12 апреля подводные лодки М-18, М-28, М-24 участвовали в тактическом учении флота №-1 "Маневренное использование подводных лодок и авиации по действиям кораблям противника", по результатам ТУ оценены "Хорошо".
В апреле-мае 1941 года соединения ПЛ ТОФ подверглись реорганизации. Количество бригад уменьшилось до трех, а число подводных лодок в каждом увеличилось.
Каждая бригада состояла из трех дивизионов. Все достраивающиеся и капитально ремонтирующиеся подводные лодки сводились в отдельный учебный дивизион с базированием на бухту Золотой Рог. При УОПП оставался отдельный дивизион из четырех подводных лодок. Новые вступающие в строй подводные лодки тип "С" входили в состав 3-го дивизиона 1-й БПЛ. 19 апреля в состав бригады зачислен эсминец "Войков". 19 июня подводные лодки Л-10, Л-18, Л-19 принимали участие в тактическом учении флота №-2 "Действие подводных лодок на коммуникациях", по результатам учений оценены "Хорошо".
К началу Великой Отечественной войны переформирование закончилось. В результате упростилась организация соединений подводных лодок, сократились штаты, увеличились боевые возможности дивизионов и бригад подводных лодок.
За короткие предвоенные годы 2-я Морская бригада накопила большой опыт использования подводных лодок на акватории залива Петра Великого. Хорошую школу подводного плавания получили многие командиры и офицеры, ставшие впоследствии известными военачальниками: флагманский минер бригады Н.И.Шибаев стал контр-адмиралом, одним из ведущих минеров флота, командир дивизиона З.И.Васюнин в 1938–1940 годах командовал 2-ой БрПЛ, фламанский штурман 3-го дивизиона Л.А.Емельянов командовал подводными лодками тип "М" и тип "Щ", в конце Великой Отечественной войны стал командиром Находкинского соединения подводных лодок, состоявшего из 16-ти ПЛ тип "Щ", командир подводной лодки М-2 А.В.Бук командовал подводной лодкой Щ-122, установил на ней рекордное время автономного плавания – 51 сутки при существующем нормативе – 20 суток. Бывший командир подводной лодки М-5 И.М.Зайдуллин командовал Щ-123, в два раза превысил норматив пребывания подводных лодок тип "Щ" в автономном плавании. В августе-сентябре 1940 года, командуя подводной лодкой Щ-139, совершил первый в истории переход подводной лодки Северным морским путем (на ТОФ подводная лодка переименована в Щ-139). М.И.Гаджиев (первый командир М-9) командовал подводной лодкой Щ-117, в августе – сентябре 1936 года участвовал в групповом походе с посещением портов Охотск, Магадан, Оха, залива Байкал. Ф.Ф.Павлов (командир подводной лодки М-12) в 1945 году командовал 2-й БрПЛ. И.И.Байков (командир М-16) в 1935 году командир лучшей на ТОФ подводной лодки, начальник штаба и командир соединения подводных лодок, был заместителем начальника штаба ТОФ, в 1943–1951 годах – начальник штаба Северной Тихоокеанской флотилии, командир 7 ВМФ. После обучения в Академии Генерального штаба в 1953 году был командиром Ленинградской ВМБ. И.И.Курносов (командир М-22) в 40-е годы был командиром 3-го отдельного дивизиона ПЛ тип "Щ" на Камчатке. Н.И.Виноградов (командир М-1) командовал подводной лодкой Щ-121, в 1939-40 гг. – командир бригады подводных лодок Балтийского флота участвовал в советско-финской войне (1939-40 гг.), в 1941-43 годах – командир бригады подводных лодок, затем начальник подводного плавания Северного флота, начальник подводного плавания ВМФ, начальник штаба 4-го ВМФ, в 1948 году – заместитель начальника Главного штаба ВМФ, 1950 год – заместитель ГК ВМФ по кадрам.
К началу Великой Отечественной войны 2-я бригада подводных лодок имела в своем составе 5-й дивизион подводных лодок (6 подводных лодок тип "Л": Л-7, Л-8, Л-10, Л-17, Л-18, Л-19. 6 дивизион подводных лодок (9 подводных лодок тип "М": М-1, М-2, М-3, М-4, М-5, М-6, М-13, М-14, М-15, 7-й дивизион подводных лодок (6 подводных лодок тип "М": М-16, М-17, М-18, М-19", М-20, М-30, М-49, М-63. Кроме того в состав бригады входили эскадренный миноносец "Войков", плавбазы "Приморье" и "Теодор Нетте".
22 июня 1941 года бригада перешла на повышенную оперативную готовность №-1 и начала активную боевую учебу, готовясь к схваткам с противником. Силами Тихоокеанского флота были выставлены оборонительные минные заграждения на подходах к своим базам, что значительно сузила районы боевой подготовки. Корабли и подводные лодки были рассредоточены по многочисленным заливам и бухтам, на кораблях был введен строгий лимит расхода топлива.
