Были отменены "кормления" и введён единый общегосударственный налог на содержание местной администрации. Кроме того были введены даже элементы местного самоуправления (поскольку у государства ещё не было возможностей и кадров для создания мощного бюрократического аппарата управления на местах). Отправление власти в регионах было частично возложено на выборных представителей населения (которые должны были делать это бесплатно, "на общественных началах"): дворяне выбирали губных старост, а крестьяне и горожане – земских старост из своей среды. Им в помощь также выбирали целовальников (тех, кто давал присягу, "целуя крест") и губных или земских дьячков – своего рода секретарей. Правда, нашлось немного желающих безвозмездно выполнять все эти функции. Поэтому, по словам В.Б. Кобрина: "новоявленных администраторов приходилось ловить, сажать в тюрьму (на время, чтобы не начинать снова поисков нового губного старосты) и насильно отправлять в свои уезды", чтобы ловить разбойников и решать вопросы местной жизни. Таким образом, насаждение урезанного и куцего местного самоуправления "сверху" проходило туго и противоречиво.
Ещё одним важнейшим делом правительства Избранной Рады стала военная реформа. Новое "Уложение о службе" (1555–1556), чётко регламентировало порядок прохождения и обязанности служилых людей (сколько воинов надо было выставлять с какого количестве земли и какими были сроки их службы). Избранная Рада упорядочила подбор кадров: составив "Дворовую тетрадь" – полный список дворян, царскую номенклатуру. В 1550 году было начато и формирование стрелецкого войска, дополнившего собой дворянское конное ополчение. Стрелецкое войско было постоянным, полупрофессиональным; им ведал Стрелецкий приказ. В начале стрельцов было три тысячи человек, а затем их число выросло аж до двадцати тысяч. Стрельцов вооружали ружьями, саблями, бердышами, выдавали им форму за казённый счёт, но кормили себя они сами. Главным источником существования стрельцов было не денежное жалование, а земельные пожалования и возможность свободно заниматься ремёслами, огородничеством, промыслами и торговлей. Стрелецкий полк селился особой слободой в городах, и стрельцы вели свои хозяйства. Дворяне и бояре отныне являлись служилыми людьми "по отечеству" (происхождению), а стрельцы, пушкари и городские стражники – "по прибору" (призыву). Порой, в случае необходимости, собиралось также и ополчение посадских людей и черносошных крестьян.
В 1550-е – 1560-е годы в Москве (через сто лет после Европы) – начинается книгопечатание. Впрочем, вскоре первопечатники сбежали из Московии в Литовскую Русь.
Не прошло правительство реформаторов и мимо церковных дел. В 1551 году был созван церковный собор, получивший название Стоглавого (поскольку его решения состояли из ста глав). Целью собора было наведение порядка в церкви, усиление контроля за духовенством, запрет симонии (продажи церковных должностей), унификация обрядов, ограничение церковного землевладения, принятие общего пантеона русских святых. Стоглавый собор, сделав "местночтимых" святых общерусскими и упорядочив церковные ритуалы (в частности, окончательно утвердив двуперстное крещение) и приняв каноны иконописания (взяв за образец Андрея Рублёва), стал важной эпохой на пути окончательного оформления концепции "Москва – третий Рим", складывания общерусской церковной системы и полного подчинения церкви государству. Собор запретил языческие праздники, скоморошество, шахматы, кости, карты, гусли, женские пляски и театральные зрелища. Стоглавый собор выступил против разврата и невежества, царящих среди духовенства и монахов; он констатировал, что священники – малограмотны, много пьют и часто дерутся между собой, сквернословят в храмах. Духовенству было запрещено сквернословить и напиваться во время церковной службы, а также не рекомендовалось совместное проживание монахов и монахинь (что тогда было широко принято).
В целом, курс Избранной Рады был курсом на долговременные структурные реформы по обновлению государственного управления и на диалог с обществом, тогда как восторжествовавший позднее режим опричнины стал политикой террора, запугивания и диктатуры. В.Б. Кобрин полагает, что, хотя опричнина Ивана IV не была случайностью или капризом царя-самодура, но имела глубокие причины и корни в русской истории (вспомним эпоху его отца и деда – Ивана III и Василия III), однако "реальная альтернатива опричной политике… существовала и даже осуществлялась в течение примерно десятилетия".
Реформы 1550-ых годов укрепили Московию, позволив ей добиться огромных успехов во внешней политике. В 1552 году московское войско захватило Казань, а в 1556 году – Астрахань. В 1581 году отряд казаков во главе с Ермаком Тимофеевичем, перейдя через Урал, разгромил и Сибирское ханство, начав русскую экспансию в Сибири. Подобные действия позволяли обезопасить страну от татарских набегов и установить контроль над волжским торговым путём. В то же время Крымское ханство оставалось неуязвимым для московской агрессии, находись под защитой могущественной и крепнущей Османской империи.
