Время тянулось; конца разладу не предвиделось. Избирать нового патриарха при прежнем, который теперь не желал отказаться от этого сана, было совсем не удобно можно было опасаться двоевластия в церкви.
В феврале 1660 года, по желанию царя, составился собор из высшего русского духовенства и некоторых греков. Между духовными лицами было много врагов Никона все помнили его властный, крутой нрав. Собор обвинил Никона в гордости, в самовольном оставлении патриаршего престола и присудил его даже к лишению священного сана; только Епифаний Славинецкий и один архимандрит заявили потом о незаконности суда без допроса подсудимого. Царь, впрочем, и не думал приводить в исполнение решение собора, а Никон назвал этот собор «жидовским сонмищем». Узнав, что митрополит Крутицкий запретил поминать его в церквах, Никон принял это за горькую обиду и предал его анафеме. Царя это сильно встревожило.
Никону были доставлены эти вопросы и ответы. Он принялся горячо опровергать их, излил на бумаге весь свой гнев, смело и резко высказывал свои убеждения и взгляды на отношения церкви и государства, на власть патриарха дошел в увлечении и запальчивости даже до того, что заговорил языком пап.
«Не от царей, писал он, приемлется начало священства, но от священства на царство
помазуются; священство выше царства. Не давал нам царь прав, а похитил наши права: церковью обладает, святыми вещами богатится; завладел он церковным судом и пошлинами. Господь двум светилам светить повелел солнцу и луне, и чрез них нам показал власть архиерейскую и царскую: архиерейская власть сияет днем, власть эта над душами, царская в вещах мира сего».
Но мириться теперь было уже трудно. Враги Никона все делали, что только было можно, чтобы раздражить его и вывести из терпения. Окольничий Боборыкин завладел неправильно землей Воскресенского монастыря; на челобитье патриарха по этому делу монастырский приказ не обратил внимания. Тогда Никон написал государю резкое письмо, где сильно восставал против мирской власти в церковных делах, даже грозил царю гневом Божьим за издание Уложения. Боборыкина он предал анафеме в своей монастырской церкви, а тот донес в Москву, будто бы Никон проклинал самого царя и семью его.
Царь был поражен этим и говорил со слезами на глазах собору архиереев:
Пусть я грешен, но чем виноваты жена моя и любезные дети мои и весь двор мой, чтобы подвергаться клятве?
Никон был по этому делу допрошен; допрашивали и других, и обвинение оказалось совершенно ложным. Постоянные препирательства, жалобы, обвинения все это, конечно, страшно томило впечатлительного Алексея Михайловича. Он решился пригласить в Москву восточных патриархов, чтобы окончательно решить дело Никона.
Между тем и Никон начал сильно жалеть о разладе с царем. Теперь, когда его враги, и не только могущественные, но и ничтожные, еще так недавно трепетавшие пред ним, всесильным великим «государем и патриархом», «собинным другом царя», давали ему почти на каждом шагу чувствовать его падение, старались всячески оскорбить его, удар за ударом наносился его самолюбию, и у него не хватало больше терпения выносить все огорчения. Никогда, быть может, жажда власти и величия так не томила его, как теперь. И вот в такую-то пору один из очень немногочисленных друзей его, боярин Зюзин, задумал примирить его с царем написал письмо, в котором советовал Никону внезапно приехать в Москву на праздник Петра Чудотворца, к утрене, прямо в собор, и пригласить, по обычаю, государя в церковь, как будто и не бывало никакой размолвки между ними. Зюзин намекал, что такова и воля самого государя. Надо думать, что боярин, слыша часто от царя сожаление о разладе с патриархом, вообразил, что он большую услугу окажет им обоим, если как-нибудь сведет их и даст им удобный случай примириться. Два раза он писал Никону об этом, и его письма как нельзя больше совпадали с тайным желанием Никона. Он отдался весь молитве и посту молился, чтобы Господь вразумил его, как поступить. Раз, когда он, изнуренный долгой молитвой, забылся, ему, как он сам потом рассказывал, привиделось, будто бы он стоит в Успенском соборе и видит, что все почившие святители восстали из своих гробов и подписывают рукопись о вторичном возведении его на патриаршество. После этого он решился последовать совету Зюзина.
С 17 на 18 декабря 1665 года в Успенском соборе шла заутреня. Часа в 3 утра вдруг с шумом растворилась дверь, и вошел Никон с толпой монахов, с преднесением креста, взял посох митрополита Петра и стал на патриаршем месте. Монахи пропели: «Исполла эти, деспота» и «Достойно». Все в церкви оторопели и недоумевали, как быть. Величавая осанка Никона, его решительный, повелительный голос действовали на всех неотразимо; когда он позвал духовенство к благословению все стали подходить к его руке.
Дали знать царю. Во дворце поднялась страшная суматоха. Бояре растерялись, качали головами, не знали, что делать, и только твердили: «Ах, Господи, ах, Господи!»