После смерти Рахим-хана Мухаммеда от Бухарского эмирата отложился правитель Ура-Тюбе и Ходжента, захвативший Джизак, Катта-Курган, Хатырчи, Самарканд[17].
Сохранились данные по 1794 г. о численности населения Бухарского ханства, которое исчислялось в 3 млн. человек.
Верховья Зеравшана и Гиссара входили в Бухарский эмират; Канибадам, Исфара, временами Дарваз и Каратегин в состав Кокандского ханства.
Население Восточной Бухары и Памира составляло около 400 тыс. человек.
Таджики составляли основное население Денау, Ширабада, Байсуна, Сары-Джуя, южных отрогов Гиссарского хребта (ущелий Ширкендарьи, Каратагдарьи, Ханакадарьи, Варзоба, Семиганча, Лучоба, Кафирнигана), долин Файзабада, Дашти-Будона, горных районов Куляба, Каратегина, Дарваза, Памира.
Таджики и узбеки жили в крупных городах и селениях Ширабад, Байсун, Гузар, Келиф, Регар.
Узбеки разных племен и родов жили в долинах Гиссара, Сурхандарьи, Явана, Кулябя, Вахша и Бешкента. В Сурханской долине селились узбеки рода кунград; в Гиссарской юзы, марка, барлос, тюрки; в Яванской и Кулябской карлуки и локайцы; в Сурхане, Кулябе, в низовья Вахша и Кафирнигана катаганцы.
Киргизы селились в Каратегине, Гиссаре и на Восточном Памире.
В Курган-Тюбинском районе и Восточной Бухаре селились кочевники туркмены-эрсаринцы, прикочевавшие из Чарджоу и Афганистана.
Повсеместно с таджиками проживали в небольшом количестве евреи, персы, афганцы, арабы, лезгины, армяне, индусы[18].
На престоле Бухарского эмирата сидел престарелый Абулгази-хан, но управлял страной аталык Даниёл-бий. Он под Кермине нанес поражение сепаратистам и освободил захваченные ими города.
Аталык Шах-Мурад низложил Абулгази-хана и стал эмиром Бухарского государства. Он совершил военные походы на Мерв, северо-восточный Хоросан, воевал с Тимур-шахом афганским. Он подчинил себе непокорные Гиссар и Ура-Тюбе, служившие яблоком раздора между Бухарским и Хивинским ханствами.
Кокандское ханство образовалось в первой половине XVIII в. В 1732 г. Абдул-Рахим-бий основал город Коканд. Его преемник Абдул-Карим-бий расширил пределы Кокандского ханства.
В первой половине XIX в. таджики составляли большинство в Канибадаме и Исфаре, входивших в Кокандское ханство. За города Ходжент, Нау и Ура-Тюбе шла борьба Кокандского ханства и Бухарского эмирата. В первой половине XIX в. Ходжент и Ура-Тюбе оставались вассалами Коканда[19].
В 1856 г. бухарскому эмиру удалось подчинить Шахрисябзское бекство, в состав которого входили Китаб и Яккабаг, населенные таджиками. Но через 10 лет Шахрисябз стал вновь независимым.
Южные и юго-восточные территории с таджикским населением в начале были независимыми владениями. В 1800 г. Гиссар признал зависимость от Бухары, его жители участвовали в объединенных войсках Гиссара, Андхоя и Балха в бухарских военных походах. В первой половине XIX в. названные области перестали зависеть от Бухары. Независимыми феодальными владениями стали Каратегин, Дарваз, Рушан, Шугнан, Вахан, населенные таджиками.
В 1877 г. Каратегин и Дарваз были подчинены Бухарским эмиратом.
Балх, Меймене, Андхой, Катаган сохранили самостоятельность. Здесь правили узбеки, а основные жители были оседлыми таджиками.
В середине XIX в. независимый Бадахшан распался на три самостоятельных района: Центральный с городом Файзабад, Западный с городом Рустак, Восточный с городом Ишкашим.
В 60-х гг. XIX в. российские войска начали продвижение в Среднюю Азию. В 18651866 г. пали Ташкент, Ходжент, Ура-Тюбе и Джизак.
В 18601885 гг. бухарский эмир захватывает Гиссар и Куляб[20].
Таджики жили на территории Бухарского эмирата, Кокандского ханства и Афганистана. В последнем таджики составляли значительную часть населения Кабула, Джелалабада, Кухистана. Они селились в домиках Пяндшира, Горбенда, Ниджроу, Кунгара, Хосты. На севере Афганистана вместе с таджиками селились узбеки.
В Бухарском эмирате и Кокандском ханстве таджики жили в сельской местности и городах Самарканд, Ходжент, Бухара, Ура-Тюбе, Гиссар.
Таджики составляли большинство в верховьях рек Чирчик и Зеравшан и горных долинах, отделяющих Зеравшан от Сырдарьи. Их соседями были узбеки, казахи, киргизы.
В XIX в. отмечались переселения таджиков из Бухары и Самарканда в пределы Кокандского ханства и наоборот. Таджики утратили родовое деление и селились как отдельными анклавами, так и смешанно с другими народами, в том числе и с узбеками, селившимся с учетом их родоплеменного состава[21].