Переход к самым решительным методам борьбы с противниками большевиков был закреплен постановлением Совнаркома «О красном терроре», принятом 5 сентября 1918 г. по докладу Дзержинского. В постановлении говорилось: «подлежат расстрелу все лица, прикосновенные к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам; <> необходимо опубликовать имена всех расстрелянных, а также основания применения к ним этой меры».
Сразу же после покушения на Ленина по всей стране начались взятие заложников и массовые расстрелы. Большевистское руководство стремилось не только уничтожить контрреволюционеров, но и устрашить потенциальных противников власти.
Но уже 6 ноября 1918 г., ввиду позитивных изменений на фронтах гражданской войны, VI Всероссийский Чрезвычайный съезд Советов принял постановление «Об амнистии». В этом документе говорилось об освобождении из мест заключения всех тех, кому в течение двух недель со дня ареста не было или в дальнейшем не будет предъявлено обвинение в непосредственном участии в заговоре, в подготовке его, в организации белогвардейских сил или в содействии тем партиям, которые встали на путь вооруженной борьбы против Советской власти. Карательным органам предписывалось немедленно предоставить свободу всем заложникам, кроме тех, временное задержание которых необходимо как условие безопасности советских людей, попавших в руки врагов. У местных ЧК вообще изымалось право взятия заложников. Оно было сохранено только за центральным аппаратом ВЧК.
В печати приводятся различные цифры репрессированных органами ВЧК. В 1920 г. Лацис обнародовал официальные данные, из которых следовало, что в 1918 г. было арестовано 47 348 чел., расстреляно 6185 чел., посажено в тюрьмы 14829 чел., в концлагеря 6407 чел., взято заложниками 4068 чел.
Красный террор нельзя объяснить лишь как ответную меру на террор белый, размах которого тоже был достаточно широк. По данным НКВД, в тринадцати губерниях белогвардейцы за последние 7 месяцев 1918 г. расстреляли 22780 человек. Причины красного террора коренились прежде всего в стремлении большевиков во что бы то ни стало удержаться у власти и реализовать свою идеологическую доктрину. Одним из факторов столь масштабных репрессий явилась профессиональная неподготовленность многих чекистов, слабость агентуры и неизжитое еще революционно-идеалистические предубеждение перед использованием сколько-нибудь тонких методов оперативно-розыскной работы, секретных сотрудников.
Здесь необходимо отметить, что после революции 1917 г., в результате ослабления власти в центре и на местах масштабно проявилась стихия массовых народных движений, которые по большей части не исходили из программных установок каких-либо политических партий. Радикальные проявления активности народных масс, связанные в определенной степени с процессом терроризирования несогласных с теми или иным решениями местных органов управления или просто зажиточных граждан, конечно, еще требуют глубокого изучения. Но уже сегодня проявилась положительная тенденция на смену актуальным в 1990-х годах морализующим (и публицистическим по сути своей) рассуждениям об ужасах «красного» террора, основанным, как правило, на штампах антисоветской пропаганды (от С. Мельгунова до А. Солженицина), приходят конкретно-исторические исследования о терроре, как форме политической борьбы в революционную эпоху. Наряду с изучением «красного» террора исследователи активно работают над темой о «белом» терроре. Думается, что без внимания историков не останется и фактор разнузданной в те годы преступности во всех ее видах, включая убийства людей под видом проведения «красного» или «белого» террора.
В мартеапреле 1919 г. началось наступление Колчака, а затем летом и осенью 1919 г. деникинское наступление. Обстановка резко осложнилась, что стало причиной восстановления прежних прав ВЧК на репрессии.
24 апреля 1919 г. ВЦИК принял дополнение к Положению о ЧК. Право вынесения приговоров по всем делам, возникающим в чрезвычайных комиссиях, предлагалось передавать реорганизованным трибуналам. Однако, при наличии вооруженных выступлений (контрреволюционных или бандитских) за ЧК сохранялось право пресечения преступлений путем непосредственной расправы. Такое же право сохранялось за ЧК в местностях, объявленных на военном положении. Кроме того, ВЧК предоставлялось право заключения в концентрационный лагерь.
Постановление ВЦИК от 16 июня 1919 г. определило организацию лагерей принудительных работ, которая возлагалась на губернские чрезвычайные комиссии. Во всех губернских городах полагалось открыть лагеря, рассчитанные не менее чем на 300 человек каждый. С разрешения НКВД такие лагеря могли открывать и в уездах. Заключению в лагеря подлежали те категории лиц, в отношении которых были вынесены постановления ЧК, революционных трибуналов и народных судов.
20 июня ВЦИК наделил чекистские органы в местностях, объявленных на военном положении, правом на непосредственную расправу (вплоть до расстрела). Ею карали за принадлежность к контрреволюционной организации и участие в заговоре против Советской власти; государственную измену и шпионаж; укрывательство изменников и шпионов; сокрытие в контрреволюционных целях оружия; подделку денежных знаков; подлог в контрреволюционных целях; организацию поджогов и взрывов; умышленное истребление или повреждение железнодорожных путей, мостов и других сооружений, телеграфного сообщения, воинских и продовольственных складов; бандитизм (участие в шайке, созданной для убийств, разбоя и грабежей), разбой и вооруженный грабеж; торговлю кокаином. 26 сентября 1919 г., в связи с гибелью и ранениями большой группы активистов московской большевистской организации при взрыве партийного клуба в Леонтьевском переулке, (организаторами которого были анархисты подполья) ЦК РКП(б) постановил: «...не объявляя официально массовый красный террор, поручить ВЧК фактически его провести».