Исторически закрепленные японские Нин-дзютсу-рю были очень различными в отношении численности и важности. Имелись очень малые кланы, состоявшие из нескольких членов семьи, а другие имели согни членов, которые часто не знали друг друга и держались вместе исключительно из-за своей общей преданности предводителю.
Нижеследующий список содержит некоторые с исторической точки зрения важнейшие и влиятельнейшие Нин-дзютсу-рю, а также их руководителей, области действия и военные, а также политические связи:
Накагава-рю
область действия округ Аомори. Организовал Накагава Кохаюато.
Хагуро-рю центр в округе Ямагата, считается, что создана воинственными аскетами-сюгендзя горы Хагуро.
Усуги-рю создатель Усами Суроганоками Садаюки (округ Ниигата) для удельного кггязя Уесуги Кеноша как военная шггионская организация.
Кадзи-рю основана Кадзи Оминоками Кагэхидэ, учеником основателя Усуги-рю, но имела также связи с патриархами Хаттори-рю (провинция Ига).
Мацумото-рю действовала в округе Тоихиги.
Мацуда-рю действовала в провинции Ибацаки.
Коюо-, Нинко- и Такэда-рю основагга Такэдой Сингэн для агентурной работы. Эти Рю активно использовали шпионов, которые ггереодевались в бродячих монахов или торговцев.
Фума-рю Нин-по (округ Канагава) основана Фума Котаро и специализировалась в организации диверсий и партизанской войне.
Акиба- и Ихицэн-рю (округ Аихи) основатель Хахисукэ Короку Масакатсу, знаменитый воин тех мест.
Мино-рю (округ Гифу) создана во время господства Сайто Досан и охватывала группу Курокава-ниндзя местности Кота.
Эгизэн-рго (округ Тайома) основана Ига-ниндзей, которому удалось уйти от войск Ода Обунага.
Йосицунэ-рю (округ Фукуи) создан Йосицунэ Минамото. Эта Рю являлась смесью шпионских методов Исэ Сабуро и различных традиций ямабуси.
Ига-рю также региональная традиция Нин-дзютсу, состоявшая из многих влиятельных семей, в том числе клана Хаттори и Момоти.
Нэгоро-рю основана Сугинобо Мюосан, которому приписывалось изобретение деревянной пушки; Саша-рю готовила специалистов по огнестрельному оружию и взрывников; Натори-рю основал Натори Сандзюро Масатакэ, автор справочника «Со-нин-ки Нин-дзютсу». Все они располагались в округе Вакаяма.
Бицэн-рю происходила из округа Окаяма.
Фукусима-рю (округ Симанэ) создал Нодзиридзиро Дзиуэромон Наримаса.
Курода-рю (округ Фукуока) поддерживала семью властелина Курода.
Нанбан-рю действовала в округе Нагасаки.
Сацума-нин-по (округа Кагошима) поддерживала семью властелина Симацу.
За исключением немногих, эти Рю задолго до начала эпохи Мэйдзи (в 1868 г.) свернули свою деятельность.
После объединения и вынужденного мира в XII веке резко уменьшилась необходимость разветвленной информационной сети и упорной тренировки не на жизнь, а на смерть. Вследствие этого сократилось также число тех, кто был готов посвятить всю свою энергию существованию в духе Синоды.
Так же как сегодня лишним является существование французского подпольного движения, поскольку нет больше немецких частей, оккупировавших французскую область, так и с появлением «Века просвещения» больше не было потребности в первоначальных семьях ниндзя.
Отдельные аутентичные исторические Нин-дзютсу-рю, которые еще и сегодня имеются в Японии, возглавил живущий в городе Нода Великий Мастер Масааки Хатсуми. Остаткам других традиций теперь можно дивиться разве только в различных японских музеях и галереях. Доступные общественности свитки рукописей, документально подтверждавшие владельца как Великого Мастера, оружие или даже в некоторых случаях боевое снаряжение говорят о конце этого стиля.
Как только Рю заканчивала свою деятельность, последний Великий Мастер был обязан уничтожить все свитки и рукописи, чтобы таким образом сберечь добрую славу традиции от возможности в будущем нечестного обращения (трактовки). Но все же нередко это случалось. Материал оставался нетронутым или даже продавался несведущими наследниками, которые даже не осознавали важности своего имущества.
Современная история
которая более чем 700 лет заботилась о законе, порядке и стабильности, сразу была ликвидирована, и Великая Япония смогла подражать вновь открытой западной культуре.
Во время периода Мейдзи, последовавшем за «открытием Японии» (1868 г.), изменились два важных политических понятия: лицо и образ жизни страны. Первая цель нового правительства называлась «Фококу-кохей» обогащение науки и укрепление армии. «Бунмей-каика» означало открытие культуры; таким образом попытались перенять чужое мировоззрение, чтобы страну поскорее подвести к уровню современных западных наций. С древними традициями, такими, как боевое искусство или система ближнего боя, было покончено как с «йабан» (варварскими), и новые офицеры ориентировались исключительно на современную европейскую тактику.
Эта культурная революция забрала у военного искусства его военное значение и превратила его в виды спорта и системы упражнений для развития личности. Методы, помогавшие когда-то на поле битвы успешно отстоять собственную жизнь, распались на многочисленные системы: системы, которые сконцентрировались на отдельных ритуальных движениях и оставили только одно-единственное оружие или превратились в игры, которые признавали только ограниченное количество физических приемов, а все другие запретили. Разумная отработка борьбы, охватывавшая весь диапазон возможностей применения, была осмеяна как пережиток прошлого, как бесполезная трата времени в современный период.