При этом Церковь не показывала никакого понимания событий, происходящих в быстро меняющемся обществое, за исключением того, что оно может представлять собой возможную угрозу для своего собственного статуса и всего установленного порядка. Жестокое обращение не было выявлено, и никто не склонен был ставить под сомнение принципы этого порядка, не говоря уже о том, чтобы побудить к этому других. Полагаясь на мифы, привычки и слепое согласие, Церковь, хоть и не была статичной, но двигалась как медленный, неповоротливый динозавр. Только в своей невероятно богатой литургической жизни она приносила облегчение.
Отношение Филарета, митрополита Московского, к крепостному праву уже упоминалось. Этот уважаемый прелат, который, как сказал Герцен, «соединил митру епископа с погонами жандарма», защищал «справедливость крепостного состояния» с помощью библейских текстов. Когда отмена крепостного права стала делом срочной обеспокоенности, то Церковь неизменно поддерживала в крайних случаях крыло аболиционистов. Возражения Филарета против освобождения крестьян с землей выражались в следующем риторическом вопросе: «Не будут ли землевладельцы ограничены в их праве собственности и экономических возможностях, если земля будет выделена крестьянам? И не повлияет ли это неблагоприятно на их поддержку правительства?» Он также защищал сохранение порки для крестьян: в меморандуме («Христианское отношение к телесным наказаниям»), обращаясь к Дмитрию Толстому, он настаивал на том, что «христианство ни в коей мере не осуждает эту меру жестокости к крестьянам».
Аналогичные взгляды высказали знаменитый богослов и церковный историк, митрополит Макарий Булгаков (181682), епископ Феофан Говоров (181594) и архиепископ Иоанн Сергиев (18291908), два ведущих христианских моралиста, и многие другие, в том числе знаменитые старцы или молодые монахи-отшельники, чьё благочестие и духовность были в любом случае безукоризненны. Они все разделяли важность человеческих отношений и освобождение человека от его тягот, от рабства, невежества, от подчинения женщин, экономической эксплуатации и интеллектуального обскурантизма. Эти вещи, как правило, одобрялись публично и в частном порядке, именно теми, кто, предположительно, получил духовное освещение, которое должно было раскрыть природу зла. Часть объяснения, без сомнения, заключалось в некоторой степени парадоксально для церкви, которая утверждала неравноправие и наслаждалась им, сбрасывая со счетов политический и социальный престиж, чтобы не принимать во внимание важность мирских дел и стресс любви и бескорыстия как личностных качеств. Но не было такого же внимания к справедливости в человеческой жизни, или хотя бы какое-нибудь четкое осознание того, что такое зло, и какую роль оно играет в истории и в обществе.
Накануне освобождения Церковь, поддержанная полицией, была приведена в состояние «боевой готовности», и Филарет, а за ним епархиальные епископы всей России, издавал «наставления» в преддверии крестьянского недовольства. Каждый приходской священник был проинструктирован, под угрозой суровых наказаний, как объяснить «библейское понятие свободы», т.е. «истинная свобода заключается в полном подчинении божественной и гражданской власти». Скрупулезное соблюдение этих наставлений разоблачало несчастных священников по случаю дикости репрессии со стороны крестьян, которые обвиняли их в сокрытии «настоящей свободы». Синод был ошарашен срочными просьбами от епархиальных епископов «для защиты деревенского духовенства от тяжёлого конфликта с крестьянами».
Отношение крестьян было тем более удивительным, потому что, в целом, у Церкви были глубокие корни в сельской местности, которую нелегко разбередить провокациями. Но власти ни в коем случае не могли на это рассчитывать: помимо проявлений бунтарства, о котором упоминалось ранее, постоянно происходила интенсивная утрата религиозных элементов крестьянства, переход от церкви к инакомыслию. Согласно более поздним оценкам, количество религиозных инакомыслящих в середине девятнадцатого века приблизился к десяти миллионам. Некоторых из них привлекало видение лучшей и более свободной жизни или по учениям мессианских пророков, или по дикой природе, или эмоциональные индульгенции хлыстов и маниакальных скопцов; другие были трезвыми евангелистами (штундисты, молокане, духоборы), чьё моральное поведение было совершенно неоспоримым; иные же сохранили разрозненные связи с православной церковью, но шли своими путями и преследовали свои собственные духовные идеалы. Жизнь многочисленных инакомыслящих имеют неоценимое значение для изучения Россия. Они были воплощением России в поисках Бога, правды и справедливости, самоотверженного, мужественного, неукротимого, и иногда очень упрямого. Все сектанты (включая старообрядцев) подвергались постоянным гонениям и дискриминациям со стороны Церкви и государства, хотя и антисектантские меры не всегда могли быть полностью осуществлены, потому что движения эти были в значительной степени подпольными. Попытки Церкви разобраться и конструктивно справиться с ситуацией, посылая специально обученных миссионеров, где борьба с инакомыслием (само собой разумеется, отвергаемая всеми миссионерами деятельность) была известна как наиболее болезненная история грубого и неэффективного духовного и физического запугивания история, в которой плохие средства предотвращали достижение плохих целей.