Итогом интенсивных переговоров, продолжавшихся более полутора лет, стал краткий документ. Преамбула, определяющая место принципиального соглашения в соответствующем историческом и теологическом контексте, начинается с взаимных признаний исключительного характера и всеобщей важности Святой Земли и понимания уникальной природы отношений между Католической Церковью и еврейским народом, включая их недавний процесс примирения и роста взаимопонимания.
Можно отметить то, что Святой Престол не имел достаточной подготовки и хорошего штата для продолжающихся переговоров, успешное завершение которых сыграло бы существенную роль в деле установления качественно нового присутствия католицизма в израильском обществе. Принятое по финансовым соображениям решение разместить нунциатуру Святого Престола в Старой Яффе, а не в Телль – Авиве, и ограничить её штат, усложнило участие представителей Святого Престола в продолжающимся процессе переговоров с элитой израильского общества и дипломатами других этнических групп. Его также замедлял и тот факт, что некоторые израильские политики, как и местные служители Церкви, продолжали сопротивляться соглашению. Невежество в церковных вопросах, распространяющийся израильский секуляризм, также тормозили дальнейший ход переговоров. Потребовалось почти четыре года, чтобы завершить первый и наиболее важный текст, «Соглашение о юридическом лице», о католических институтах в Израиле, подписанное 10 ноября 1997 года. После несколько лет после подписания Принципиального соглашения стало очевидным, что новые отношения между Святым Престолом и Израилем не могли сами по себе изменить другие реальные ситуации в регионе. Количество христиан в Святой Земле после израильско-палестинского соглашения 1993 года продолжало сокращаться, по большей части из-за миграции арабских христиан, подвергавшихся экономическому, политическому, и религиозному давлению. В 1995 году Афиф Сафих, руководитель нового отделения представителей Организации освобождения Палестины при Святом Престоле, был принят в Ватикане, что воспринималось как первый шаг к дипломатическим отношениям с будущим Палестинским государством. Что же касается Иерусалима, то Государственный секретариат был озабочен его будущим и издал в мае 1996 году официальную дипломатическую ноту, повторяющую призыв Святого Престола к созданию «международного юридического инструмента» для защиты «тождественности Святого города», независимо от того, каким образом будет решён вопрос о суверенитете.
Те, для кого Принципиальное соглашение должно было стать первым шагом к общему совершенно новому состоянию отношений католицизма с израильским обществом и культурой, были разочарованы годами, последовавшими за подписанием Принципиального соглашения, как и те, кто ожидал быстрого разрешения оставшихся вопросов. Участники переговоров верили, что семена, посеянные Принципиальным соглашением, со временим принесут положительные плоды. Что касается Иоанна Павла II, он оказал ощутимое влияние на разработку соглашения. Он принял основополагающие решение – добиваться полных дипломатических отношений с Израилем.
В течение 1997-1998гг., первых лет подготовки к Великому Юбилею- экуменический диалог с Православной и Лютеранской Церквями, на которые возлагались большие надежды, осложнился. Кроме этого разгорелся новый спор после того, как Святой Престол выпустил заявление, касающееся Католической Церкви и Холокоста. Диалог с Православием осложнился осенью 1997 года. Надежды на долгожданную встречу между патриархом Алексием II и Иоанном Павлом II неоправдались, и это ещё больше осложнило диалог Рима с Вселенским Патриархом Константинопольским Варфоломеем I.