Архимандрит Антонин в это время только начал входить в константинопольские дела. О патриарших выборах в своем дневнике он замечает кратко: «Фанарь весь в эти дни находится νω-κάτω по случаю патриарших выборов. Кандидаты на высокую кафедру суть: Анфим, бывший Патриарх Вселенский, Каллиник П[атриарх] Александрийский и Иоаким митрополит Кизический» (запись от 4 октября). Так же лаконично сообщает он на следующий день о выборе Иоакима II.[47] 12 октября Антонин отправился с визитом к новому Патриарху. «Был с визитом у нового Патриарха, всесвятейшего Иоакима, пишет он в дневнике. Нашел его человеком весьма ласковым и умным, по крайней мере отлично смышленым. Более часу я разговаривал с ним, преимущественно занимаясь вопросом болгарским. Ни малейшей уступки соплеменникам нашим нельзя ожидать от упорного старца. Я уже предлагал ему в образец устройства систему церковного управления на 7-ми островах». Патриарх пытался уверить Антонина, что болгарский вопрос есть интрига немногих лиц. «Пусть только церковь поступит по всей строгости с Иларионом, от него все отступятся и дело кончится», уверял Иоаким. После того Антонин посетил митрополита Илариона, который также не был согласен ни на какие уступки.[48] Русской Церкви не оставалось ничего другого, кроме нейтралитета. После праздника Рождества 1860 г. Антонин получил просфору от попечителей болгарской церкви с приглашением служить литургию на престольный праздник Св. Стефана. «Попробуй-ка, сходи. Еще не то заговорят гръци», с грустной иронией комментирует он это в дневнике (запись от 26 декабря 1860 г.).[49]
Новый Патриарх Иоаким II занял позицию крайней неуступчивости в болгарском деле. При поддержке Зографоса и Зарифиса Иоаким предпринял все усилия к нейтрализации влияния бывшего Патриарха Григория VI, стремившегося достичь компромисса в болгарском вопросе и имевшего репутацию русофила. В этой обстановке часть болгарских церковно-политических деятелей (Д. Цанков, игумен Габровского монастыря Иосиф Сокольский, архимандрит Макарий) решили прибегнуть к унии с Католической Церковью. Первые официальные переговоры по этому вопросу были проведены в декабре 1860 г., а уже в апреле 1861 г. Иосиф Сокольский был рукоположен в Риме в качестве болгаро-католического епископа. Иларион Макариупольский отказался присоединиться к унии; напротив, он обращался к своей пастве с призывами не поддаваться соблазну. Уния с папским престолом, предпринятая частью болгарских церковных политиков, была политическим маневром, который имел довольно широкий резонанс и повлек за со бой присоединение к Риму целого ряда населенных пунктов в разных частях Болгарии, Македонии и Фракии. Прочного успеха это движение, впрочем, не смогло добиться.
Меньший резонанс имели попытки воспользоваться болгарскими событиями, предпринятые в начале 1861 г. протестантскими миссионерами в Константинополе. По инициативе доктора И. Ригса был подготовлен меморандум к отделению Евангельского союза в османской столице. Под ним подписались несколько десятков выдающихся болгарских деятелей, в том числе митрополиты Иларион и Авксентий. Надежды болгар на поддержку со стороны протестантских государств, в первую очередь Великобритании, не оправдались.[50] На нежелание Евангельского союза открыто вмешиваться в греко-болгарскую распрю указывали российские дипломаты[51]; в том же ключе комментировал эту переписку и Антонин (Капустин) (донесение от 7 февраля).
Намерение Патриарха предать митрополита Илариона отлучению вызвало сильную тревогу в Петербурге. В самом начале 1861 г. Иоакима II посетил посланник Лобанов-Ростовский. Из его краткого донесения от 5 января понятно, что Патриарх настаивал на том, чтобы сохранить любой ценой полноту своей власти; он никак не мог согласиться с тем, чтобы болгарский митрополит встал во главе других болгарских архиереев. Единственное, что Иоаким мог допустить, это выборность архиереев и частичную финансовую самостоятельность болгарских епархий.[52] Визит Антонина к Патриарху 20 января 1861 г. показал, что ссылка Илариона неизбежна. «Направил стопы свои к Вселенскому Патриарху, с которым и имел продолжительную беседу о делах болгаро-греческих. Хитрый и у прямый до самого краю старик! Не подается нисколько. Илариону не миновать ссылки», комментирует он в дневнике.[53] В Петербурге разрабатывался план составления особого письма к Патриарху от Св. Синода с предупреждением против решительных шагов. В этой острой ситуации обер-прокурор выступление против греков считал особо опасным.[54]