Точка зрения митрополита Филарета была близка к позиции А. П. Толстого. Углубление греко-болгарских противоречий к началу 1861 г. и особенно действия болгар в пользу унии привели московского митрополита к убеждению, что Русская Церковь не должна выступать более официальным посредником в деле примирения. «Мысль о том, чтобы архимандрита Антонина употребить скромным посредником, была представлена прежде с большею надеждою, нежели ныне. И теперь можно поручить архимандриту Антонину изъяснить разделенным сторонам крайнее сожаление российской иерархии о происшедшем разделении () и искреннее желание, чтобы единение и мир церковный восстановлены были посредством взаимных уступок. Но он должен быть только конфиденциальным, а не официальным действователем, по той предосторожности, чтобы невнимание к официальному доверенному лицу Российской Церкви не уменьшило мира, который она старается умножить».[55] Тем более с крайним неодобрением отнесся Филарет к идее командирования в Константинополь особого миротворческого посольства от Русской Церкви во главе с епископом. Помимо щекотливого положения такого епископа в каноническом отношении, подобная акция несомненно была бы истолкована в политическом смысле.[56]
24 февраля 1861 г. в Патриархии был официально оглашен патриарший акт об отлучении болгарских митрополитов Илариона, Авксентия и Паисия. На том же соборе Патриархия выступила с проектом урегулирования болгарского вопроса (так называемые «15 пунктов»), который предусматривал учитывать при назначении архиереев национальный состав паствы и не препятствовать использованию славянского языка при богослужении. Болгарский митрополит Паисий ответил на собор ответным отлучением Патриарха Иоакима.[57] «В Фанаре был сегодня случай, редкий в церковных летописях, писал по поводу собора архимандрит Антонин. В Патриархии собрались 6 Патриархов и 25 митрополитов для суда над отщепенцами Иларионом, Авксентием и Паисием Филиппопольским. Илариона три раза звали на собор, но он не пошел. Вслед за тем было произнесено соборное низложение его, отлучение от Церкви и приговор к заточению. Той же участи подпали и два другие архиерея. Замечательно, что Паисий грек. Теперь-то начнутся истории! Болгаре несомненно вступятся за своего священноначальника и поднимут шум на весь Константинополь. Итак, все наше усилие примирить враждующих оказалось = 0!»[58] Несомненно критически относящийся к поведению Патриарха, Антонин был при этом далек от сочувствия болгарам. «Нет, видно в наше, всему посмеивающееся, время церковные наказания всего лучше держать под спудом», писал он после известия о служении Илариона вопреки запрещению 26 февраля 1861 г.[59] 27 февраля им были написаны очередные «реляции графу» (т. е. обер-прокурору А. П. Толстому) о болгарских делах.[60]
Первые самостоятельные шаги Антонина в Константинополе подверглись критике со стороны духовного ведомства. Обер-прокурор А. П. Толстой, а вслед за ним и митрополит Филарет были возмущены смелостью первого разговора Антонина с Иоакимом II и той свободой суждений, которые он себе позволял в болгарском вопросе. В частности, митрополит Филарет считал недопустимым, чтобы Антонин давал Патриарху советы касательно церковного устройства болгар и ставил ему в пример устройство Церкви Семи островов.[61] Особенно резким было мнение московского митрополита по поводу донесения Антонина от 6 марта 1861 г.[62] Совершенно справедливое возмущение вызвало у Филарета наивное предложение Антонина обсудить с Патриархом проблему симонии в Восточной Церкви. Не вызвали у митрополита сочувствия и историко-канонические рассуждения Антонина о правилах Сардикийского собора, согласно которым Римскому епископу принадлежало право верховного суда над всей Церковью. Письмо Антонина от 6 марта, критический отзыв на него Филарета и ответное послание Антонина представляют собой целое полемическое исследование по каноническому праву. «Нимало не думаю, чтобы архимандрит Антонин был наклонен к неправославию. Но так могло случиться с человеком, который получил образование не под твердым руководством, а более собственными усилиями и не очень осторожно доверяет мудрованию собственному», такую суровую и даже в некотором смысле опасную оценку Антонину дает митрополит Филарет.