Скончался Богдан в августе 1657 года в Чигирине. По желанию покойного, останки его погребли в Субботове. Народ, оплакивая своего освободителя, рыданием заглушал церковное пение.
«То не черные тучи ясное солнце заступали, говорится в одной украинской думе, не буйные ветры в темном лесу бушевали казаки Хмельницкого погребали, по батьке своем слезы проливали».
Но не довелось и праху Богдана успокоиться в родном Субботове. Семь лет спустя польский вождь Чарнецкий, опустошая Украину, захватил хутор и в дикой злобе велел выкинуть из гроба прах Хмельницкого. Но церковь, построенная им, где был он погребен, существует и теперь.
По смерти Богдана Хмельницкого на Украине поднимаются смуты. Юный сын его скоро вынужден был отказаться от гетманства; власть попала в руки ловкого Ивана Выговского, генерального писаря.
Все население Малороссии распадалось в это время на посполитых, то есть крестьян-земледельцев, и казаков, обязанных охранять новый порядок вещей. Народ (посполитые) еще при Богдане выражал свое недовольство, что всякие льготы и преимущества даются исключительно казакам. Теперь же и в казацкой среде возникло как бы два сословия: значных, то есть старшин, богатых казаков и шляхтичей, приставших к казачеству, и простых, на которых первые начинали смотреть свысока, называли их казацкой чернью. Выговский по своим взглядам и стремлениям примыкал к значным. Эта партия хотела, конечно, полного самоуправления на Украине и находила, что союз с Польшей гораздо выгоднее, чем подчинение Москве. Именитым казакам шляхетские польские порядки были очень по душе, но зато другая сторона народ и простые казаки преданы были Москве и с ненавистью смотрели на польские шляхетские порядки.
На беду, у народа теперь не было разумного вожака, а московские воеводы, стараясь прибрать к рукам своевольную чернь, нередко возбуждали ее неудовольствие.
Лишь только Выговский взял в свои руки гетманскую булаву, тотчас и начались неурядицы. Полтавский полковник Мартын Пушкарь и запорожцы не хотели признать его гетманом и прислали в Москву весть, что гетман и полковники замышляют измену, а вся чернь остается верной государю.
Мы, говорили запорожские послы, Выговского не хотим иметь гетманом не верим ему ни в чем: он не природный запорожский казак, а взят из польского войска. Богдан подарил ему жизнь и сделал его писарем, но он войску нашему никакого добра не хочет.
Предсказания Богдана, что поляки только для того, чтобы отвести от себя удар, пообещали признать московского царя наследником польского престола, вполне оправдались. Справившись со шведами, прогнав их из своих владений, поляки и не думали исполнять своих обещаний, даже не соглашались уступить Москве все ее завоевания. Пришлось русским снова взяться за оружие; но эта, вторая, польская война была для Москвы далеко не то, что первая. Военные действия начались в 1658 году; осенью воевода Юрий Долгорукий разбил и даже захватил в плен литовского гетмана, но другой воевода, князь Хованский, в июне 1660 года потерпел страшное поражение от Чарнецкого. На юге дела русских были совсем плохи: Юрий Хмельницкий изменил и передался королю, а Шереметев, московский воевода, окруженный поляками и татарами под Чудновом, вынужден был сдаться. Его отвезли в Крым в неволю. В 1661 году новые неудачи и беды обрушились на русских в Литве и Белоруссии: один за другим утрачены были города, взятые раньше, Вильно, Гродно, Могилев.
Войне не предвиделось конца; тяжкие налоги и подати становились невыносимы для народа; торговля упала; недоставало денег на жалованье ратным людям. Безденежье и необычайная дороговизна вызвали мятеж в Москве.
Бездарный и вероломный Юрий Хмельницкий отказался от гетманства; преемник его, Тетеря, присягнул королю; но левая от Днепра сторона Малороссии держалась Москвы и избрала себе в гетманы на раде в Нежине запорожского кошевого Брюховецкого. Польские войска в это время вторглись в Малороссию и заняли почти всю ее; только город Глухов своей мужественной обороной задержал короля и дал возможность русским и украинским военным силам несколько оправиться.
И Москва и Польша уже крайне тяготились войной и очень желали прекратить ее, но переговоры о мире долго ни к чему не приводили: поляки не шли ни на какие уступки, а русским после тяжких потерь и трат на войну отказаться от всех завоеваний и Малороссии тоже было невозможно. Но когда в Польше начались внутренние смуты и возникла опасность со стороны Турции и Крыма, то они стали податливее.
Наконец в 1667 году было заключено перемирие на тринадцать с половиной лет в деревне Андрусово, близ Смоленска. Царскому уполномоченному
Ордину-Нащокину удалось после долгих споров с поляками добиться довольно выгодных для Москвы условий: царь должен был отказаться от Литвы, но приобретал зато Смоленск, Северскую область и часть Малороссии по левую сторону Днепра; на правой за Москвой остался Киев на два года. Конечно, не таковы были бы условия мира, если б Швеция не отвлекла царя от войны с Польшей. Не будь этого, вероятно, мечты Хмельницкого исполнились бы: все русские земли были бы вырваны из польских рук и Малороссия не была бы разорвана на две части.