Антонин Капустин, таким образом, прибыл в Константинополь в чрезвычайно сложный момент развития церковно-политической ситуации. С одной стороны, налицо был конфликт между митрополитами-геронтами, сочувствующим им высшим духовенством и мирянами-членами смешанного совета; с другой стороны, Порта и народное собрание требовали скорейшего принятия нового устава. К этому прибавлялось несогласие в мнениях русского МИДа и посольства с точкой зрения Св. Синода. Как было сказано выше, на дипломатические способности Антонина возлагались большие надежды. «Прямое, формальное сношение [Русской церкви с Константинопольской. Л. Г.] не принесет той пользы, которую принесло частное и косвенное, писал по поводу константинопольских церковных дел митрополит Филарет. Не думаю, чтобы можно было действовать иначе, как до сих пор действовано. В такое действование, может быть, не без пользы был бы введен архимандрит Антонин, если бы он был перемещен в Константинополь (записка от 17 декабря 1859 г.)».[44] Был ли готов архимандрит Антонин к подобной ситуации? Конечно, уже из Афин он многое знал и о реформах в Патриархате, и о греко-болгарском вопросе. Однако на первых порах ему было непросто разобраться во всех тонкостях константинопольской жизни и правильно действовать в каждом случае. Горячий поклонник греко-византийской культуры и греческих церковных обычаев, Антонин, однако, не был склонен сочувствовать греческому национализму, тем более что этот национализм был зачастую направлен и против России. Впрочем, движение болгар также не вызывало у него особых симпатий.
Между тем конфликт по поводу принятия церковного устава привел к патриаршему кризису и отставке Патриарха в июле 1860 г. Русское посольство не только внимательно следило за ходом событий, но и старалось на него воздействовать: так, дипломатия настаивала на том, чтобы Порта отказалась от своего намерения вычеркивать политически неблагонадежных кандидатов из предвыборного списка.[45] В октябре 1860 г. на патриарший престол был выбран Иоаким II (18601863). Неофанариотские круги, определявшие закулисный ход патриарших выборов, к этому времени претерпели определенные изменения. Великий логофет Николай Аристархис, который до Крымской войны возглавлял прорусскую партию, был отстранен от дел; С. Вогоридис и И. Психарис, стоявшие во главе проанглийской и профранцузской партий, скончались, первый в 1859 и второй в 1861 г. Фактически положение в Константинополе в 1860 г. определялось двумя банкирами Христаки Зографосом и Георгием Зарифисом, которые в союзе с консервативным крылом Н. Аристархиса и И. Психариса, при поддержке Аали-паши и Фуад-паши (руководителей Танзимата) возвели на престол Иоакима II.[46] Вопреки всеобщим ожиданиям, Иоаким не стал действовать в пользу восстановления режима геронтов, но, напротив, активно поддерживал проведение реформ в Патриархате.
Архимандрит Антонин в это время только начал входить в константинопольские дела. О патриарших выборах в своем дневнике он замечает кратко: «Фанарь весь в эти дни находится νω-κάτω по случаю патриарших выборов. Кандидаты на высокую кафедру суть: Анфим, бывший Патриарх Вселенский, Каллиник П[атриарх] Александрийский и Иоаким митрополит Кизический» (запись от 4 октября). Так же лаконично сообщает он на следующий день о выборе Иоакима II.[47] 12 октября Антонин отправился с визитом к новому Патриарху. «Был с визитом у нового Патриарха, всесвятейшего Иоакима, пишет он в дневнике. Нашел его человеком весьма ласковым и умным, по крайней мере отлично смышленым. Более часу я разговаривал с ним, преимущественно занимаясь вопросом болгарским. Ни малейшей уступки соплеменникам нашим нельзя ожидать от упорного старца. Я уже предлагал ему в образец устройства систему церковного управления на 7-ми островах». Патриарх пытался уверить Антонина, что болгарский вопрос есть интрига немногих лиц. «Пусть только церковь поступит по всей строгости с Иларионом, от него все отступятся и дело кончится», уверял Иоаким. После того Антонин посетил митрополита Илариона, который также не был согласен ни на какие уступки.[48] Русской Церкви не оставалось ничего другого, кроме нейтралитета. После праздника Рождества 1860 г. Антонин получил просфору от попечителей болгарской церкви с приглашением служить литургию на престольный праздник Св. Стефана. «Попробуй-ка, сходи. Еще не то заговорят гръци», с грустной иронией комментирует он это в дневнике (запись от 26 декабря 1860 г.).[49]