Захватив Казань и истребив её жителей, московиты покорили и подвластные Казани народы: мордву, чувашей, удмуртов, башкир. Вассалом Москвы признала себя Ногайская Орда. После взятия Казани на протяжении многих лет местные жители упорно сопротивлялись оккупантам, ведя партизанскую войну. Ивану IV пришлось прибегнуть к многократно проверенному приёму – переселению в Поволжье масс русских колонистов из глубины Московии, что изменило демографическую ситуацию в регионе в пользу русских завоевателей. Захват всей Волги открывал Москве торговлю с Персией через Каспий.
Завоевания 1550-ых годов имели огромные последствия для русской истории. С.Т. Жуковский и И.Г. Жуковская отмечают: "После того как три татарских ханства пали, восточные границы Московского государства стали совершенно размытыми: власть царя простиралась до тех географических пределов, до каких были в состоянии дойти русские землепроходцы-колонисты… В XVI в. под руку московских царей попали многочисленные народы разных вероисповеданий, Россия стала многонациональным и многоконфессиональным государством. Знатных инородцев охотно принимали на царскую службу – но лишь при условии, что они примут православие". А В.Я. Хуторской подчёркивает: "Победа над Казанью доставила царю Ивану колоссальный авторитет, дивидендов с которого хватило на всё его царствование… Прежде русские служили татарам. Иван заставил татар служить русским. Предки царя присоединяли к Москве русские земли. Грозный подчинил ей чужие народы. С середины XVI в. Россия превращается в империю". На смену захвату русских земель приходит захват земель других народов и, выражаясь знаменитыми словами М.Ю. Лермонтова, – "слава, купленная кровью". За эти успехи в военной экспансии население нередко готово было простить царю любые зверства и террор внутри страны. Но и, напротив, отныне и навсегда в истории России военные неудачи дискредитировали режим и порождали недовольство и смуту.
Опьянённый победами на востоке и стремясь завязать прямые торговые отношения с Англией (с которой Россия торговала, начиная с 1555 года через Белое море), Иван IV решил захватить земли в Прибалтике, напав на ослабевший Ливонский Орден. Началась сперва победоносная, а затем катастрофическая для Московии Ливонская война, растянувшаяся на 25 лет и закончившаяся столкновением со Швецией и Речью Поснолитой и закономерным поражением.
В конце 1550-ых годов происходит постепенная смена курса Ивана Грозного. отстранение от власти правительства Избранной Рады. Этому способствовала и смерть жены царя Анастасии, и его усиливающееся стремление царствовать самому, не опираясь на умных, энергичных и независимых советников, и роковые события 1553 года. Тогда Иван IV был тяжело болен, казалось, что ему не выздороветь. И бояре, окружавшие его, повели себя недостаточно лояльно, не желая присягать сыну царя – грудному младенцу Дмитрию (вскоре он погиб) и собираясь сделать правителем его двоюродного брата, удельного князя Владимира Андреевича Старицкого. Ведь воцарение грудного ребёнка означало новую полосу смут и междоусобиц и новый виток борьбы между придворными кликами за власть. Иван IV выздоровел, однако затаил злобу на бояр и своего опасного кузена.
К режиму единоличной диктатуры и репрессиям против бояр царя подталкивали не только его подозрительный характер, но и многие окружающие – и родственники покойной царицы бояре Захарьины-Юрьевы, нашёптывавшие мнительному Ивану, что её-де "извели" деятели Избранной Рады, и видный дворянский публицист Иван Пересветов. Пересветов в своих произведениях призывал Ивана IV перебить бояр и править, опираясь на дворянство, самодержавно, без оглядки на общество (причём в качестве образца для подражания православного царя приводился… турецкий султан и его верные янычары).
Иван IV вполне разделял такой взгляд на вещи, отождествляя государство и свою персону и приравнивая противостояние себе к государственной измене. Власть его, по убеждению царя, была получена от Бога, некем и ничем не ограничена, а всё население Руси было "холопами", рабами царя. "Жаловать есмь своих холопов вольны, а и казнить вольны же", – писал Иван IV. С.Т. Жуковский и И.Г. Жуковская так комментируют это знаменитое программное высказывание грозного царя: "Эту несложную политическую идею Грозный доказал, пролив реки крови и ни разу не столкнувшись со сколько-нибудь организованным сопротивлением общества. Русские люди были уверены, что сопротивление власти законного царя – тягчайший грех перед Богом". (Только бегство изредка было пассивной формой сопротивления царю-изуверу).