В правление Абдулло-хана Шейбанида (15831588) был завоеван Бадахшан, Ташкент и Хорезм. Из Самарканда он перенес столицу в Бухару, а ханство стало называться Бухарским, куда входили Самарканд, Ташкент, Бухара, Карши, Мианкальская долина, Балх, Гиссар.
При шахе Персии Аббасе I Сефевиде (15871628) была завоевана значительная часть Хорасана. Казахский хан Тевеккель захватил Ташкент. Из-за отсутствия наследников прервалась династия Шейбанидов. Феодальная аристократия, в связи с гибелью наследников-шейбанидов, возвела на престол старшего сына Джонибека Дин-Мухаммеда Аштарханида. Этим было положено начало правления династии аштарханидов.
В результате войн аштарханидов против казахского хана Тевеккеля и персидского шаха Аббаса им удалось удержать в своем владении бóльшую часть Средней Азии и область Балха.
В результате междоусобиц среди феодально-родовой знати Мавераннахра у аштарханидов не прекращалась борьба за обладание верховной властью в ханстве[22].
Еще в XVI в. в Хорезме возникло самостоятельное Узбекское ханство во главе с ханом Ильбарсом, одним из потомков чингизидов по линии казахских султанов. В период правления ханов Абулазиза и Субхон-Кули обострились отношения между Хивинским ханством и Бухарским эмиратом. После того, как бухарские ханы завладели долиной Кундуза, они делали набеги на Бадахшан, пытаясь овладеть рубиновыми копями, где добывалась шпинель.
В XVII в. в связи с высыханием рукава Амударьи, снабжавшего водой столицу ханства город Ургенч, столица, как сказано выше, была перенесена в Хиву и ханство стало называться Хивинским.
При последнем представителе династии аштарханидов Абулфеиз-хане (17111747) ханство распалось на отдельные самостоятельные области[23], в том числе область Гур, так в средневековье называлась страна в верховьях р. Герируд. Она занимала земли от Герата до Бамиана и границ Кабула и Газны. С запада, севера и востока Гур граничил с землями таджиков. К середине XVIII в. образовалось феодальное государство Гуридов. Правители Гура периодически признавали власть династии газневидов, а затем восстанавливали свою независимость.
В середине XVIII в. Средняя Азия подверглась нападению персидского шаха Надира Афшара. Он, одержав победы в Афганистане, на Кавказе и Индии в 1740 г. через Балх и Чарджоу вступил в Мавераннахр. Бухара стала вассальным владением Надир-шаха. Далее Надир-шах захватил Хиву, после упорного сопротивления Ильбарс-хана, погибшего в бою.
В 1747 г. Надир-шах был убит своими царедворцами и созданное им огромное государство распалось.
Ахмад-хан из рода абдали, военачальник Надир-шаха, после убийства последнего, отправился в Кандагар и сумел объединить вокруг себя вождей афганских племен. В 1747 г. он был провозглашен шахом Афганистана. В состав государства Ахмад-шаха вошли многие области, населенные таджиками и узбеками, в частности, Герат. В 1751 г. Ахмад-шах послал войска на южный берег Амударьи, населенный таджиками и узбеками. Временно были подчинены Ахмад-шаху ханства Андхой, Меймене, Ахча, Шибирган. В Балхе был размещен афганский гарнизон.
Позднее, в XIX в. таджикские, узбекские и туркменские земли левобережья Амударьи в результате военных действий афганской стороны были включены в состав Афганистана. О положении перечисленных народов сохранились сведения афганского автора XIX в. Мухаммед-Хаят-хана в его сочинении «Хаяти Афган»: «Они давно потеряли права землевладения и переведены на положение арендаторов или подневольных батраков у афганцев»[24].
В 1747 г. Мухаммед-Рахим-бий убил Абулфайз-хана и его наследников и стал эмиром Бухарского эмирата, основателем Мангытской династии. При нем усилилась феодальная раздробленность государства и сократилась его территория.
В XVIII в. независимыми владениями объявили себя Шахрисябз, Гиссар и Бадахшан. Куляб в верховьях Зеравшана оставался полусамостоятельным и управлялся местными правителями[25].
В Бухарском эмирате при эмире Шохмуроде (17851800) наступила стабильность, проводились реформы в государственном управлении и экономике. Эмир Шохмурод отвоевал у Ирана Мерв. Воюя со своим братом Умар-бием наместником Мерва, Шохмурод разрушил Мургабскую плотину и переселил большую часть населения в Самарканд и Бухару, что привело к полному запустению Мервского оазиса.