Amb algun grau de certesa, Granvela i Aguiló devien compartir certa afinitat i confiança després de tants danys de tracte cordial. A lepistolari hi coincideixen en el desassossec personal vista lescassa importància de les mercès acordades pel monarca per agrair-los els serveis prestats. Dos anys després de la confidència dAguiló, Granvela li tramet una missiva similar on es queixa de lescassetat de gràcies rebudes de lemperador després de una trajectòria tan llarga al servei de la corona i tampoc no les espera del nou monarca:
A cabo de tantos años de servicio y de tantos y tales travajos y desassossiegos como V.M. sabe, lo que se hizo conmigo fue remitirme al emperador a su hijo, diziendo que él le havía encargado que tuviesse cuenta conmigo, de lo qual tampoco he visto hast·agora las señales.12
El traspàs del duc de Calàbria és un dels episodis ombrívols que lepistolari desvela però no descobreix. La mort de Ferran dAragó obri la porta a hipòtesis suggestives sobre la causa del decés. Fins ara hom acceptava que el duc havia faltat per causes naturals, tanmateix, el secretari particular del duc, Jeroni dIcis, en la prolixa descripció de la malaltia, fa recaure la responsabilitat de lòbit en la malaptesa dels metges que en tenien cura, «muy descuydados los médicos de su mal» sobrepassats per la fúria del mal, per a remei del qual «hovieron de cargalle de sustançias, con las quales se cree que lo ahogaron». El secretari tenia vedat laccés a la cambra del duc per orde directa de la duquessa, amb la dura advertència que si algú incomplia aquest manament «lo mandaría hechar por las bentanas abaxo».13 Fos com fos el trànsit mortal de Ferran dAragó, la seua mort desfermà un procés accelerat per activar la substitució de tan alt càrrec sense que el monarca sho prengués com una decisió peremptòria.14 De fet hi transcorregueren tres llarguíssims anys fins que fou nomenat el nou virrei del regne de València, durant els quals exercí provisionalment el càrrec Joan Llorenç de Vila-rasa, portantveus de general governador, fins ladveniment del marquès dElx.15 Els jurats comunicaren oficialment la mort del virrei a les instàncies superiors: emperador, prínceps, reis de Bohèmia i al secretari destat Gonzalo Pérez amb una petició unànime: que intervingueren en el redreç de la justícia valenciana i que el substitut arribés ràpidament al País Valencià.
La desaparició de Ferran dAragó originà daltres moviments sigil·losos que solen passar desapercebuts historiogràficament. Hom ha daplicar un focus datenció especial per atendre a les circumstàncies de determinats personatges rellevants que han de cercar recer a daltres indrets. Jeroni dIcis i Tomàs Costa foren dos assessors del duc de notable influència en les seus decisions. Jeroni dIcis arribà a València com a secretari de la virreina Germana de Foix després de la derrota agermanada i continuà al servei del duc de Calàbria quan aquest enviudà. La virreina el nomenà testamentari amb lencàrrec de vetlar per ladministració i la hisenda de la seua herència, segons el testament signat el 28 de setembre 1536.16 Sota el dictat de Francisco de los Cobos, actuà dintermediari perquè el virrei, reticent a lenllaç, maridés amb Mencia de Mendoça amb la velada intenció imperial dimpedir el naixement de possibles hereus amb dret al tron de Nàpols. Icis mantenia una activitat important des de la secretaria del duc relacionada amb la cort i daltres afers del govern del regne de València.17 També participà de forma activa en el procés judicial que sentencià a mort el cavaller Ramon de Rocafull, per la qual cosa es guanyà lenemistat perpètua del bàndol oriolà. Hàbil en les relacions personals, aconseguí el favor i la recomanació dalguns personatges locals, com el canonge Joan de Gais, els inquisidors Arteaga i Miranda, el mestre de Montesa, els Cardona..., a més dassolir la confiança santa de larquebisbe de Saragossa Ferran dAragó. Detestat per la nova esposa del virrei i enemistat amb altres personatges rellevants,18 a la mort del duc de Calàbria hagué de refugiar-se dins la Inquisició per evitar que lassassinaren.19 Fugí de la ciutat amb joies, pertinences i documentació compromesa del duc. Fou perseguit pels oficials del regne no tant per recuperar els béns robats com per «asegurarse de que no había llevado consigo papeles comprometedores relativos a la sucesión del reino de Nápoles».20
Tomàs Costa, capellà del virrei, era un bon interlocutor a la cort tramès directament pel duc a fi de negociar els seus afers.21 Deu anys després de la mort de Ferran dAragó fou designat abat comendatari del monestir de Sant Sadurní de Tavèrnoles. De vida certament llicenciosa, canviant i estranya, hi participà com una mena dambaixador davant la cort imperial en representació dels interessos personals del duc i també daltres càrrecs valencians.22 Amic de Cristòfol Despuig, participà en una de les bandositats de Tortosa,23 per la qual el duc de Calàbria demanà a Granvela lempara i defensa a Roma per al seu capellà.24 Pocs anys després, el capítol de la Seu de Tortosa escriví a Granvela perquè el monarca li concedís una gràcia pels bons serveis prestats mentre clamaven contra el nou arquebisbe de Tarragona, el valencià Ferran de Lloaces.25 Canonge de Tortosa i hospitaler,26 Costa és el protagonista duna temptativa de segrest de Lloaces lany 1557 durant la processó de la Mare de Déu dAgost, frustrada per un temporal sobtat. El procés judicial obert acabà sense punició.27 Costa es convertí en capellà reial a la cort.
Altres protagonistes aprofitaren la desaparició de Ferran dAragó per insistir en antigues reclamacions, com el governador Lluís Ferrer que reclamava lherència de Xèrica deixada pel duc a Sant Miquel dels Reis o la proposta de determinades persones per a ocupar el càrrec de virrei feta per Onofre Urgellés, llavors regent del Consell dAragó, el qual informava a Granvela que:
para el buen govierno de aquel reyno y buena administración de la justicia Su Magestad devría estar advertido en proveheer en aquel cargo honbre que no sea natural de aquel reyno ni ahún de aquella corona. Y como tenga muy gran esperiencia de las buenas partes y qualidades que para semejante cargo concurren en la persona del tesorero general de Aragón, don Enrique de Toledo.28