Распад Орды привел к заметному усилению набегов татарских "князей" на русские земли, грабежу русских князей, возвращающихся из Орды. Потребность в консолидации сил резко возросла, но ее затрудняли обострившиеся (не без помощи той же Орды) противоречия между князьями. Первоочередной задачей Алексия и московских "старых бояр" становилось возвращение права на великое княжение в Москву. В 1362 г. спор между Дмитрием Константиновичем Суздальским и московским княжичем Дмитрием ордынский хан Мурат решил в пользу Москвы. Московская рать овладела Переяславлем, изгнав оттуда Дмитрия Константиновича, а затем заняла и Владимир, где положено было вступать на великокняжеский стол. На коронацию прибыл посол, на сей раз от Мамая и Авдуля, привезший ярлыки. В свою очередь Мурат направил ярлык Дмитрию Константиновичу, который вновь занял Владимир. Московское войско опять изгнало суздальского князя из Владимира, но у Суздаля остановилось на мирные переговоры. Дипломатический расчет заключался, видимо, в том, что, у суздальского князя назревал конфликт с братом Борисом, занимавшим Нижний Новгород. Конфликт разразился, и старший брат не сумел отобрать у младшего нижегородский стол. Бориса вызвали в Москву, очевидно, к митрополиту, но он отказался явиться на вызов. Именно тогда митрополит Алексий направил в Нижний Новгород Павла и Герасима, дабы закрыть церкви, - подобная мера считалась очень жесткой, но действенной. К тому же такая мера позволяла разрешить спор, не прибегая к силе оружия.
В 1363 г. на Северо-Восточную Русь с низовий Волги снова пришел мор, унесший много жизней, распространяясь из Нижнего Новгорода на Переяславль, Коломну и Москву. А "царь ордынский" Азиз вновь решил столкнуть Москву с суздальским князем Дмитрием Константиновичем, которому был передан ярлык на великое княжение. Суздальский князь, однако, на сей раз от ярлыка отказался в пользу московского князя, испросив заодно помощь против своего брата Бориса. Помощь была оказана - Дмитрий Константинович сел в Нижнем Новгороде, а Борис получил Городец. Таким путем Алексию удалось развязать один из самых кровоточащих в то время политических узлов.
Ab 1366 г. шестнадцатилетнего Дмитрия женили на дочери нижегородского князя Авдотье. Брак по расчету оказался счастливым и в житейском плане, что также способствовало упрочению союза теперь уже тестя с зятем. Другая дочь нижегородского князя была выдана за Микулу Васильевича Вельяминова, сына московского тысяцкого Василия Васильевича Вельяминова. Не исключено, что этот брак, в свою очередь, предполагал снятие напряженности между Дмитрием и тысяцким Вельяминовым, как-то связанным с гибелью за десять лет до того близкого отцу Дмитрия тысяцкого Алексея Петровича Хвоста. Обе свадьбы игрались в Коломне - этим обозначалась решимость Москвы отстаивать за собой рязанский в прошлом город, захват которого в начале века Рязань не признавала. К тому же Москва только что пережила страшный пожар и вся была покрыта строительными лесами. Именно на этой волне было решено создать каменный кремль, который и был построен в 1367 - 1368 гг., что оказалось весьма своевременным в связи с обострением отношений с Литвой.
С Литвой отношения у митрополита не сложились. Но это обстоятельство побуждало больше внимания уделять проблемам Северо-Восточной Руси, что, в свою очередь, требовало консолидации сил вокруг Москвы.
Борьба за Суздальско-Нижегородское княжество была актуальной и в чисто церковном плане, поскольку поставленный на Западную Русь митрополит Роман претендовал также на Тверское и Суздальско-Нижегородское княжества. Колебания постоянно проявлял и Новгород Великий. Алексий интенсивно менял состав епископата во всех неустойчивых землях. После кончины Романа в 1362 г., казалось, устранился и очевидный конкурент. Но торжество Москвы в борьбе с Нижним Новгородом и укрепление ее позиций лишь обострило политические притязания Литвы. Эти притязания вытекали из самого факта противостояния Алексия и Романа. Ольгерд постоянно жаловался в Константинополь на московского митрополита, намекая на возможность сближения Литвы с католическим Западом (что реально и происходило). Это явное усиление католичества в кругах собственно литовской знати удерживало исихастскую верхушку Константинополя от прямой поддержки Литвы против Москвы. Исихастов устраивал бы такой вариант, при котором Русская митрополия, оставаясь единой, сдерживала бы в Литве прокатолические настроения, а в Северо-Восточной Руси - стремление решать свои насущные проблемы по борьбе с Ордой.
