Ему была сделана операция в отделении интенсивной терапии клиники Джемелли, где он пробыл четыре дня. Через месяц Иоанн Павел II опять попал в больницу. У него обнаружили цитомегаловирус, который попал в его организм во время переливания крови 13 мая.
В конце мая в Варшаве умер известный и всеми уважаемый Примас Польши кардинал Вышинский. На его место был назначен Юзеф Глемб. Глемб имел степень доктора гражданского и канонического права, и это могло сыграть важную роль на следующем этапе борьбы поляков за религиозные права и либеральные свободы. Словом этот человек знал дух и букву закона, что было в тот момент очень важно.
Мехмет Али Агджа был арестован на площади Святого Петра в день покушения и сразу отвезён в римскую тюрьму Ребиббия, где подвергся тщательному допросу. Суд над ним открылся 20 июня того же года во Дворце правосудия, где он предстал перед судом присяжных. На основании собранных к тому времени доказательств, судья пришел к выводу, что Агджа действовал не один. Существовало несколько версий. Первоначальные предположения западной прессы свидетельствовали о том, что Агджа был религиозным фанатиком, который пытался убить Папу Римского по причине сектантского фанатизма. Ещё одна версия описывала Агджу как ветерана ультранационалистической террористической организации «Серые волки»-турецкой банды фашистского толка. В соответствии с третьей версией Агджа действовал от имени и по поручению Советского Союза. После трёхдневного суда Агджа был признан виновным и приговорён к пожизненному заключению. Через два года папа посетил Агджу в римской тюрьме Реббибия. Понтифик пришел к нему как друг, они долго беседовали.
В послании папы в 1982 года по поводу Всемирного дня Мира, который отмечается 1 января каждого года, решительно отверг фальшивый мир тоталитарных режимов. Папа сообщил аккредитованному при Святом Престоле дипломатическому корпусу во время ежегодной с ним встречи, что человеческое достоинство плотно вписано в человеческое сознание и потребность в свободе всегда будет восходящей, а не нисходящей линией в мировом развитии.
В июне 1982 г. Иоанн Павел II встретился в Ватикане с Президентом США Рональдом Рейганом. Этот визит был совершен понтификом по собственной инициативе для обсуждения проблем взаимоотношении Церкви и власти в Никарагуа, Сальвадоре и Гватемале. Между правительством США и Иоанном Павлом II не было абсолютно никаких политических договоренностей. Свои действия в отношении ситуации в Польше и Латинской Америке, как и участие в разрешении других мировых конфликтов, понтифик проводил абсолютно независимо от чьих либо политических претензий. В феврале 1983г. было проведено чрезвычайное совещание в Ватикане, по поводу, насколько рискованно паломничество папы в Никарагуа. Иоанн Павел II считал, что латиноамериканский католицизм оказался на пересечении нескольких важных проблем. Первая несла на себе печать теологической неразберихи. В особенности это касалось стран Центральной Америки. Все ложные теологические идеи приводили к другой проблеме, затрагивающую жизнедеятельность Церкви и всего религиозного сообщества. В Никарагуа, Сальвадоре и Гватемале так называемая народная церковь всеми силами пыталась заменить собой то, что она называла церковью институциональной. Кроме того, в Никарагуа эта народная церковь пользовалась поддержкой со стороны сандинистского правительства, включавшего некоторых священников. Они оставались членами правительства, игнорируя требования высших иерархов не заниматься политикой. Правительство оказывало серьёзное давление на епископов и простых священников. В ходе революции сложилась весьма скандальная ситуация.