Провиантский департамент занимался снабжением войск продовольствием и фуражом. Его органами на местах были так называемые комиссии, располагавшиеся в Петербурге, Москве, Выборге, Риге, Витебске, Киеве, Кременчуге, Оренбурге, Тобольске и других городах. Департамент собирал сведения об урожаях во всех губерниях, о потребности различного продовольствия в тех или иных местах государства, о ценах на хлеб, расходах зерна на винокурение и т. д. В его задачу входили устройство складов и хранилищ продовольствия, их строительство и ремонт, а также и контроль за расходованием средств.
Медицинский департамент отвечал за организацию военно-медицинской службы: от контроля за правильностью лечения в лазаретах до организации прививки оспы солдатским детям.
Кроме департаментов в состав министерства входили военный учёный комитет, военное топографическое депо, типография и особая канцелярия, занимавшаяся секретным делопроизводством. Эти структурные подразделения находились в поле зрения военного министра и выполняли его поручения.
Военное топографическое депо было организовано "под непосредственным начальством военного министра для собирания, составления и хранения карт, планов, чертежей, топографических и статистических описаний журналов и донесений о военных действиях, проектов и диспозиций наступательной и оборонительной войны, и особенно для сочинения из всех собираемых материалов основательных записок и таблиц из исторических военных сведений.
Деятельность депо была столь же скрупулёзно расписана по пунктам, как и деятельность департаментов, отделений и столов.
Документ "Учреждение военного министерства" Александр I утвердил 27 января 1812 года. Вторым не менее важным документом стало "Учреждение для управлений большой действующей армией", утверждённое императором в тот же самый день. Оба документа были созданы уже упомянутой "Комиссией для составления военных уставов и уложений".
К работе над "Учреждением для управления большой действующей армией" были привлечены личные секретари военного министра майор А. В. Воейков и статский чиновник Е. Ф. Канкрин, ставший впоследствии министром финансов.
Разработанный документ должен был устранить ненужное дублирование приказов и действий, повысить оперативность и чёткость руководства войсками во всех звеньях, ввести единообразие в структуре частей и подразделений, строго определить круг вопросов и обязанностей, находящихся в компетенции различных служб.
Главной задачей нового документа явилось придание всем сухопутным силам России такой структуры и такого порядка, которые оказались бы оптимальными в случае начала большой войны, требующей введения в бой огромной действующей армии.
Приступая к работе над "Учреждением для управления большой действующей армией", его создатели понимали, что в этом документе должен быть обобщён не только передовой отечественный, но и мировой военный опыт.
Работа началась почти сразу после назначения М. Б. Барклая-де-Толли военным министром и продолжалась до февраля 1812 года. Материалами для составления документа послужили все постановления по военной части, существовавшие в России, и аналогичные постановления, изданные во Франции с 1791 года. Последнее обстоятельство делало "Учреждение для управления большой действующей армией" чрезвычайно эффективным для борьбы именно с французской армией. Разработчики штудировали декреты и декларации Конвента, приказы Наполеона и его генералов. Их военный опыт был крайне ценным, а концепции и результаты - убедительными. Не менее интересным было и отечественное военно-историческое наследие.
Примечательно, что самим "Учреждением для управления большой действующей армией" предусматривалось, что по меньшей мере три структурных отдела будут вести исследования по военной истории: Главный штаб, военный учёный комитет и военное топографическое бюро.
Отныне управление действующей армией было сосредоточено в четырёх отделах: Главном штабе и главных управлениях - инженерном, артиллерийском и интендантском. Соответственно были организованы корпусные и дивизионные штабы.
Часть первая - "О главнокомандующем, корпусных и дивизионных начальниках и их штабах" - определяла круг их прав и обязанностей, а также меру ответственности. Приказы и распоряжения главнокомандующего объявлялись обязательными как для армии, так и для гражданских чиновников и приравнивались к повелениям императора. Главнокомандующий назначал и смещал всех начальников, кроме командующих армиями, его власть распространялась и на членов императорской фамилии, если они находились в армии. Даже если сам император был в армии, верховная власть переходила к нему только в том случае, когда он издавал специальный указ об этом. Как видим, Александром I была учтена одна из причин поражения под Аустерлицем.
Однако и ответственность главнокомандующего соизмерялась с его властью. Он отвечал за состояние армии в целом, за порядок в войсках. В случае бездействия, равно как и за злоупотребление властью, он нёс ответственность вплоть до предания суду.
Часть вторая "Учреждения для управления большой действующей армией" определяла состав и обязанности чинов управления начальника Главного штаба. О самом начальнике Главного штаба говорилось, что он избирается из генералитета, причём "при выборе его предполагается, что с отличными природными и военными дарованиями, с нужною деятельностью имеет он основательные познания о правилах войны, о статистике земли, армиею занимаемой, и истории военных боевых действий, бывших в том краю, где война происходит.
Устанавливался круг обязанностей начальника Главного штаба, а также генерал-квартирмейстера, дежурного генерала, генерал-гевальдигера (начальника военной полиции), генерал-вагенмейстера (начальника армейского обоза), коменданта Главной квартиры и других военных чиновников. В том числе в корпусных и дивизионных штабах.
В "Учреждении для управления большой действующей армией" большое место занимали вопросы внутреннего распорядка и поддержания дисциплины. Например, деятельность военной полиции регламентировалась 28 параграфами, в которых излагались проступки и преступления, наказания и штрафные санкции за них, ситуации, требующие вмешательства военной полиции. Ей вменялось в обязанность пресекать пьянство, картёжные игры, воровство, неповиновение командирам. В документ входило и "Полевое уголовное уложение", квалифицировавшее такие преступления, как измена, дезертирство, неповиновение, кража, обмер, обвес и обсчёт, разбой, грабёж, насилие и меры наказания за них.
Часть третья "Учреждения для управления большой действующей армией" регламентировала деятельность интендантского управления "со всеми принадлежащими к оному частями". Обязанность генерал-интенданта состояла в "исправном и достаточном продовольствии армии во всех её положениях съестными припасами, жалованьем, одеждой, амунициею, аптечными веществами, лошадьми и подводами.
Создавалась чёткая структура интендантских служб, важнейшей из которых считалось полевое провиантское управление со своими органами в каждой армии, корпусе и дивизии. Регламентировалось буквально всё: от порядка закупок овса до правильного учёта курса различных валют. Финансовыми вопросами, обеспечением войск лекарствами, медикаментами, лошадьми и телегами занималось полевое комиссариатское управление.
Деятельности инженерного и артиллерийского управлений, канцелярии главнокомандующего была посвящена четвёртая часть "Учреждения для управления большой действующей армией". В приложениях были помещены различные типовые документы - формы табелей, рапортов, ведомостей, накладных и квитанций по различным видам продовольственного и фуражного довольствия, других бумаг.
Издание "Учреждения для управления большой действующей армией" было крупным событием в русском военном строительстве, и, просуществовав с небольшими изменениями более полувека, оно перестало действовать лишь после отмены крепостного права в России, когда была осуществлена военная реформа Д. И. Милютина.