Поскольку исихасты воздерживались от прямой поддержки кандидатов в митрополиты с литовской стороны, Ольгерд решает перейти к активным действиям против Москвы. Вскоре после смерти московского князя Семена Ивановича в 1356 г. Ольгерд захватывает Брянск - весьма важный центр на пути из Москвы в Киев (и в Юго-Западную Русь). Алексий, избегавший после упомянутого эпизода поездок в Литву, в 1363 г. ездил в Брянск, дабы поставить там епископа и сохранить свое традиционное влияние. Естественно, ему приходилось мириться с фактом господства над городом и епархией литовских властей.
Во время борьбы Москвы с суздальско-нижегородскими князьями Тверь была практически выключена из этого противостояния из-за внутренних конфликтов. Там шла борьба "микулин-ской" ветви потомков Михаила Ярославича (к ней принадлежал Михаил Александрович) и "кашинской", традиционно близкой Москве. Великим князем Тверским в начале 60-х гг. оставался приверженец "кашинской" ветви Василий Михайлович - дядя Михаила Александровича. Его сыновья, естественно, рассчитывали стать и его преемниками; к тому же имело значение довольно терпимое отношение митрополита Алексия к происходящему в Твери, да и литовцы в 1361 г. еще грабили тверские земли, а в следующем году Михаил Александрович отправился в Литву для установления мира. Позднейшие тверские летописцы славили за это Михаила, но "кашинцы" не собирались смиряться ни перед Михаилом, ни перед Ольгердом.
Соотношение сил в тверских усобицах, как это часто бывало, изменили природные катаклизмы - "мор" 1365 г. Мор унес все семейство князя Константина Михайловича (третьего сына Михаила Ярославича и зятя Юрия Даниловича, самого "промосковского" из тверских князей). Ряд уделов перешел во владение Михаила Александровича. На часть удела Семена Константиновича претендовали двоюродные братья Михаила - Василий и Еремей, которые обратились за помощью к московскому князю.
Алексий поручил разобраться с этим делом тверскому епископу, а тот поддержал Михаила, видимо, на том основании, что удел перешел к нему "законно", через завещание. Василий Михайлович и его племянники (сыновья Константина), естественно, не согласились с таким решением. Они потребовали митрополичьего суда над владыкой Василием, и этот суд состоялся. Алексий решительно занял сторону жалобщиков. Рогожский летописец сообщает, что тверскому владыке пришлось перенести в Москве "истому и протор велик" ("протор" - в данном случае судебные издержки и иные вынужденные траты). В самой Твери Василий Михайлович вместе с недовольными князьями и кашинской ратью "многим людям сотвориша досаду бесчестием и мукою и разграблением имения и продажею без помилования". В 1367 г. и сам Михаил был вызван в Москву Дмитрием и Алексием, где его тоже "держали в истоме", "и Городок отняли и часть отчины княжи Семеновы" (Городок - позднейшая Старица, укрепление, построенное Михаилом на Волге). Князя заставили подписать "докон-чание", ставящее его в фактическое подчинение Москве. Согласно Рогожскому летописцу, от худшего тверского князя спас ордынский посол Чарык, вступившийся за Михаила.
Из летописей неясно, когда Михаил Александрович (1333-1399) стал великим князем Тверским. Вероятно, это произошло после кончины Василия Михайловича в Кашине 24 июля 1368 г. Ясно также, что в Орде склонны были поддержать Тверь и Литву в связи с явным усилением Московского княжества и включением юного Дмитрия в активную политику. В Городке появился московский наместник вместе с князем Еремеем - одним из искателей справедливости при определении судьбы удела Семена Константиновича. Но Михаил явно не собирался соблюдать данные Москве обязательства, поэтому Москва направила в помощь своим наместникам большую рать, и князь Михаил бежал в Литву к князю Ольгерду за помощью.
Дальнейшие события в летописях обозначаются как "Первая Литовщина". В походе Ольгерда на Москву участвовали практически "вси князи литовьстии", Михаил Тверской, а также "Смо-леньская сила" (за Смоленск шла борьба Литвы и приверженцев самостоятельности смоленского княжества). Летописец (видимо, тверской) не без восхищения рассказывает о достоинствах Ольгерда как полководца: никто обычно не знает, куда направляется собранная им рать, дабы об этом не могли проведать враги.
В Москве о приготовлениях Ольгерда не знали, а когда узнали - времени для подготовки достойной встречи уже не было. Посланный навстречу "сторожевой полк", набранный в Москве, Коломне и Дмитрове, не мог остановить наступления значительно превосходящих сил. Литовцы разорили западное порубежье Московского княжества. Затем Ольгерд стремительно направился к Москве. А в Москве решили сжечь посады и закрыться в только что построенном каменном кремле. Простояв под городом три дня и три ночи, Ольгерд сжег и разграбил окрестности, но Москву не взял и вернулся в Литву.