Ошибочные взгляды на характер будущей войны, порядок отмобилизования и развертывания оперативного тыла обусловили неоправданное сосредоточение и размещение в приграничных военных округах большого количества складов и баз с мобилизационными и неприкосновенными запасами материальных средств. Так, по состоянию на 1 июня 1941 года на территории пяти западных военных округов (ЛенВО, ПрибВО, ЗапОВО. КОВО и ОдВО) было сосредоточено 340 стационарных складов и баз (или 41 процент их общего количества). Здесь же размещалось значительное количество центральных складов и баз Главнефтеснаба и Управления государственных материальных резервов. Необоснованная концентрация складов и баз в приграничной полосе стала одной из главных причин больших потерь материальных средств в начальном периоде войны.
Передача центральными управлениями тыла основных мобилизационных запасов приграничным военным округам уже в ходе войны и быстрое продвижение противника в глубину советской территории привели к тому, что с отходом Красной Армии значительное количество материальных средств, из-за невозможности передать их войскам или эвакуировать, пришлось уничтожать. С 22 июня по 12 июля 1941 года войска только одного Юго-Западного фронта уничтожили 1933 вагона боеприпасов и 38 047 тонн горючего. Общие потери боеприпасов к концу 1941 года составляли около 25 тысяч вагонов, что сказалось самым негативным образом на обеспечении ими войск в начале войны .
С первых дней войны Тыл Красной Армии столкнулся с рядом трудностей, связанных прежде всего с громоздкостью органов тыла, их низкой подвижностью и недостатком транспортных средств. Так, например, в составе Юго-Западного фронта насчитывалось более ста различных, в основном стационарных, складов . Каждая армия этого фронта имела до 25 складов, а для перевозки тыла только одной стрелковой дивизии требовалось 14 железнодорожных эшелонов. Примерно такое же положение было и в других фронтах. Анализ архивных документов показывает, что в первые недели войны войска Действующей армии испытывали большой недостаток в боеприпасах, горючем и других материальных средствах, хотя на складах и базах в приграничной полосе имелось значительное их количество .
Это явилось следствием того, что в предвоенные годы не было уделено достаточного внимания разработке научно обоснованной теории тылового обеспечения войск, повышению подвижности и маневренности армейского и фронтового тыла, созданию устойчивой системы управления, обеспечению надежной охраны и обороны путей сообщения. По довоенным взглядам, фронтовой тыл предполагалось иметь стабильным со стационарными складами, базами, медицинскими, ремонтными и другими частями и учреждениями, развернутыми в районах железнодорожных станций на глубину до 500 километров.
На фронтовых складах предусматривалось содержать значительные запасы материальных средств: до 8-10 боекомплектов (бк) боеприпасов, 10 заправок горючего (запр.), 30 суточных дач (сутодач, с/д) продовольствия и зернового фуража .
Каждой армии выделялся тыловой район с самостоятельным железнодорожным участком. На нем развертывались армейская распорядительная станция, основная станция снабжения армии и станции снабжения для армейских корпусов. В районе станции снабжения размещалось до 20-25 армейских складов по всем видам
снабжения . Большое количество складов, баз и других стационарных учреждений, входивших в состав тыла фронтов и армий, привязывало его к железным дорогам, делая очень громоздким, неспособным гибко маневрировать силами и средствами, своевременно перемещаться за войсками и оказывать им необходимую материально-техническую помощь.
В связи с неудачным началом войны и оставлением противнику значительной части территории пришлось вносить существенные изменения в довоенные мобилизационные планы, срочно перераспределять людские и материально-технические ресурсы. Это увеличивало сроки готовности частей и учреждений тыла, а иногда даже полностью срывало их отмобилизование.
По данным Управления устройства тыла и снабжения Генерального штаба на 5 июля 1941 года было сорвано отмобилизование 68 головных складов, 20 батальонов обслуживания станций снабжения, 3 управлений госпитальных баз, 7 управлений подвижных эвакопунктов (УПЭП), 34 подвижных полевых госпиталей и целого ряда других специальных частей и учреждений .
Трудности, связанные с отсутствием необходимого количества специалистов тыла и автомобильного транспорта, привели к тому, что отмобилизование и формирование ряда частей и учреждений тыла во внутренних военных округах продолжалось до конца 1941-го и даже в 1942 году. Таким образом, начавшаяся война полностью опровергла существовавшие взгляды на порядок и сроки мобилизационного развертывания органов и учреждений тыла и не позволила осуществить планомерное развертывание тыловых органов, частей, подразделений и учреждений. Его приходилось проводить уже в ходе начавшейся войны, в условиях отхода наших войск и систематического воздействия авиации противника.