Он подписал письмо ко свеем священнослужителям Чехословакии, напомнив им, что Мефодий вместе с братом Кириллом создали основы славянской культуры на Востоке Центральной Европы. Папа издал в связи с этим энциклику «Slavorum Apostoli» (Апостолы славян). Эта энциклика представляла фессалоникийских братьев преданными евангелистами, заботившимися как о единстве, так и об универсальности Церкви. Церковь в Чехословакии обрела новое дыхание. Кардинал Томашек стал упорным защитником свобод и сторонником «Хартии 77», движения за права человека. Инструкция Конгрегации по делам епископов, направленная духовенству, запрещала священникам участвовать в политических движениях. События в Велеграде объединили лютеран – чехов и католиков – словаков, удалив внутреннее этническое разделение между ними. Отмечаемая годовщина объединила набожность с сопротивлением режиму, показав участникам движения, что они могут отказаться от манипулирования ими (как в случае с фальшивым «фестивалем мира»). Католицизм в Чехословакии начал серьёзное сопротивление коммунистическому режиму.
В феврале 1985г. Министр иностранных дел СССР Андрей Громыко испросил у папы аудиенцию. Громыко пытался уговорить Иоанна Павла II участвовать в компании против Американской стратегии оборонной инициативы. Но Иоанн Павел II разрабатывал свою кампанию – за свободу использования культурного сопротивления в качестве метода борьбы.
Иоанн Павел II послал кардинала Роджера Эчегари и президента Комиссии по справедливости и миру с особой миссией в Тегеран и Багдад посетить военнопленных ирано-иракской войны и определить возможности договора между воюющими странами. Визит Эчегари в Персидских залив предусматривал параллельную личную дипломатию в дополнение к обычной протокольной дипломатии Святого Престола. Кроме этого Иоанн Павел II направлял Эчегари с миссиями в горячие точки в Ливан, Мозамбик, Анголу, Эфиопию, Южную Африку, Судан, Намибию, Кубу, Гаити, в Центральную Америку, Вьетнам, Кабо -Верде, Гвинея -Бисау, Китай, Мьянму, Либерию, Руанду, Бурунду, Индонезию, в Восточный Тимор и на Балканы.
Кардинал Эчерари осуществлял параллельную дипломатию скорее в качестве личного представителя папы, нежели в роли официального представителя Ватикана. Тонкое различие между этими двумя полномочиями позволяло кардиналу получать доступ к конфликтующим сторонам, определяя возможность миротворческих инициатив и в то же время, не накладывая на Святой Престол необходимости придерживаться определённой позиции в посреднической стратегии. Он посещал зоны международных и гражданских конфликтов по поручению Иоанна Павла II, представляя озабоченность папы о людях, втянутых в конфликт. И всё же его миссии были успешными, если ему удавалось открыть возможности для переговоров между конфликтующими странами.
Папская комиссия по справедливости и миру обнародовала документ «Служение человеческому сообществу: этический подход к вопросу о международном долге». Данный документ рассматривал вопрос о необходимости пересмотра долговых обязательств стран третьего мира, расплата по которым усиливала нищету в развивающихся странах. Согласно этому докладу, к этому вопросу необходимо было подходить с позиции гуманистической этики, используя различные политические варианты, от реструктурирования выплат по долгам с переносом их сроков до полного аннулирования этих обязательств. Как Святой Престол, так и Иоанн Павел II лично периодически возвращались к данному вопросу.
Иоанн Павел II в январе 1987 года принял в Ватикане генерала Ярузельского.