впоследствии Патриарха Московского и всея Руси, священноигумена Валаам-ского монастыря Алексия II) 18 сентября 1989 года Совет министров Карелии решил «передать в пользование» Ленинградской епархии Спасо-Преображенский собор с внутренним каре и распо-ложенные рядом скиты, кроме Воскресенского и Гефсиманского. Наместником обители был определён архимандрит Виктор (Пьянков), впоследствии епископ Подольский.
Первые шесть насельников – иеромонахи Варсонофий, Геронтий, Фотий, иеродиакон Сера-фим, послушники Леонид и Вадим (ныне иеросхимонах Варахиил) – прибыли на остров в ночь на 14 декабря 1989 года и разместились в бывшем изоляторе дома инвалидов («Морской дом»).
С приездом монахов постепенно затеплилась духовная жизнь на острове. Возобновились службы в нижнем храме во имя преподобных Сергия и Германа. Одновременно начались мона-стырские реставрационные работы. 25 мая 1990 года, на Вознесение Господне, митрополит Ле-нинградский и Новгородский Алексий освятил главный престол нижнего собора. Новое важное для обители решение о возвращении всех храмовых и административно-хозяйственных зданий было принято Верховным Советом Карелии в 1990–1991 годах.
С 1990 года Валаамский монастырь получил статус ставропигиального, то есть он перешёл в непосредственное ведение священноигумена, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Несмотря на свою занятость, святейший патриарх почти ежегодно отмечал день памя-ти преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, торжественным богослужением в Спасо-Преображенском соборе. Во время посещения Валаамского монастыря Его Святейшество подробно знакомился с жизнью братии, как в монастыре, так и в скитах, беседовал с братией.
С января 1993 года монастырскую братию возглавляет игумен Спасо-Преображенского Ва-лаамского монастыря архимандрит Панкратий (Жердев), ранее состоявший в братии Свято-Троицкой Сергиевой лавры на послушании эконома. Братия за это время значительно возросла, теперь она составляет около 150 человек. Возрождаются традиции Валаамского трудового мона-шества: строительство и реставрация, флот, сельское хозяйство, автохозяйство, камнерезное, куз-нечное и свечное производства, издание духовной и церковно-исторической литературы.
В мае 1991 года братия обители обрели великое духовное сокровище – нетленные благо-ухающие мощи валаамского подвижника благочестия иеросхимонаха Антипы.