Внешнеполитические неудачи в Ливонской войне побудили Ивана IV к решительным действиям внутри страны, к переходу к политике прямого массового террора и насилия, к уничтожению правительства Избранной Рады и целенаправленному укреплению личной власти. Избавившись от Сильвестра, Иван IV слушал теперь лишь придворных льстецов и доносчиков, распалявших его кровожадную натуру, и искоренял всякую независимую мысль, даже потенциальную крамолу. В 1560 году царь сослал Сильвестра в Соловецкий монастырь, Адашева в Ливонию (затем он был посажен в темницу, где и умер). Теперь в "попе" и "собаке Алексее" Иван IV видел виновников всех своих неудач. В 1564 году, не дожидаясь неизбежной опалы и казни, бежал в Литовскую Русь талантливейший воевода, главный герой взятия Казани, князь Андрей Михайлович Курбский, главнокомандующий русскими войсками в Ливонии. Новые поражения в войне, страх перед "изменами" порождали всё более массовые казни среди бояр по приказу царя.
Решающие роковые события наступили в декабре 1564 года, когда Иван I V, забрав свой двор, церковные реликвии и всю казну, отправился на богомолье в Троице-Сергиев монастырь, но не вернулся оттуда в Москву, а остановился в Александровой слободе. В январе 1565 года гонец привёз в Москву две удивительные грамоты от царя. В первой боярам сообщалось, что государь положил свой гнев в опалу на всех бояр и духовенство, поскольку служилые люди и бояре изменили ему, плохо служили и казнокрадствовали, а церковные иерархи покрывали их грехи своим заступничеством. Потому он, Иван I V, ныне уходит от власти. Вторая грамота была адресована простому посадскому люду Москвы. В ней государь заверял, "чтобы они себе никоторого сумления не держали, гневу на них и опалы никоторые нет".
Так Ивану IV удалось ловким приёмом столкнуть московское население со знатью и самому выступить "над схваткой" в роли "заступника простых людей", не менее царя имевших претензий против бояр и дьяков. Под их давлением к царю явилась делегация перепуганных бояр и духовенства, умолявшая его возвратиться в Москву на любых его условиях. Государь милостиво согласился вернуться на престол, но с двумя условиями: на всех непослушных ему "опала своя класти, а иных казнити" и "учинити ему на своём государстве себе опричнину". В опричнину (от слова "опричь" – "кроме"; кроме остальной земли – "земщины", номинально управляемой по-прежнему Боярской Думой) Иван IV выделил ряд важнейших городов и земель и создал своё опричное войско (получив, таким образом, общественную санкцию на террор и инструмент террора).
В опричнине отнимались земли "земских" бояр (что вело к частичной экспроприации крупной аристократии), создавалась своя собственная Боярская Дума, казна, приказы и своё войско. В опричнину Иван IV забрал часть Москвы и месторождения соли, торговля которой приносила огромные доходы. Так, борясь с удельной системой, царь создавал свой удел – в полгосударства. Расколов Русь на части, он стремился натравить одну часть на другую, чтобы "зачистить" всех, потенциально недовольных и несогласных. В опричное войско вошли как представители знатных родов, так и простые служилые люди и многочисленные иноземцы. По словам В.Б. Кобрина: "Дело было не в якобы демократическом происхождении опричников, потому будто бы вернее служивших царю, чем знать, а в том, что опричники стали личными слугами самодержца, пользовавшимися, кстати, и гарантией безнаказанности".
Численность опричного войска росла – с тысячи до пяти тысяч человек. Это войско (подобно римским преторианцам и турецким янычарам) выполняло роль личной стражи царя и основного инструмента развязанного им против своего населения тотального террора. Символами опричников были метлы и собачьи головы, притороченные к седлу: они стремились выметать и выгрызать любую измену царю. Вступая в опричное войско, царские слуги давали клятву на верность царю и обещали не общаться ни с кем из земских, включая близких родственников. Ивану IV важно было разорвать все человеческие связи, соединяющие опричников с обществом и превратить их в полное орудие своей воли. Тем не менее царь регулярно казнил верхушку опричного войска, и лишь зловещему "Малюте" Скуратову "повезло" умереть не от руки палача, а от пушечного ядра на Ливонской воине.
Иван IV умело использовал социальную демагогию, представляя свои репрессии, как гонения лишь против "верхов" и в защиту "низов" общества, сумев ввести в заблуждение не только многих современников, но и некоторых потомков (хотя, по примерным подсчётам, на каждого погибшего в годы террора боярина приходилось два-три дворянина и полсотни простых людей). Царь нередко обращался (как при учреждении опричнины) к "простому люду", порой устраивая казни наиболее одиозных представителей своего окружения и списывая на них все бесчинства и "перегибы". Миф о "добром царе" и "злых боярах", столь глубоко вошедший в русский менталитет, восходит именно к эпохе Ивана IV. Иван не раз умело натравливал "меньших людей" на знать, укрепляя свою власть, пополняя казну и выставляя себя защитником всех слабых и убогих от притеснителей – бояр, воевод и дьяков.
