Вскоре после кончины Ивана Калиты Алексий назначается митрополичьим наместником во Владимире, а в 1352 г. получает сан епископа во Владимире, где после длительного перерыва восстанавливается самостоятельная епархия, а митрополия отсюда фактически переходит в Москву. В этом же году Семен Иванович и Феогност направляют послов в Константинополь, дабы подготовить приезд туда Алексия как кандидата на митрополичий сан.
В литературе можно встретить утверждения, будто Алексий разделял взгляды исихастов. Но "тщательное испытание", которому был подвергнут кандидат в митрополиты патриархом Филофеем, а затем повторная поездка Алексия в Константинополь, вроде бы уже посвященного в сан митрополита и признанного в таком качестве в Орде, показывает, что согласия-то с исихастами у него как раз и не было. Исихасты представляли "наднациональную общину". Алексий, наоборот, был едва ли не самым видным представителем, условно говоря, национальной церкви. И перевод Евангелия с греческого, выполненный им в пору вынужденного ожидания в Константинополе, - это тоже аргумент в споре. Евангелие - краеугольный камень христианского вероучения. А вот паламисты-исихасты, как было сказано, стояли ближе к восточным оккультно-магическим верованиям.
Никифор Григора, византийский автор середины XIVв., обрушивается на Алексия, уверяя, что московский кандидат в митрополиты купил себе сан, раздавая направо и налево взятки. Но иначе, как показывает тот же Григора, в Константинополе ничего получить было невозможно. Позднее, самозваный претендент на московскую митрополию Пимен раздаст огромную сумму в 20 тысяч рублей, занятых по подложным грамотам у константинопольских ростовщиков. И наши летописцы привносят тот же упрек византийским порядкам, что и Григора.
В 1354 г., после годичного пребывания Алексия в Константинополе, он был наконец утвержден в сане митрополита. Но одновременно еще одним русским митрополитом назначили Романа, тверского боярина, за которым стоял Ольгерд. "И бяшет межи их, - сообщает Рогожский летописец, - нелюбие велико... а священьскому чину тягость бышеть везде". Летописцы понимали, что "сии же мятежь ничто ино, кроме... человеческого ради сребролюбия". Таким образом, современники прекрасно видели, что раздор в Русскую Церковь вносился именно из-за чрезмерного "сребролюбия" константинопольских иерархов. В 1355 или 1356 г. Алексию пришлось снова съездить в Константинополь. И тогда было решено, что он останется митрополитом "всея Руси", а в ведение Романа перейдут литовские и волынские епархии.
Следовательно, вымогая взятки, константинопольское духовенство учитывало прежде всего свои собственные стратегические интересы. Для исихастов главным противником в тот период была римско-католическая церковь и западные католические страны. Поэтому в своей политике исихасты поддерживали Литву против Тевтонского ордена, а также турок против католического Запада (именно исихасты сдали Византию туркам, разместив по городам их гарнизоны). Соответственно они не были заинтересованы в борьбе Руси против ордынского ига, а именно эта проблема
была главной для Северо-Восточной Руси. Византийские политики исихастского толка видели свою задачу в другом - они стремились повернуть все силы Руси против католического Запада, тем более что Русь являлась самой большой и одной из самых богатых митрополий, из подчиненных Константинополю. Таким образом, во второй половине XIV в. интересы Константинополя и собственно Русской Церкви были противоположны. И историческая реальность только подтверждает данный вывод. В то время как митрополит Алексий последовательно готовил победу на Куликовом поле и объединял все политические силы Руси, Константинополь всячески препятствовал его деятельности. А в 1375 г. из Константинополя, еще при живом Алексии, был прислан в сане митрополита исихаст Киприан, откровенно ориентировавшийся на Литву. Именно Киприан окажется одним из главных виновников сожжения Москвы Тохтамышем в 1382 г.
