Эмир Шохмурод совершил несколько военных походов в персидский Хоросан, откуда привез в Бухару много пленных жителей, что способствовало развитию работорговли.
Правление эмира Насрулло (18261860) в Бухарском эмирате отличалось постоянными войнами с Хивинским, Кокандским и Шахрисябским ханствами, что нанесло урон хозяйству и культуре Средней Азии.
Кокандское ханство в Ферганской долине расширилось и укрепилось в правление ханов из династии Минг при Алим-хане (18001809) и Умар-хане (18091822). Алим-хан совершил 15 походов на Ура-Тюбе, воевал с Хорезмом и казахскими ханами, расширил границы Кокандского ханства далеко на север и в 1808 г. захватил Ташкент и земли по берегам р. Чу. В 30-х гг. XIX в. им были завоеваны Каратегин и Дарваз, населенные таджиками.
Бухарский эмир Насрулло вел войны с Кокандским ханством, опустошил Ферганскую долину.
Постоянными были военные столкновения между Шахрисябзским ханством и Бухарским эмиратом. Правитель Шахрисябза захватил часть Яккабага и Чиракчи. Только в 1856 г. эмир Бухары Нас рулло подчинил себе Шахрисябз.
Большинство таджиков Средней Азии проживало в городах Бухарского эмирата и Кокандского ханства, в Ферганской долине, в Бухарском оазисе, в горных княжествах Каратегине, Вахане, Шугнане, в меньшем количестве в Хивинском ханстве и казахских жузах (в районе Аулие-Аты, Чимкента), в Китайском Туркестане (Кашгаре, Хотане), в Северной Индии и Иранском Хоросане[26].
C XVII в. история таджикского народа связывается с Бухарским ханством, населением которого являлись оседлые таджики и кочевники Дешт-и-Кипчака. Среди кочевых племен преобладали кипчаки.
Дипломатические отношения России, Бухарского и Хивинского ханств начались при Имом-Кули-хане. В 1620 г. он послал эмира Одам-бия в Москву к царю Михаилу Федоровичу Романову, а 23 июня 1620 г. принял российского посла Ивана Хохлова. В Бухаре побывали посольства: в 16691671 гг. братьев Пазухиных, в 16751676 гг. С. Даудова и Касымова.
При императоре Петре I в Среднюю Азию были направлены две военно-дипломатические экспедиции: в 1714 г. во главе с князем А. Бековичем-Черкасским и в 1715 г. во главе с капитаном И. Бухгольцем. Экспедиция А. Бековича-Черкасского прошла через Астрахань и достигла в 1717 г. Хивы. Экспедиция И. Бухгольца двигалась по Иртышу до Яркенда, а оттуда к центру Средней Азии. Обе экспедиции потерпели неудачу.
В 1721 г. Петр I послал в Бухару российского посла Флорио Беневини для встречи с бухарским ханом Абулфайзом и заключения военного союза против Хивы. Это посольство было безрезультатным и вернулось в Россию в 1725 г.
В это время усиливаются торговые связи между Средней Азией и Россией. Среднеазиатские купцы были посредниками в торговле между Россией и Китаем, а также между кочевой степью и русскими городами Сибири. Русские купцы в свою очередь были посредниками в торговле Средней Азии с Западной Европой. Но торговле препятствовали кочевники Хивинской и Кипчакской степей. Бухарский хан Субхон-Кули обратился к московскому царю с просьбой построить на р. Эмбе крепость для охраны купеческих караванов обеих стран от нападений. В 1675 г. хивинский хан Ануша обратился в Москву с просьбой построить крепость на Мангышлаке для безопасности торговых караванов[27].
В Бухарский эмират из России были направлены в 1780 г. переводчик И. Н. Бекчурин; в 1794 г. горный инженер Бурнашев; в 1820 г. дипломатическая миссия Негри; в 1841 г. миссия К. Ф. Бутенева, в нее был включен востоковед Н. В. Ханыков; и в 1858 г. с дипломатической миссией был в Бухаре полковник Н. П. Игнатьев.
В 1847 г. царские войска достигли Аральского моря, где было построено укрепление Раим, позднее Аральский форт.
Второй военный отряд продвигался из Сибири в Среднюю Азию. Оба отряда подошли с двух сторон к Кокандскому ханству.
В 1853 г. оренбургский генерал-губернатор В. А. Перовский после 22-х дневной осады штурмом взял кокандскую крепость Ак-Мечеть, переименованную в форт Перовск. Генерал-губернатор В. А. Перовский присоединил к России часть земель Кокандского ханства (500 кв. верст).
Начало присоединения Казахстана и Средней Азии к России
В 1731 г. хан Младшего казахского жуза Абулхаир начал переговоры с царским правительством о добровольном вхождении Младшего казахского жуза в состав России, что отвечало потребностям политического, социально-экономического и культурного развития казахского народа. 8 сентября 1730 г. Абулхаир-хан обратился к царскому правительству с просьбой о принятии его с 40 тыс. кибиток Младшего жуза в российское подданство[28]. Официально о принятии казахов Младшего жуза говорилось в грамоте за подписью императрицы Анны Иоанновны от 19 февраля 1731 г. 10 октября 1731 г. переводчиком А. И. Тевкелевым было осуществлено официальное оформление подданства и принята присяга у казахов Младшего жуза.