Английский посол в Москве Джильс Флетчер, посетивший Русь во времена Ивана Грозного, так описывал тактику Ивана IV в делах управления: "О мерах к обогащению царской казны имуществом подданных. Не препятствовать поборам и всякого рода взяткам, которым князья, дьяки и другие должностные лица подвергают простой народ в областях, но дозволять им всё это до окончания срока их службы, пока они совершенно насытятся; потом выставить их на правёж (или под кнут) за их действия и вымучить из них всю или большую часть добычи (как мёд высасывается пчелой), награбленной ими у простого народа, и обратить её в царскую казну, никогда, впрочем, не возвращая ничего настоящему владельцу, как бы ни была велика или очевидна нанесённая ему обида… Показывать людям публичный пример строгости к должностным лицам… дабы могли думать, что царь негодует на притеснения, делаемые народу, и таким образом сваливать всю вину на дурные свойства его чиновников".
Опричнина была не только "государством в государстве", личной гвардией царя и огромным механизмом перераспределения собственности (в пользу царских "слуг"), но своеобразным религиозным "орденом" (со своими "игуменами, иереями, пономарём, звонарём"). В опричных мероприятиях царя проглядовало нечто глумливо-сатанинское: смесь молитвы и скоморошества, зверств и благочестия, оргий и покаяния, кощунства и набожности. Не случайно население часто называло опричников "кромешниками" ("опричь" – "кроме" напоминает об адской "тьме кромешной"), то есть "сатанинским воинством", посланным русскому народу за его бесчисленные грехи, видя в них (но не в царе!) служителей абсолютного зла, метафизического небытия, одержимых ненавистью к миру.
По словам С.Т. Жуковского и И.Г. Жуковской, созданное Иваном IV опричное войско "представляет собой по сути военно-монашеский орден, целиком и абсолютно подчинённый государю – единственному ответчику перед Богом за все дела подданных". Опричники были людьми, полностью вырванными и изолированными от общества, а потому полностью зависящими от гнева и милости государя, стоящими вне любых человеческих и божественных норм. По словам В.Я. Хуторского: "Опричник мог подбросить земскому в лавку свою вещь и обвинить его в воровстве, заговорить с земским и обвинить его в том, что он сказал "поносное слово". Руководствуясь царским указанием "судите праведно, наши виноваты не были бы", судьи неизменно принимали решения в пользу опричников… Опричники рыскали по городам и сёлам, хватали тех, на кого падал царский гнев, громили их дворы, насиловали их жён и дочерей… Приговоры выносились заочно, на эшафот выводили немногих. Осуждённых, как правило, убивали дома или на улице. На труп боярина опричники клали записку с указанием его "вины". Других признаков, что совершилось не преступление, а правосудие, не существовало".
Убийства совершались хаотично, массово и изощрённо. Князь М. Репнин был казнён по дороге в церковь за отказ плясать на пиру в шутовской маске, а боярин Д. Овчинин – за ссору с царским фаворитом и любовником опричником Фёдором Басмановым. Самому же Фёдору Басманову Иван Грозный повелел в знак преданности зарезать собственного отца, что он и сделал – после чего и сам был казнён. (Иван IV ценил послушание, но любил и изуверски "поразвлечься").
Вскоре после учреждения опричнины начались массовые казни аристократии. При этом истреблялись родственники казнимых, включая жён и детей, а также их слуги.
22 марта 1568 года митрополит Филипп (из рода дворян Колычёвых) в Успенском соборе публично осудил злодеяния опричнины и отказал царю в благословении. Опричники немедленно схватили бояр митрополита и забили их насмерть железными палицами. Царь казнил нескольких видных членов Боярской Думы и около тысячи их слуг, дворовых людей, крестьян или родственников. А потом, по его приказу, церковный собор, выслуживающийся перед государем, низложил митрополита Филиппа и сослал в Отроч монастырь под Тверью, где он вскоре был задушен Малютой Скуратовым по велению царя. Многие служилые люди, попавшие в опалу, были переселены в Казанский край, а их имения отошли к опричникам.
В 1569 году Иван IV приказал своему двоюродному брату князю Владимиру Андреевичу вместе с его женой и дочерью принять яд; одновременно опричниками были убиты заточённая в монастырь мать князя и ещё 12 монахинь.