Разумеется, подобный «разнос» одного из самых содержательных донесений Антонина константинопольского периода вызвал у него обиду и тревогу. «Из Синода присланы горькие замечания мне по поводу письма моего к прокурору от 6-го марта. Отделал же мою худость неутомимый владыка Московский! писал Антонин по этому поводу в своем дневнике 9 мая 1861 г. Вечером уже писал ответ Св. Синоду на делаемые мне упреки в невежестве, в неуважении к духовной власти, в суемудрии, и, наконец, даже в неправославии».[63] К 16 мая пространные ответные письма были окончены и отосланы.
Немного позднее, в июле 1861 г., во время своего посещения Константинополя, этой перепиской заинтересовался Н. П. Игнатьев (тогда директор Азиатского департамента), который попросил о. Антонина скопировать одно из писем для себя. 18 июля Антонин вместе с Игнатьевым посетил Патриарха, где «пустились в океан дипломации самой тонкой, самой гибкой, самой сладкой».[64] Это была первая встреча Антонина со знаменитым дипломатом, с которым впоследствии у него установились самые близкие дружеские отношения. По впечатлениям и материалам этой поездки Игнатьев составил записку по церковному вопросу, в которой предлагал следующую программу решения спора; создание болгарских епархий на территориях с болгарским населением; избрание в них болгарских епископов; введение богослужения на языке преобладающей национальности; Патриарх имеет двух наместников, один из которых должен быть славянином; патриарший Синод и смешанный совет делятся на два отдела, один из которых состоит из славянских архиереев. Понимая трудность непосредственного проведения такого плана, Игнатьев предлагал начать пропаганду его в болгарских провинциях с тем, чтобы впоследствии при содействии России он был принят и Патриархией.[65]
С середины 1861 г. церковное движение болгар перешло в новую стадию. Он и стали искать возможность добиться цели путем непосредственных переговоров с Портой. В Константинополе было учреждено официальное болгарское Народное представительство, которое отвергло условия, предложенные церковным собором и выдвинуло свои собственные (так называемые «8 пунктов»), среди которых наиболее радикальные касались участия болгар в выборах Патриарха (количество голосов соотносилось с численностью паствы), половина членов Синода должна была быть представлена болгарами, в смешанных епархиях национальная принадлежность архиерея определялась этническим составом основной части населения. Российское посольство поддержало требования болгар, Патриархия же категорически отвергла их.[66]
5 сентября 1861 г. Антонин отмечает в Дневнике: «Писал письмо к московскому великому старцу. Читал заметки оного по болгарским делам, из коих вывел заключение, что майское письмо мое к нему не доставлено. Как это объяснить?»[67] 18 сентября он получил новые замечания митрополита Филарета. Назревавший конфликт с митрополитом Филаретом вызвал у Антонина опасения, что его отправят в Россию. «Старец, я думаю, постарается упечь меня куда-нибудь посевернее Царьграда», сетовал он.[68] Однако быстро развивающиеся события в Константинополе требовали участия архимандрита Антонина.
Российской дипломатии удалось нанести болгарской унии удар весьма оригинальным способом. 6 июня 1861 г архиепископ Иосиф Сокольский был приглашен на посольскую дачу в Буюк-Дере на Босфоре, и в ходе разговоров он взошел на русский корабль, который доставил его в Одессу. Из Одессы Иосиф был препровожден в Киев, где с тех пор проживал в Киево-Печерской лавре. Похищение Иосифа было представлено в официальной версии как желание найти убежище в России и вернуться в православие. Для ускорения этого были приняты все меры. Более того, Киевский митрополит Арсений сослужил с ним литургию, что расценивалось как шаг необдуманный и поспешный. Признание Иосифа в России с канонической очки зрения было невозможно без принятия его в церковной общине Константинопольским Патриархом. Задача переговоров с Патриархом по этому вопросу была возложена на Антонина. При первом разговоре Иоаким II ответил категорическим отказом. Однако надежда на благоприятное решение вопроса оставалась. «Надобно, чтобы святейший Патриарх отступил от своего строгого суждения о Иосифе, которое выразил архимандриту Антонину, и чтобы согласился оставить Иосифа без преследования, писал митрополит Филарет. Нельзя ли поручить архимандриту Антонину смиренно довести до сведения Вселенского Патриарха, что российское духовенство находит полезным для Православной Церкви, чтобы Иосифу было оказано снисхождение».[69] Это поручение, переданное Антонину через посланника, было выполнено им 30 мая 1862 г. В результате беседы с Патриархом выяснилось, что Иоаким II не только не был намерен идти навстречу пожеланиям российского Св. Синода признать Иосифа Сокольского в сущем сане, но и высказывал мнение, что католики вообще не являются христианами, так как не практикуют правильного таинства Крещения (донесение от 1 апреля 1862 г.). Ввиду неуступчивости Патриарха, по совету митрополита Филарета, и Русская Церковь воздержалась от официального признания архиерейского сана Иосифа Сокольского. Несмотря на не однократные просьбы о возвращении на родину, из Киевской лавры он отпущен так и не был и скончался там 30 сентября 1879 г.