11 октября в Тихом океане во время перехода с Тихоокеанского на Северный флот погибла подводная лодка Л-16. На переходе из Датч-Харбора в Сан-Франциско подводная лодка Л-16, шедшая головной, внезапно взорвалась. С дифферентом на корму 45° она начала быстро погружаться в воду и менее, чем за минуту, затонула. Сигнальщики Л-15 обнаружили два перископа на расстоянии около 10 кабельтовых, а артиллеристы успели выпустить несколько снарядов. Обстоятельства гибели подводной лодки Л-16 до сих пор до конца неясны. После войны ответственность за потопление Л-16 взял на себя командир японской подводной лодкой 1-25 Мейдзи Тагами. Японская подводная лодка возвращалась из района ведения боевых действий у побережья Америки и, обнаружив подводные лодки, выстрелила по ним последнюю оставшуюся торпеду, считая корабли американскими. Радиостанция в Токио 27–28 декабря 1942 г. сообщала о потоплении японской подводной лодкой одной из американских подводных лодок. Судя по времени и месту атаки, это могла быть только Л-16. Погиб весь экипаж.
Другой версией гибели Л-16 считается ошибочная ее атака американской подводной лодкой SS31, вышедшей из Датч-Харбора накануне. Перископы американской подводной лодки очень походили на перископы, показавшиеся из воды перед атакой и обстрелянные артиллеристами советской подводной лодки Л-15.
1943 год
В 1943 году в 1-й БПЛ был создан учебный дивизион. В ходе плановой боевой подготовки 3 сентября 1943 года в результате столкновения подводных лодок Щ-128 и Щ-130 затонула подводная лодка Щ-130 (впоследствии поднята). В результате аварии погибло 2 человека.
Схема развертывания подводных лодок Тихоокеанского флота в войне с империалистической Японией.
1944 год
В сентябре 1944 года 1-я ОДПЛ в бухте Находка преобразовали в 4-ю БПЛ, состоявшую из двух дивизионов подводных лодок тип "Щ".
В марте на основании приказа Народного комиссара ВМФ №-002 от 2 февраля 1944 года с целью получения боевого опыта экипажами подводных лодок Тихоокеанского флота и смены наиболее уставших команд подводных лодок Северного и Черноморского флотов произведена замена экипажа подводной лодки Л-2 °CФ на экипаж подводной лодки Л-19 ТОФ. Команда подводной лодки Л-19 сдала свою подводную лодку и убыла на Северный флот. Приняв подводную лодку Л-20, тихоокеанская команда участвовала в Боевых действиях, совершила несколько Боевых походов. На подводной лодке Л-19 была сформирована новая команда, командир – капитан 3 ранга А.С.Кононенко.
Команда подводной лодки М-16 была переведена на Черноморский флот. Приняв подводную лодку М-111, тихоокеанская команда завершила ремонт подводной лодки и приняла участие в Боевых действиях против немецко-фашистских захватчиков. Подводная лодка выполнила пять походов. В первом походе (11–19 апреля 1944 года) у мыса Тарханкут М-111 атаковала конвой противника. В ходе атаки подводная лодка не удержалась на заданной глубине и дала обнаружить себя сопровождавшему конвой самолету, суда конвоя уклонились от выпущенных торпед. М-111 подверглась преследованию кораблями охранения, успешно уклонилась от глубинных бомб и вернулась в Туапсе. Во втором боевом походе (19 – 24 мая 1944 года) подводная лодка действовала на позиции у румынского порта Констанца, по данным воздушной разведки вышла в атаку на караван возвращающихся в порт судов. Торпедный залп оказался неудачен, торпеды выскочили на поверхность, были обнаружены, цель успела уклониться. Подводная лодка была контратакована и получила повреждения. Всплыв через полтора часа, вновь подверглась атаке немецким самолетом, уклонилась от сброшенной торпеды. После возвращения в Очамчири командование засчитало М-111 победу. В третьем боевом походе (26 апреля – 6 мая 1944 года) подводная лодка под перископом вышла в атаку на немецкий конвой, выпустила торпеды по тральщикам, охранявшим транспорты. Подводная лодка была обнаружена и контратакована кораблями и гидросамолетом противника, при уклонении от глубинных бомб провалилась на глубину 84 метра (предельная глубина погружения – 60 метров).
