В то время как при Александре I, а точнее, до окончания его правления, толерантный дух одержал победу над инакомыслящими и неправославными христианами в целом, энергичная кампания против свободы совести характеризовала всё последующее царствование, с коротким перерывом в ранние годы правления Александра I. Кампания приобретала все более политический оттенок и завершилась при Александре III систематическим уничтожением всего самовыражения, религиозного, культурного, и даже языкового, со стороны национальных меньшинств в составе Империи. Основополагающим принципом было то, что все русские, включая украинцев, должны принадлежать Православной Церкви, и что все служащие правительства, включая школу и преподаватели вузов, должны практиковать, общаться в этой церкви. В то же время, разрешение, которое до сих пор давалось нерусским, в частности полякам, исповедовать свою религию было отозвано, и любая попытка обратить православного в неправославные верования и обычаи стали преследоваться наказанием, вплоть до тюремного заключения или ссылки в Сибирь. Рядом с Дмитрием Толстым и Победоносцев éminences grises14 последних трёх Романовых ведущая роль в этом расширяющемся движении религиозной и национальной нетерпимости принадлежала Церкви, которая, таким образом, похоже, окончательно отменила все нравы и авторитет, и утратила свое духовное и интеллектуальное влияние. «Свобода совести» была объявлена выдающимся иерархом (Антонием Храповицким) как «бессмысленное понятие».
Было бы неправильно заключить, что Церковь была полностью бесплодной в своей интеллектуальной деятельности. Она имела тенденцию к созданию атмосферы, в которой любой, кто был в сознании, начинал задыхаться; это едва ли ни единственная в России человеческая группа, которая была столь юмористичной и столь тяжёлой, каковыми были семинаристы и большинство их репетиторов. Учебная программа в семинарии была плохая в интеллектуальном содержании, или то, что было заложено в основном его вороватой, догматическая, невоображаемой природой. Тем не менее, она обеспечила определенную умственную подготовку, особенно в классических языках, и любой, кто был наделен природой и выжил в вынужденном умственном запоре, мог перейти в любую из четырёх духовных Академий в Киеве, Москве, Санкт-Петербурге или Казани. Здесь академические стандарты были несравнимо выше, в некоторых отношениях, даже чем в университетах. В самом деле, Академии внесли заметный вклад в обучение в некоторых областях и подготовили России некоторых из величайших российских ученых, впоследствии в этих Академиях и преподававших. Области, в которых больше всего они отличались, были история, светская и церковная (имена Ключевского, Болотова, Голубинского известны даже за пределами России), археология, литургия, и, чуть с меньшей оригинальностью, метафизика. Но церковная цензура оказалась еще большим препятствием, чем политическая. Выдающийся историк Сергей Соловьев жаловался, что «более талантливые преподаватели Московской духовной академии были мучениками. Филарет позаботился о том, чтобы из их лекций и их записей были вычеркнуты все живые мысли, чтобы люди превратились в мумий».
Каждая из четырех академий издавала свой собственный журнал, и они отличались трудолюбивыми исследованиями, представленными, как правило, в компетентной, но тяжелой и неприметной форме, которая до сих пор представляет ценный материал для специалистов. Но критические библейские исследования были обескуражены, так как Церковь традиционно считала постыдным всё, за исключением Библии. Изобразительное искусство утомительно игнорировалось, не принималась светская литература, эстетика была задушена, что приводило к обывательской хорошей обученности, но слабой в плане психологии и проницательности. Эти тенденции, характерные для канцелярской среды в целом, в некоторых случаях разделяла та часть новой интеллигенции. которая имела канцелярское происхождение.
Основные обвинения против русского богословия были выдвинуты следующими лицами. Георгий Флоровский, автор важнейшего произведения об история русской богословской мысли, писал о том, что она не смогла вернуть изначальный дух православия, что он страдал либо от схоластических интеллектуальных привычек, либо был неоправданной тягой к соглашательству, полученными из туманных тевтонских источников. Данный законная критика может также объяснить некоторую неуклюжесть, плоскостопие, даже несмотря на редкие материалы, характеризующие большую часть спекулятивной работы, производимой выпускниками духовных Академий. Работы Фроловского не упоминают об их полном бесплодии в морали и социальных науках. Отчасти из-за церковной и политической цензуры, но в основном от естественного торможения, академическая теологическая и философская мысль полностью провалилась везде, где исследовался реальный мир и человек. Малое, что было сделано в этой области, может быть утешительным для экспертов прежде всего тех, кто хотел увидеть, что делает вера с верующими, но это было глубоко неприменимо к настоящему человеческому положению и непригодно для сомнений и сложностей девятнадцатого века. Признаемся, к шестидесятым годам уже существовала некая христианская апологетика, литература (например, обзор «Вера и разум», опубликованный в Харькове), хотя она была полна банальности, грубости, сомнительного использования научных терминов, часто непонятых и заимствованные из теорий, уже устаревших и вытесненных. Была попытка Юркевича, завидующего успеху Чернышевского (о котором будет больше сказано позже), описать то, в чем нуждалась Церковь, однако, это не стало апологетикой или даже религиозной философией для проведения стычек, но сострадательным умом, который мог бы ответить и обдумать реальное состояние человека и общества. Некоторые делали это, но их судьба действительно была грустной.