20 сентября 1941 года, после проведённой воздушной разведки, на остров высадились фин-ские войска. Сразу начались работы по укреплению обороны острова: привезены артиллерийские орудия, на мысу Чёрный Нос установили новую батарею. Части, дислоцированные на Валааме, не принимали участия в военных действиях. В 1941–1944 годах не было и бомбардировок острова. Лишь дважды на протяжении войны советские корабли приближались к Валааму, но каждый раз поворачивали назад прежде, чем попали под удар артиллерии.
22 ноября 1941 года игумен Харитон послал пять иноков во главе с иеромонахом Филагрием для приведения в порядок Валаамского хозяйства. Во время военных действий иноки несколько раз побывали в монастыре. 20 июня 1944 года они вновь, после очередного посещения, должны были покинуть родную обитель, и на этот раз навсегда. Военные подразделения финской армии, общая численность которых составляла не менее 2000 человек, покинули архипелаг 19 сентября 1944 года. Некоторые финские фортификационные сооружения до сих пор напоминают о тех трагических днях в истории острова.
С 1945 по 1957 год Ново-Валаамский монастырь находился в юрисдикции Русской право-славной церкви, после чего Ново-Валаамская обитель была передана финской церкви. В связи с этим по ходатайству митрополита Новгородского и Ленинградского Григория (Чукова), власти Советского Союза разрешили валаамским инокам вернуться на родину. Семь монахов с Нового Валаама стали насельниками Псково-Печерского монастыря.
…Шло время, и к середине 1970-х годов на Новом Валааме осталось только два русских инока: архимандрит Симфориан (1892–1981) и монах Акакий, умерший в 110-летнем возрасте в 1984 году. С их кончиной завершилась история русского Нового Валаама, который теперь насе-ляют монахи-финны, их общину возглавил игумен Пантелеймон (ныне митрополит). Богослуже-ния в обители с 1977 года совершаются на финском языке и по новому календарному стилю. На Новом Валааме, а также в городе Куопио, где находится единственный в Западной Европе музей Православной церкви, хранятся многие святыни, вывезенные с Валаама ещё в 1940 году: рака преподобных Сергия и Германа, иконы, Евангелия, предметы церковной утвари. К 800-летию православия в Финляндии на Новом Валааме был воздвигнут каменный, в новгородском стиле, Спасо-Преображенский собор. Построен он был на средства общества друзей Нового Валаама по проекту финского архитектора русского происхождения И. Н. Кудрявцева и был освящён 5 июня 1977 года. Братию, численностью 14 человек, ныне возглавляет архимандрит Сергий.
Старый же Валаам на долгие годы был обречён на забвение. Осенью 1944 года на опустев-ший остров прибыли несколько девушек, бойцов тылового подразделения, для обеспечения фрон-та молочными продуктами. Для Валаама начиналась новая жизнь: без церквей и службы, без ко-локольного звона и молитвы, жизнь суетная и хлопотливая. В 1949 году на острове был создан совхоз. В течение тридцати двух лет (1952–1984) здесь находился дом-интернат для инвалидов войны и престарелых. Стремительно, буквально за несколько десятилетий, беспощадно было раз-рушено то, что создавалось веками. Монастырские здания, представляющие собой уникальный по архитектуре ансамбль, даже формально не состояли под государственной охраной.
В Спасо-Преображенском соборе из-за конденсата и протечек кровли осыпалась живопись. В нижней церкви собора, где когда-то иноки преклоняли колена пред мощами великих Валаамских подвижников, хранились овощи. В алтаре Успенской церкви открыли магазин. В Воскресенском скиту обосновалась туристическая база. «На кирпич разбирались каменные скиты, а деревянные использовались как легкодоступное топливо», – пишет современный автор В. Р. Рывкин. По воспоминаниям островитян, «директор дома инвалидов разбирал и сжигал деревянные часовни – отапливал ими свинарник и коровник; председатель сельсовета жёг старые церковные книги и иконы». В 1950-е годы был сожжён деревянный храм Ильинского скита на острове Лембос.