По результатам этих боевых походов командир подводной лодки капитан-лейтенант М.И.Хомяков 16 мая 1944 удостоен звания Героя Советского Союза. 22 июля подводная лодка М-111 стала Краснознаменной. На завершающем этапе войны у подводной лодки М-111 было еще два Боевых похода на позиции в районе Констанцы и Варны. Обнаружив суда противника, подводная лодка пыталась выйти в атаку, но не сумев занять выгодной позиции, командир от атак отказался. Тихоокеанская команда черноморской "малютки" внесла достойный вклад в победу на Черном море.
В 1944 году по решению ГКО для усиления Черноморского флота из состава ТОФ передали 10 подводных лодок. В течение июля-августа 1944 года были перевезены по железной дороге и вошли в состав 4-го дивизиона 2-й БПЛ ЧФ подводные лодки М-30, М-114, М-115, М-116. Доставка остальных шести подводных лодок (М-25, М-26, М-27, М-28, М-23, М-24) по разным причинам задерживалась. Подводные лодки в Боевых действиях принять участие не успели. В августе подводные лодки М-1, М-5, М-8 и М-11 переданы в состав Северной Тихоокеанской флотилии. В 1944 году четыре подводные тип "М" и три тип "Л" совершили штурманский поход до залива Владимира.
За достигнутые показатели в Боевой подготовке в 1944 году приказом Наркома ВМФ № – 559 от 14 декабря призом "Бюст Ворошилова" награждена подводная лодка Л-19.
1945 год
В апреле 1945 года в соответствии с решением НК ВМФ (№ – 0048) подводные соединения ТОФ переформировали в четыре бригады и два отдельных дивизиона. В состав 1-й БПЛ входили одиннадцать подводных лодок тип "Л" (из них 4 ПЛ типа "Л" до окончания войны остались в составе 3 ОДПЛ). В ее состав вошли подводные лодки С-52, С-53, Щ-101, Щ-113, Щ-114, Щ-125, Щ-128, Щ-131, Л-13, Л-14, Л-17, Л-18, Л-19, Л-7, Л-8, Л-9, Л-10, Л-11, Л-12, эсминец "Войков", плавбаза "Смоленск" (подводные лодки Л-8, Л-10, Л-13 прибыли с Камчатки только 3 октября 1945 года).
В состав 2-й БПЛ входили 14 ПЛ тип "М". В состав 3-й БПЛ входили пять подводных лодок тип "Щ" и десять подводных лодок тип "М". В состав 4-й БПЛ входили шестнадцать подводных лодок тип "Щ". В состав 2-й ОБПЛ входили шесть подводных лодок тип "Щ" и четыре подводные лодки тип "М". В состав 3-й ОДПЛ входили четыре подводные лодки тип "Щ".
В ходе Великой Отечественной войны ТОФ получил от промышленности 12 новых подводных лодок, передал на другие флоты 15 подводных лодок, погибло четыре подводные лодки и к августу 1945 года в составе флота имелось 78 подводных лодок.
Ограниченность операционной зоны Тихоокеанского флота не давала возможности нашим подводным лодкам (как и надводным кораблям) действовать на всем протяжении японских коммуникаций. В то же время вероятность неожиданного появления противника в этом районе вызывала необходимость держать наши военно-морские силы в постоянном напряжении. Граница зоны проходила в 70-120 милях от советского побережья в Японском море и в 25–35 милях на других участках. В корейских водах она шла примерно по параллели мыса Болтина.