Из проходивших службу в Железнодорожных войсках РККА бывших военнослужащих старой армии большинство добросовестно выполняло свои обязанности и оказало существенную помощь в возрождении и совершенствовании войск.
Однако находились и те, кто переходил на строну противника. Так, 8 сентября 1919 года дезертировал из части и перешел в ряды белой гвардии бывший офицер К. М. Богущевский, который незадолго перед тем был назначен командиром 39-й отдельной железнодорожной роты. Все же подобных случаев происходило не так много.
Боеспособность любой массовой армии напрямую зависит от ее планомерного пополнения обученными резервами. Чтобы справиться с этой проблемой, новой власти пришлось создавать целую систему обучения трудящихся военному делу. В ее основе лежал Декрет ВЦИК от 22 апреля 1918 года «Об обязательном обучении военному искусству» .
Декрет устанавливал, что военному делу должны были обучаться граждане РСФСР в возрасте: 1) школьном, низшая ступень которого определяется Народным комиссариатом просвещения, 2) подготовительном от 16 до 18 лет и 3) призывном от 18 до 40 лет. Женщины участвовали во Всевобуче в добровольном порядке.
Несмотря на провозглашение принципа всеобщего военного обучения, в Декрете указывалось, что «обучение военному делу и вооружение народа в ближайшую переходную эпоху будут распространены только на рабочих и не эксплуатирующих чужого труда крестьян».
Все граждане в возрасте от 18 до 40 лет, прошедшие курс обязательного военного обучения, ставились на учет как военнообязанные и по мере надобности пополняли ряды Красной Армии.
Декрет предусматривал возможность организации Всевобуча без отрыва обучаемых от трудовой деятельности и привлечение к ответственности лиц, уклонявшихся или небрежно относящихся к обязанностям по военному обучению.
Всевобуч сыграл важную роль в создании массовой Красной Армии. Около 5 млн. рабочих и крестьян за годы гражданской войны получили в его системе необходимые военные знания и навыки .
Еще одним важным шагом в строительстве Красной Армии была отмена выборности командного состава и установление определенной системы его назначения, предусмотренные Декретом ВЦИК от 22 апреля 1918 года «О порядке замещения должностей в Рабоче-Крестьянской Красной Армии» . Применявшийся в качестве важного инструмента разложения строй армии принцип выборности должностных лиц стал серьезным препятствием на пути повышения боеспособности воинских формирований, укрепления дисциплины, организованности и порядка.
Добровольческий период строительства Красной Армии продолжался до конца мая 1918 года. К этому моменту в ее рядах насчитывалось немногим более 300 тыс. человек. Кроме того, войска не имели единой организации, а управление ими осуществлялось различными коллегиальными органами, далеко не всегда способными обеспечить необходимый уровень боевой готовности, воинской дисциплины и боевой подготовки. В то же время Вооруженным силам Республики Советов противостояли хорошо обученные и снаряженные войска противника общей численностью до 1 млн. человек .
Масштабы развертывающейся вооруженной борьбы заставили советское правительство не только принять меры к резкому увеличению численности Красной Армии, но и предпринять ряд неотложных шагов, направленных на превращение ее в регулярную , способную успешно действовать против сильного, многочисленного и хорошо организованного противника. Осуществить это можно было только путем перехода от добровольческого принципа комплектования вооруженных сил к их комплектованию на основе всеобщей воинской обязанности.
К этому времени фактически уже были проведены основные мероприятия, подготовившие переход к массовой регулярной армии.
произвольных отрядов, кустарного строительства должен быть оставлен позади. Все формирования должны производиться в строгом соответствии с утвержденными штатами и согласно разверстке Всероссийского главного штаба» .
Поэтому развернулась работа по ликвидации «пестроты» в организационной структуре войск и переходу всех частей и соединений на единую организацию .
Были введены единые штаты соединений и частей. На их основе воинские части действующей армии реорганизовывались в полки, бригады, дивизии. Дивизии сводились в полевые армии, несколько полевых армий объединялись во фронт.
Определилась структура централизованного управления и руководства РККА. Была учреждена должность Верховного главнокомандующего Вооруженными силами страны.
Во главе всех фронтов и военных учреждений находился Революционный Военный Совет Республики. В качестве его исполнительного оперативного органа по руководству Вооруженными силами 6 сентября 1918 года создается Полевой штаб Реввоенсовета.