Подводные лодки готовились к одиночным и групповым действиям на коммуникациях как самостоятельно, так и во взаимодействии с воздушными силами в условиях противодействия противника, к тактическому взаимодействию с авиацией и надводными кораблями при нанесении совместного удара по кораблям противника, к несению разведки в условиях преодоления средств ПЛО и др.
Во второй половине 1941 года основные усилия были направлены на отработку огневых задач. До конца года было проведено значительно больше торпедных атак, чем в предыдущем периоде. В 1941 году подводными лодками бригады выполнено 365 торпедных атак.
С первых месяцев войны подводные лодки привлекались к несению дозорной службы в заливе Петра Великого. Несмотря на то, что военных действий на тихоокеанском театре не велось, не исключалась возможность нападения Японии на Советский Союз. В августе 1941 года подводники понесли непредвиденные потери – подводные лодки М-49 и М-63 не вернулись из похода. 9 августа М-49, а через сутки М-63 вышли на дозорные позиции, расположенные южнее оборонительных минных заграждений, выставленных на подходах к Владивостоку. От М-49 было несколько донесений, последнее 15-го июля об обнаружении транспорта, от М-63 – только одно донесение о прибытии 10-го июля на позицию. С окончанием дозорной службы на подводные лодки было передано приказание на возвращение в базу (на М-49 – 15 июля, на М-63 – 16 июля), но подводные лодки на связь не выходили. Проведенная поисковая операция проводилась до 22 августа, в ней принимали участие гидросамолеты и подводные лодки М-4, М-5 с 17 по 19 августа, Л-18 с 18 по 22 августа. Поиск результатов не дал, оба подводные лодки погибли. На подводных лодках погибли 43 подводника. Причины гибели подводных лодок достоверно не установлены. Возможными причинами гибели подводных лодок М-49 и М-63 являются:
– подрыв их на минах, сорванных штормом со своих оборонительных минных заграждений и дрейфовавших через позиции подводных лодок;
– гибель подводных лодок при возвращении с дозора на оборонительных минных заграждениях, выставленных в заливе Петра Великого, из-за навигационных ошибок или не учета гидрометеорологических условий.
В конце 1941 года подлодки Л-14, Л-15, Л-16 перебазировались на Камчатку.
В зимние месяцы подводные лодки продолжили отработку подледного плавания и использования оружия и технических средств в условиях низких температур. 11 декабря 1941 года три подводные лодки под руководством командира бригады поочередно вышли подо льдом из бухты Улисс, прошли подо льдом до кромки ледяного поля восточнее острова Скрыплева.
1942 год
С целью сокращения штатной численности флота и выделения личного состава в действующую армию и флот в конце 1942 года был расформирован ОУДПЛ. Большая часть достраивавшихся и капитально ремонтирующихся подводных лодок из его состава передали в 1 – ю БПЛ.
25 апреля в ходе отработки задач Боевой подготовки столкнулись подводные лодки Л-8 иЛ-17 18 июля 1942 года на подводной лодке Щ-138 произошел взрыв запасных стеллажных торпед во втором отсеке. В результате взрыва была полностью уничтожена носовая часть подводной лодки. Механизмы и оборудование первого, второго, третьего и частично четвертого отсеков, а также часть прочного и легкого корпуса были разорваны на крупные и мелкие куски и отброшены взрывом на расстояние 500-1000 метров. После взрыва подводная лодка Щ-138 затонула. Прочный корпус стоявшей рядом подводной лодки Щ-118 от взрыва на соседней лодке был разрушен, в левом борту образовалась большая пробоина. До взрыва подводная лодка Щ-118 стояла с открытыми верхним рубочным люком и люком первого отсека, были открыты и переборочные двери между всеми отсеками. Вода быстро затопила прочный корпус с первого по пятый отсеки, и подводная лодка затонула у пирса. Команда в количестве 20 человек оказалась загерметизирована в шестом и седьмом отсеках. Через пять часов после подъема кормовой части подъемным краном подводников удалось вывести наружу. В результате взрыва на двух подводных лодках погибло 44 подводника.
4 сентября 1942 года ГКО приняло решение об усилении Северного флота за счет перевода с ТОФ шести подводных лодок. Для этого выделили две подводные лодки тип "Л" XIII серии (Л-15 и Л-16) и четыре подводные лодки тип "С" IX-бис серии (С-51, С-54, С-55, С-56). Подводные лодки тип "Л" вышли 29 сентября из Петропавловска-на-Камчатке в Датч – Харбор. Подводные лодки тип "С" в период с 5 по 14 сентября совершили переход из Владивостока в Петропавловск-на-Камчатке, а затем в Датч – Харбор.