В 1889 году Булгаков перешёл на кафедру истории и разбора западных исповеданий. Одновременно он преподавал в Киевском институте благородных девиц и исполнял обязанности Киевского отдельного цензора по внутренней цензуре. В этом качестве он, например, цензурировал «Манифест коммунистической партии» Карла Маркса и Фридриха Энгельса (кстати, его рецензия была скорее нейтральной, с характерным заключением: «подходит ли он («Манифест». В. Ст.) под указанные в отношении статьи, этот вопрос может быть решен судебною властию»). Булгаков перевёл с латыни на русский многие произведения отцов Церкви блаженного Августина, Иеронима и др.
В КДА Афанасий Иванович преподавал до самой своей смерти в 1907 году. В 1906 году он получил степень доктора богословия за сочинения «Старокатолическое и христианокатолическое богослужение и его отношение к римско-католическому богослужению и вероучению» и «О законности и действительности англиканской иерархии с точки зрения Православной Церкви».
Уже в конце 1906 года Булгаков заболел наследственным нефрозом (эта болезнь позже свела в могилу и его сына), практически ослеп. 8 февраля 1907 года Святейший синод утвердил Булгакова в звании ординарного профессора, а уже 9 марта он подал прошение об увольнении по болезни от службы и 14 марта умер.
В книге (1983 г.) Лидия Яновская писала, что «утверждение его в звании ординарного профессора за месяц до смерти было данью уважения со стороны Академии и реальной помощью семье умирающего», но в более поздних работах она же писала о том, что это был «заговор друзей», которые хотели обеспечить многодетной семье приличный пенсион. Замысел удался после смерти кормильца материальное положение семьи парадоксальным образом улучшилось.
Афанасий Иванович как профессор получил также чин статского советника (V класс, воинский аналог между полковником и генерал-майором), однако прав на наследственное дворянство этот чин не давал .
Научная и общественная деятельность
Афанасий Булгаков считался человеком центристских взглядов, умеренным либералом. Характерный пример из статьи «Французское духовенство в конце XVIII в. (в период революции)»: «В то время среди французского народа началась проповедь о равенстве, братстве и свободе всех людей с точки зрения формально-правовых воззрений на отношение людей между собою. Что же стали делать высшие представители церкви? Как они отнеслись к этому? Вместо того чтобы заняться выяснением истинно христианского смысла этих понятий (Мф. V, 4448), они, как бы закрывая глаза на то, что эти понятия заимствованы из учения Господа нашего Иисуса Христа (Вспомним проповедь Иешуа Га-Ноцри. В. Ст.), стали проповедовать о том, что безусловного равенства, братства и свободы никогда не было и быть не может. Но ведь дело шло совсем не об этом. Дело шло о равенстве всех пред законом, в основе которого (по идее) должен быть закон нравственный. () Когда теперь во Франции говорят об отделении Церкви от государства, то в сущности говорят о том, чтобы юридически констатировать уже совершившееся дело; а совершилось оно тогда, когда французское духовенство бросило своих
пасомых на произвол судьбы, впуталось в государственные дела и не хотело признать той истины, что совершение государственных переворотов не дело Церкви».
Одной работой он отнюдь не ограничивался. Булгаков был одним из учредителей Киевского религиозно-просветительского общества, для которого епархиальный архитектор Евгений Ермаков в 1903 году выстроил прекрасное здание в неорусском стиле на Большой Житомирской (сейчас там находится Министерство ЖКХ). В домовом храме Св. Иоанна Златоуста в июне 1917 года венчалась Варвара Булгакова с капитаном Леонидом Карумом (прототипы семьи Тальбергов из «Белой гвардии»).
Входил Булгаков и в Религиозно-философское общество, одним из руководителей которого был его знаменитый однофамилец (а может, и дальний родственник тоже из Орловской губернии) Сергей Николаевич Булгаков. Считается, что взгляды Афанасия Ивановича были близки к христианскому социализму Сергея Булгакова.
Семья
Варвара Михайловна Покровская тоже была дочерью священника. Её семья проявилась в творчестве Михаила Афанасьевича. Например, девичья фамилия её матери, Анфисы Ивановны, Турбина. Её же брат, врач Николай Покровский, стал прообразом профессора Преображенского.