Впрочем, здесь нужно учитывать еще один момент. В заслугу Киприану обычно ставят его борьбу за митрополию "всея Руси", и соответственно Алексий принижается как Некий "раскольник", соглашавшийся быть пастырем лишь одной ее части, а именно Великороссии. Wo Алексий стремился к объединению тех земель (Ве-ликороссии), для которых первостепенной задачей было смягчение ордынского ига или даже полное освобождение от него. Русские земли под властью Вильны и Варшавы (куда Алексия не пускали) имели иные задачи и питались иными идеями: даже "Рюриковичи" Западной и Юго-Западной Руси не имели равных прав с литовской и польской аристократией, а притязания Литвы как "третьего центра Руси" предполагали утверждение господства литовской знати и над другой половиной русских земель, при сохранении того же ордынского ига. Следовательно, если бы Алексий придавал первенствующее значение задачам объединения митрополии "всея Руси" под своей властью, то он бы не смог решить главную проблему - объединение севере-русских земель для борьбы с Ордой. Видимо, именно поэтому, он не столь активно противился самому факту разделения митрополии, тем более что в Литве Алексия как раз не жаловали.
Два года, проведенных Алексием в Константинополе, требовали от него и обширных познаний в непростых диспутах, и дипломатического искусства. И хотя Алексий в конечном счете добился закрепления за ним митрополии "всея Руси", но путь в Литву ему был фактически закрыт. По распоряжению Ольгерда, в 1359 г. Алексий был захвачен во время поездки в Киев, и его около двух лет продержали в темнице. С тех пор Алексий больше в западнорусские земли не ездил (если не считать своеобразной вылазки в только что захваченный литовцами Брянск для подавления там епископа).
После кончины Ивана Ивановича в 1359 г. остались девятилетний Дмитрий, меньший его брат Иван (ум. 1363 г.), и шестилетний Владимир, сын князя Андрея Ивановича. В условиях, когда Москву представляли дети-княжичи, она стала быстро подниматься исключительно благодаря тонкой и продуманной деятельности митрополита Алексия. В литературе высказывалась мысль, что митрополит не совсем праведным путем стал фактическим главой боярского правительства Москвы. Речь идет о том, что он не мог стать регентом при мальчике Дмитрии по завещанию Ивана Ивановича, поскольку в это время находился в заточении в Литве. Но в качестве авторитетного советника он еще в сане епископа владимирского упомянут в духовной Семена Ивановича. Такую же роль он, конечно, исполнял и при Иване Ивановиче.
В 50-е гг. XTV в. Алексию бороться приходилось на трех внешних и почти бесчисленных внутренних фронтах. Митрополит сумел наладить отношения с Ордой, в которой побывал трижды в 1354,1356, 1357 гг. Там он прославился как "чудесный целитель", излечив от слепоты ханшу Тайдулу, влияние которой в Орде было огромным. Умел Алексий умиротворить и других влиятельных сановников, жаждущих "подарков". К тому же Орда уже раздиралась противоречиями и начинала разваливаться по швам.
Поездка Алексия в Орду в 1357 г. по просьбе Тайдулы совпала с очередной "замятней", в ходе которой власть захватил сын Джанибека Бердибек, "удавивший" отца и убивший двенадцать своих братьев. А через два года Бердибек и сам "испи тую же чашу". На полгода воцарился Кулпа, убитый Наврусом, который просидел на великоханском столе два года. Наврус вспомнил и о своих улусниках. Русские князья потянулись к нему за ярлыками. Был среди них и девятилетний Дмитрий Иванович, но его в Орде лишили великого княжения. Ордынский хан отдал великокняжеский ярлык князю Андрею Константиновичу, а тот уступил его своему младшему брату суздальскому князю Дмитрию Константиновичу (1323 или 1324-1383), который и сел во Владимире. Летописец осуждает его за то, что взял великое княжение "не по очине, не по дедине".
Пришедший из Заволжья Хидырь убил и Навруса, и ханшу Тайдулу. В результате "замятии великой" появилось сразу 4 царя и несколько князей. Хидыря убил его брат Мурут (Мурат), утвердившийся на Левобережье Волги, а правую сторону Волги захватил темник Мамай (ум. 1380 г.), зять Бердибека. Не будучи чингизидом (только чингизиды могли быть великими ханами), он сделал "царем" некого Авдуля. Третий царь Килдибек выдавал себя за сына Джанибека, "такоже дивы многие творяше", а четвертый с рядом "князей" затворился в Сарае. Тогда же Болактемирь захватил Волжскую Булгарию. Именно с этого времени Волжская Булгария стала превращаться в "Казанское ханство", а булгары начали привыкать к имени "татары".