Després daquest incident, la seva vida deixa de tenir relleu social, i Binimelis viu retirat fins a la mort, que sesdevingué el 12 de gener de 1616.
Binimelis mantingué relació, a Mallorca, amb el jesuïta Pere Gil, lautor de duna Història catalana, el Llibre primer de la qual, una descripció natural de Catalunya, manté un paral·lelisme amb el Llibre que tracta de la descripció de la illa de Mallorca de Binimelis. De resultes daquesta relació, Binimelis entrà en la confraria jesuïta que fundà Pere Gil durant la seva estada a Mallorca com a rector del Col·legi de Montision (1611-1614). També és probable que fos a causa daquesta vinculació amb els jesuïtes, que els nomenàs, en el codicil testamentari de 1612, receptors de la seva obra més preuada, la Història de Mallorca, en cas que no es complissen les seves primeres previsions testamentàries relatives a la conservació de la dita obra.
Binimelis havia mantingut amistat amb Margalida Magdalena Safortesa de Sanglada i amb el prevere Joan Mas, i també amb Lleonard Safortesa, i Pere Nunis de Berard (a qui llegà tots els seus instruments de matemàtiques i astronomia); també amb Mn. Ripoll (a qui llegà 40£ i amb Pere Antoni Safortesa, famós mercader.
Pel seu testament27 sabem que Joan Binimelis, en morir, tenia rendes per valor de 300 £ censals, que llegà a la Confraria de Sant Pere i Sant Bernat, de la Catedral de Mallorca, amb la comanda de dir misses i fer obres pies. La seva casa era «decorada amb diversos quadros i retaulets de temàtica religiosa, alguns a loli, diversos mapamundis, molts planos o vistes de ciutats, un de gran, pintat a loli, de la ciutat de Mallorca ab tots los carrers,28 un altre de la ciutat de València,29 daltres de bulto de guix (Alger i la Goleta) o de països (illa de Mallorca, Espanya). La biblioteca comprenia més de 130 llibres impresos (només un de ploma o manuscrit).
»Respecte a la seva obra, especifica al seu testament que deixa a don Pere Berard tots els instruments de matemàtiques i els deu tomos o volums de cosas escritas de mà mia sobre temes diversos.»30
LOBRA DE BINIMELIS
De lanàlisi dels més de 130 llibres de la biblioteca de Binimelis, on hi havia llibres de teologia (Benito Arias Montano), i també dhumanitats (Plató, un bestiari Historia animalium, un Dant, el De re militari de Vegeci, una Història de Spanya, entre daltres),31 i sobretot obres de medicina, es desprenen clarament els interessos de Binimelis, que sorgeix davant els nostres ulls com un autèntic humanista. A continuació passaré revista als diferents aspectes de la seva formació, i també a la seva obra en cadascun dels camps que, duna manera o altra, conreà.
Binimelis, obra mèdica. Binimelis posseïa una considerable i correcta formació científica, dacord amb els més estrictes cànons de lèpoca. Concretament, pel que fa a la medicina, dins el galenisme hipocratista.
Escriví diverses obres de caire mèdic32 que fins en dates recents han restat pràcticament oblidades: El Tractat del temperament propi de la illa de Mallorca, que probablement es correspon amb el cap. II del Llibre V i els caps. IV i V del Llibre I de la seva Història general del Regne de Mallorca, evidencia una clara influència de les doctrines ambientalistes que, des dHipòcrates, enllacen amb els moderns conceptes dhigiene pública i ecologia sanitària. Lobra de tema botànic, Tractat de las virtuts de la herba que es diu Sanctae Crucis o nicoriana33 i el Tractat de com se han de curar las feridas y colps del cap, y com se ha de pendra y estancar la sanch de ellas en las personas que no tingueren més malaltias que las ditas feridas34 són obres citades per Joaquim M. Bover, en larticle que dedica a Binimelis, i afegeix que el dit tractat és seguit per onze tractats més sobre diferents malalties. Seguint Contreras, sembla lògic pensar que dins aquesta sèrie dobres hi devia haver el De morbo gallico, un tractat sobre la dosificació de simples en les medecines compostes, i el De utilitate et nocumento coitus, un dels tractats de Binimelis no localitzats dels quals es declara autor en la seva Medicorum nomenclatura per alphabetum, relació alfabètica de totes les obres mèdiques que posseïa Binimelis en la seva biblioteca, molt més completa que la citada al seu testament. Lobra té interés no sols per al coneixement de la formació científica i mèdica de Binimelis, ans per a establir el nivell de coneixements teòrics que podien tenir els metges mallorquins de lèpoca. En aquest manuscrit Binimelis es descriu a si mateix amb aquests mots: «Ioannes Benimelis balearis, cuius extant apud eum manuscripta quedam, liber unus de morbo gallico: et alius de utilitate et nocumento coitus, opus a nemine actenus inuentum, nonnulla alia pretermedicinam scripsit tum in philosophia, tum mathematicis scientiis que omnia ante biennium in lucem proderunt».
El De morbo gallico, tractatus quam breuis ac necessarius, authore Ioanne Benimelis ens ha arribat en un manuscrit de la fi del segle XVI, probablement lautògraf, avui propietat de Bartomeu Darder Hevia. Són 24 fulls, escrits per totes dues cares a ralla tirada, dunes trenta-sis a quaranta ralles per cara. És escrit en llatí en la seva major part, però a la fi de lobra hi ha tres folis escrits en català que tracten de diversos remeis que es poden aplicar als afectats per la sífilis. A la fi del manuscrit hi ha lhoròscop de linfant Ferran, fill de Felip I dAragó, la qual cosa ens el situa en una data anterior al 1578, any que morí linfant. Malgrat no ser citat per Bover entre les obres de Binimelis, lautoria del text no deixa lloc a dubtes essent el text inclòs en un lligall dobres de Binimelis. Té interés pel fet de ser la primera obra i per ara lúnica coneguda escrita en aquella època a Mallorca sobre el tema.
Tanmateix, lobra mèdica de Binimelis restà pràcticament ignorada en la historiografia, a causa sobretot del fet dhaver-se perdut la majoria dels seus tractats o de trobar-se encara manuscrits. El valor de les obres que shan conservat, conclou Contreras Mas, situa Binimelis com un dels científics humanistes lobra del qual mereix ocupar un dels llocs més honorables en la història de la nostra cultura del Renaixement.
Binimelis, astrònom, matemàtic, geògraf i cartògraf. Binimelis és també autor duna important i suggestiva obra escrita científico-mèdica, extensa i variada. Fou un científic de caire clarament humanista, magníficament connectat amb el món científico-mèdic del seu temps si hem de fer cas de les obres que constituïen la seva biblioteca.