Папа говорил, что видит в Казахстане великую семью разных народов. Папа был тронут гостеприимством на всех уровнях, о чём неоднократно, к гордости принимавших его, повторял в своих отзывах. «Долгое время я желал этой встречи, и велика моя радость – суметь заключить в объятия с восхищением и любовью всех жителей Казахстана»,- говорил понтифик.
В своем послании российским епископам папа говорил, что не следует падать духом перед лицом трудностей и даже неудач, возникающими на экуменическом пути. Имея поддержку своих действий в молитве, следует всеми силами продолжать созидание полного единства между учениками Христовыми. Чтобы отличительной чертой была любовь – совокупность совершенства.
2 октября 1991г умер Вселенский (Константинопольский) Патриарх Димитриос I, 22 октября его приемником стал Вселенский Патриарх Варфоломей I. Через месяц в Риме состоялась Специальная европейская ассамблея епископов. Впервые в его истории представители других христианских общин участвовали как братские делегаты. Вопреки экуменическим нововведениям и надеждам папы, скоро стало очевидно, что епископы прибыли на Синод с разными намерениями. Варфоломей I прислал на Синод своего представителя митрополита Венецианского Спиридона, православного лидера Италии. Во время экуменической службы митрополит Спиридон публично обвинил восточные католические Церкви, объединившиеся с Римом («униатов») в том, что он назвал новой насильственной оккупацией церквей на Украине и в Румынии. Рим он обвинял в насаждении параллельных миссионерских структур, т.е. новых апостольских администраций в самой России. Члены Синода и протестантские участники экуменической службы были поражены публичными нападками Спиридона на католицизм и папу. Евросинод положил начало новому диалогу, дал опыт епископам по вопросам объединения разъединённого европейского католицизма. Однако, данный евросинод не стал историческим событиям как надеялся папа. Между Церквями сохранились значительные различия. Епископы, вернувшись в свои епархии, были главным образом заняты работой на местах.
В 1993 году прошла седьмая пленарная сессии Объединённой международной комиссии по теологическому диалогу между Римско-Католической Церквями в Баласанде (Ливан). На данной сессии пытались достичь потепления, установить основополагающие принципы отношений между православными и католиками в Восточной Европе и начать новый диалог, который сможет ликвидировать раскол одиннадцатого века перед юбилейным годом. Скромная «оттепель» – это всё чего удалось достичь. Неспособность некоторых католических и православных деятелей объективно оценивать прошлое и соперничество, возникшее между Вселенским Патриархом Варфоломеем в Константинополе и Патриархом Алексием II в Москве, усложнило воплощение в жизнь намерений папы. Но в течение последующих лет Иоанн Павел II был полон решимости проводить новую евангелизацию вместе, а не порознь с православием.
Межрелигиозный диалог, который папа вёл в качестве посла мира, имел целью укрепление свободы совести, уважение религиозных чувств народов, не охваченных Благой вестью и желание, разделяемое многими, направить все религии к примирению между народами, к взаимному прощению, а, следовательно, к миру.
30 декабря 1993г. Святой Престол и Государство Израиль подписали Принципиальное соглашение, которое установило основание для упорядочения законных позиций Церкви в Израиле и обеспечило полные дипломатические отношения между двумя сторонами. Принципиальное соглашение рассматривалось многими как один из мастерских дипломатических ходов понтификата Иоанна Павла II и поворотная точка в истории католическо-еврейских отношений.