Remarquem, finalment, de la seva estada formativa a València la possibilitat de linici de la relació amb Joan de Vic i Manrique de Lara, que, essent ja bisbe de Mallorca, es convertirà en el seu protector i mecenat, sense que a hores dara hom puga precisar si la dita coneixença es féu a València o a Roma, ciutat on Vic fou ambaixador de Felip I dAragó abans de ser designat bisbe de Mallorca el 1573, i on probablement coincidiren tots dos.
Devers lany 1570 Binimelis anà a Roma, on cursà estudis de teologia i sobre monuments i esglésies. Allí conegué el metge, matemàtic i astròleg italià Gerolamo Cardano.13 Lany 1571 Binimelis acabà a Roma la redacció del Tractat de la precedència entre España e França,14 que féu per encàrrec de Joan de Zúñiga i de Requesens, germà de Lluís de Requesens i de Zúñiga i alt funcionari reial. Potser a causa dels coneixements de Binimelis en matemàtiques, astronomia i cartografia, el 1571 li fou encomanada la descripció cartogràfica de les illes de Cabrera i Menorca. Poc més se sap de lestada de Binimelis a Roma, a banda del que acap de dir. Ni tan sols si hi fou ordenat sacerdot, o bé si lordenació tingué lloc un cop retornat a Mallorca.
El cert és que Binimelis es féu capellà, amb tot el que açò significa pel que fa a lorientació de la seva vida. Potser influí en aquesta decisió el seu oncle matern Vicenç Garcia, que era prevere, o el qui fou després el seu gran valedor, Joan de Vic i Manrique de Lara.15
Així, la vigília de Nadal de 1575, Joan Binimelis prengué possessió dun benefici a la Seu de Mallorca, benefici que fou versemblantment concedit pel nou bisbe Joan de Vic, el qual lany 1578 el nomenà procurador de causes pies de la diòcesi de Mallorca. Com a procurador impulsà lelaboració dun inventari de totes les causes pies.16
Binimelis, el 22 de maig de 1581, apareix citat com a testimoni en la transferència a la parròquia de Santa Creu del llegat de tres lliures censals que ell mateix abans havia fet al Convent de Sant Francesc de la ciutat de Mallorca, i hi és qualificat de familiar del bisbe. Lany 1585, formà part, en qualitat de metge, del sèquit del bisbe en la seva visita pastoral a Menorca.17 Arran daquesta visita, Binimelis efectuà la carta geogràfica de Menorca.18
Binimelis fou rector de la parròquia de Marratxí des del 1583 fins el 1588.
Lany 1583 Binimelis rebé lencàrrec de lelaboració dun mapa de Mallorca amb la descripció detallada de les característiques de la costa, tasca que requerí un exhaustiu treball de camp, que Binimelis, un cop retornat a Mallorca, dugué a terme personalment. Lobra li fou encomanada per laleshores lloctinent general de Mallorca, el comanador general dAragó Lluís de Vic i Manrique de Lara,19 germà del bisbe Joan, protector de Binimelis, amb la finalitat dobtenir un més precís coneixement de la costa per a poder-la dotar dunes adequades estructures defensives davant la proliferació dincursions piràtiques. El mapa, enllestit vers el 1586, ultra les informacions de caràcter estratègic, anava acompanyat de dades de caire econòmic i demogràfic que, sens dubte, foren aprofitades després per Binimelis per a lelaboració del Llibre V de la Història del Regne de Mallorca o Llibre que tracta de la descripció particular de la illa de Mallorca, objecte de la present edició.
Tot seguit de fet el mapa, els jurats de Mallorca encomanaren a Binimelis la redacció duna història de Mallorca, com ell mateix reconeix al pròleg que els dedica, on resten clars, de les manifestacions del mateix Binimelis, els motius de lencàrrec, linterés de lestat en la preservació de béns i de la llur seguretat, i el fet de servirse dels coneixements geogràfics del territori per a aconseguir-ho i, finalment, linterès dels jurats a vincular geografia i historia per a lenaltiment del Regne.20
Lobra quedà enllestida, en tres volums manuscrits, ja el 1595, que ell mateix traduí al castellà (1597-1601).21 Són lobra, de molt, la més extensa i que més fama donà a lautor, a la qual dedicarem un detingut estudi més endavant.22
Tanmateix, pocs mesos després de la partida de Mallorca, el maig de 1604, de Joan de Vic, per raó del seu nomenament com a arquebisbe de Tarragona, Binimelis es veié denunciat, loctubre del mateix any, davant el Tribunal de la Inquisició per quatre monges i una dona, que denunciaven haver estat objecte de tocaments obscens (besades als llavis, agafar-los la mà) i proposicions deshonestes (anar al llit plegats i dir que allò no era pecat) fets per Binimelis, que hauria aprofitat per a fer-ho la intimitat pròpia del sagrament de la confessió.23 Binimelis, sense negar dantuvi les acusacions, al·legà que els tocaments havien estat a causa que, en la seva condició de metge, les havia ateses en el curs de malalties que les denunciants havien patit.24 Però el testimoniatge de la primera de les monges fou molt explícit respecte de les intencions de Binimelis. Aquest, finalment, reconegué que totes les acusacions eren veres, excepte lacusació segons la qual ell hauria dit que els dits tocaments i proposicions no eren pecat.
La condemna consistí en la privació per sempre de poder confessar, un any de reclusió on decidís linquisidor, la suspensió per mig any de poder celebrar leucaristia i una multa de 25 ducats, multa que després li fou condonada.25 Aquest desgraciat incident contribuí, sens dubte, al desprestigi social de Binimelis, i molt probablement també, de retop òbviament injustament, sobre la seva obra, que tot duna es veié preterida i romangué inèdita fins al segle XX.26
Després daquest incident, la seva vida deixa de tenir relleu social, i Binimelis viu retirat fins a la mort, que sesdevingué el 12 de gener de 1616.
Binimelis mantingué relació, a Mallorca, amb el jesuïta Pere Gil, lautor de duna Història catalana, el Llibre primer de la qual, una descripció natural de Catalunya, manté un paral·lelisme amb el Llibre que tracta de la descripció de la illa de Mallorca de Binimelis. De resultes daquesta relació, Binimelis entrà en la confraria jesuïta que fundà Pere Gil durant la seva estada a Mallorca com a rector del Col·legi de Montision (1611-1614). També és probable que fos a causa daquesta vinculació amb els jesuïtes, que els nomenàs, en el codicil testamentari de 1612, receptors de la seva obra més preuada, la Història de Mallorca, en cas que no es complissen les seves primeres previsions testamentàries relatives a la conservació de la dita obra.