Не имея реального контроля за деятельностью Всероссийской чрезвычайной комиссии, глава НКЮ и ЦК ПЛСР потребовали ввести в ее состав левых эсеров. Этот вопрос был вынесен на рассмотрение СНК. 8 января 1918 г. Совнарком утвердил четырех членов ВЧК от левых эсеров: П. А. Александровича (он стал товарищем председателя комиссии), М. Ф. Емельянова, Д. В. Волкова и П. Ф. Сидорова. В марте 1918 г. левые эсеры составляли 7 из 21 члена коллегии ВЧК, т. е. треть ее членов.
Включение левых эсеров в Чрезвычайную комиссию стало поворотным моментом во взаимоотношениях ВЧК с НКЮ, да и в целом с партией левых социалистов-революционеров. Тем не менее, сразу разногласия устранить не удалось, как в силу того, что левые эсеры не успели еще освоиться с новым для них положением ВЧК, так и из-за позиции Дзержинского, который был настроен на решительное ужесточение борьбы с контрреволюцией и расширение полномочий ВЧК.
Тем временем резко обострилась ситуация на фронте. 21 февраля 1918 г. в связи с немецким наступлением Совнарком издал декрет воззвание «Социалистическое отечество в опасности!». Он обязывал Советы, другие организации направлять все силы на дело «революционной обороны», уничтожать при отступлении советских войск пути сообщения, продовольствие, имущество, провести мобилизацию и т. д. 8 пункт декрета гласил: «Неприятельские агенты, спекулянты, громилы, хулиганы, контрреволюционные агитаторы, германские шпионы расстреливаются на месте преступления».
23 февраля 1918 г. ВЧК опубликовала сообщение о том, что она, основываясь на декрете Совнаркома, будет использовать такой метод борьбы как расстрел. Комиссия доводила до сведения граждан, что если до сих пор она была великодушна к «врагам народа», то теперь, когда «гидра контрреволюции наглеет с каждым днем, ВЧК не будет знать пощады к противникам Советской власти. <...> Все неприятельские агенты и шпионы, контрреволюционные агитаторы, спекулянты, организаторы восстаний, продавцы и скупщики оружия..., будут беспощадно расстреливаться отрядами комиссии на месте преступления».
Хотя декрет «Социалистическое отечество в опасности!» и предусматривал расстрел на месте преступления, тем не менее, до лета 1918 г. чекистскими органами в центральной России он применялся сравнительно не часто. Всероссийская ЧК вообще использовала свое право на расстрел лишь единожды и то в отношении не контрреволюционера, а бандита, прикрывавшегося поддельным удостоверением чекиста. Факты массовых расстрелов, расправ с офицерами и юнкерами имели место главным образом там, где шли вооруженные столкновения, особенно на юге России. Что же касается Петрограда, Москвы, других крупных городов и губернских центров, то здесь расстрелу подвергались прежде всего бандиты, грабители и крупные спекулянты. К политическим противникам Советской власти эта мера официально применялась редко. В целом за первые семь месяцев своего существования ВЧК официально приговорила к смертной казни 27 человек.
Между тем, обстановка в Советской России накалялась, Гражданская война приобрела глобальный характер. Для того, чтобы удержаться у власти большевики предпринимают самые решительные меры. 5 июля 1918 г. на V Всероссийском съезде Советов многие депутаты потребовали применение массового террора против врагов Советской власти. Одновременно вводились такие меры борьбы, как заложничество, изоляция «контрреволюционных элементов» в концентрационные лагеря. Право брать заложников и арестовывать их было предоставлено ВЧК и ее местным органам. Вместе с тем, эти меры в значительной мере были вызваны обстановкой ожесточенной Гражданской войны. Кстати говоря, к подобной тактике активно прибегали и противники большевиков представители «Белого движения».
Выполняя правительственные директивы, ВЧК безусловно играла ключевую роль в развертывании жестких репрессий. 15 июня 1918 г. ВЧК принимает решение о создании «тройки» из представителей партий большевиков и левых эсеров с полномочиями решать вопросы о расстреле. Членами «тройки» были утверждены Дзержинский, Александрович и Лацис, заместителями Фомин, Ильин и Петерс. Приговоры «тройки» о расстреле должны были быть утверждаемы только единогласно.
Но сконструированная таким образом «тройка» не способна была выполнять карательные задачи. Входившие в нее левые эсеры стояли на принципиально иной позиции в вопросе о применении высшей меры наказания, ссылаясь на директивы своей партии. Ситуация изменилась после июльского выступления левых эсеров в Москве, когда все сотрудники ВЧК из их числа были исключены из состава Комиссии.
Но сконструированная таким образом «тройка» не способна была выполнять карательные задачи. Входившие в нее левые эсеры стояли на принципиально иной позиции в вопросе о применении высшей меры наказания, ссылаясь на директивы своей партии. Ситуация изменилась после июльского выступления левых эсеров в Москве, когда все сотрудники ВЧК из их числа были исключены из состава Комиссии.
Конкретные контрреволюционные проявления в виде убийств или покушений на убийство высокопоставленных представителей большевистской партии имели решающее значение в развертывании «красного террора». Убийство 20 июня в Петрограде редактора «Красной газеты» и члена Президиума ВЦИК М. Володарского, убийство председателя Петроградской ЧК М. Урицкого и конечно же покушение на председателя Совнаркома Ленина 30 августа 1918 г. сыграли роль детонатора. Уже через два дня 2 сентября Всероссийский ЦИК принял по предложению Я. М. Свердлова резолюцию по поводу покушения на Ленина. ВЦИК предупредил, что за каждое покушение на руководителей Советского государства и носителей идей социалистической революции будут отвечать все контрреволюционеры и их вдохновители. В тот же день ВЦИК объявил РСФСР единым военным лагерем.