Этиология
Структура и свойства
Новый вирус SARS-CoV-2 это несегментированный РНК-содержащий (single-stranded, ssRNA) бетакоронавирус (относится к тому же семейству, что и MERS-CoV и SARS-CoV). Принадлежит к семейству Coronaviridae, подсемейству Orthocoronavirinae, род Betacoronavirus, подрод Sarbecoviridae. Размер вируса 0,1 микрон.
На вирусной поверхности находятся гликопротеиновые «шипы» спайки (S, spike), состоящие из двух субъединиц (S1 и S2). [6.1.] S-гликопротеин SARS-CoV-2 связывается с рецепторами клеток-хозяев ангиотензин-превращающим ферментом 2 (ACE2), что является решающим для проникновения вируса. [7]
SARS-CoV-2 считался генетически более стабильным, чем SARS-CoV и MERS-CoV. Однако в публикации от 12 марта сказано, что в геноме коронавируса SARS-CoV-2, который обнаружен у восьми госпитализированных пациентов в Сингапуре, зафиксирована делеция (потеря части генетического материала). [8]
Популяционный генетический анализ 103 геномов SARS-CoV-2 показал, что вирус эволюционировал в два основных типа (L и S). Тип L (70%) более распространен, чем тип S (30%). Тип S эволюционно старше и менее агрессивен. [9]
Стабильность при разных условиях окружающей среды
Температура: 4° С выживаемость более 14 дней, 22° С выживаемость от 7 до 14 дней, 70° С выживаемость до 5 минут.
Выживание на поверхностях: бумага до 3 часов, одежда и дерево до 2 дней, сталь и пластик до 7 дней, стекло до 4 дней, банкноты до 4 дней, внешняя поверхность маски больше 7 дней. Вирус чувствителен к бытовому отбеливателю, этанолу (70%), хлоргексидину (0,05%) и т. д. [10]
Происхождение
В определенный момент вирус мутировал и приобрел новый протеин, который сделал его опасным для человека. Это произошло в процессе спилловера (англ. spillover).
Резервуар летучие мыши (Rhinolophus sinicus [12]); промежуточный хозяин: ящерица панголин (Manis javanica)? Существование промежуточного животного-хозяина SARS-CoV-2 между вероятным резервуаром летучей мыши и людьми все еще находится в стадии исследования. [13]
На основании имеющейся информации, неизвестно, оказывает ли 2019-nCoV какое-либо влияние на здоровье животных, и о каких-либо конкретных событиях не сообщалось ни у одного вида. [14]
22 января в Journal of Medical Virology Wei Ji и соавторами было опубликовано исследование о том, что 2019-nCoV обладает наиболее сходной генетической информацией с коронавирусом летучей мыши и наиболее схожим смещением в использовании кодонов со змеей. Тем не менее, последующие исследования показали, что источником вируса всё же являются летучие мыши.
Обнаружение белка AS-SCoV2 и bat-SL-RatG13 у вируса SARS-CoV-2 позволило предположить, что новый коронавирус, вероятно, возник в результате генетического дрейфа из bat-SL-CoV-RaTG13. [15]
В исследование «Genomic variance of the 2019nCoV coronavirus» обнаружено, что геном CoV летучей мыши на 96,2% идентичен геному 2019-nCoV. [16]
Учёные пришли к выводу, что вирус SARS-CoV-2 не произошел непосредственно от панголинов. Однако, из-за ограниченных метагеномных данных о вирусах, полученных из панголинов, нельзя исключить, что другие китайские панголины могут содержать коронавирусы, которые демонстрируют большее сходство с вирусом SARS-CoV-2. [17]
Анализ общедоступных данных о последовательности генома из SARS-CoV-2 и родственных вирусов выявил доказательства того, что вирус не был произведен в лаборатории. [18]
До сих пор нет доказательств того, что морепродукты с рынка в Ухане вызвали пневмонию, связанную с 2019-nCoV. [19]
Механизмы передачи
1) Прямой воздушно-капельный (через капельки слюны). Новый коронавирус это респираторный вирус, который распространяется в основном при контакте с капельками, образующимися при дыхании инфицированных людей, например, когда они чихают, кашляют или сморкаются.
2) непрямой (контактно-бытовой) при прикосновении к поверхностям, на которых находится вирус.
В исследовании китайских врачей были упоминания об обнаружении вируса в фекальных массах больных, однако фекально-оральный механизм передачи официально не подтверждён. [20]
Кроме того, Xia и соавт. обнаружили РНК SARS-CoV-2 в двух образцах слёз и секрета конъюнктивы у одного пациента из 30 с конъюнктивитом и с диагнозом COVID19. У 29 остальных пациентов конъюнктивита не было. Исследователи отметили, что передача SARS-CoV-2 через конъюнктивальный секрет не распространена и менее вероятна, но также заявили, что риск передачи не может быть полностью исключен. [21]