Считается, что в должности командарма Махин пробыл с 26 июня по 3 июля 1918 г. Как уже отмечалось, его назначение состоялось при помощи бывшего прапорщика Н.Н. Мартьянова, в прошлом товарища прокурора Тифлисской судебной палаты, также состоявшего в ПСР . На процессе эсеров в 1922 г. о Мартьянове упомянул член ПСР и один из организаторов военной комиссии ЦК ПСР И.С. Дашевский, показавший, что «одновременно с Махиным было решено послать другого нашего давнишнего военного работника, еще по Петрограду, по фамилии Мартьянова, бывшего в небольшом чине, кажется, в чине прапорщика или подпоручика, имевшего знакомство с Махиным, работавшего по установлению связи и информации. Кажется, он был назначен к Махину именно на должность начальника связи штаба. В частности, мы имели определенное предположение, что именно Мартьянов, известный нам с этой именно стороны как чрезвычайно расторопный, распорядительный и пронырливый работник, сумеет легче и быстрее всего организовать связи Махина с нашими товарищами как по ту, так и по эту сторону фронта Махин получил назначение, вместе с Мартьяновым отправился на фронт и спустя некоторое время в районе Уфы перешел на сторону Самарского комитета Учредительного собрания. Вместе с ним перешел и Мартьянов» .
Приказ о назначении Махина был подписан командующим большевистским Восточным фронтом М.А. Муравьевым . Наличие такого приказа давало возможность советским историкам предложить простое объяснение проникновения Махина на пост командующего посредством протекции другого будущего изменника Муравьева .
Авторов подобных схем не смущало, что Махин был эсером, а Муравьев примыкал к партии левых эсеров. В действительности Муравьев в то время был добросовестным советским военачальником и вносил весомый вклад в советское военное строительство , тогда как Махин работал по заданию ЦК ПСР.
Формирование армии сопровождалось неразберихой и многоначалием (в Уфе практически одновременно находились В.Н. Блохин, Ф.Е. Махин, Н.И. Подвойский и В.В. Яковлев), что облегчало подрывную работу. Неудивительно, что участник тех событий большевик П.В. Гузаков вспоминал: «Отступлению 2-й армии из Уфы предшествовали нерешительные действия со стороны штаба, выражавшиеся в том, что на дню они по нескольку раз меняли свое решение: утром на заседании губисполкома штаб доказывал необходимость укрепления гор[ода] Уфы, выставления тяжелой и легкой артиллерии, а на вечернем заседании губисполкома необходимость сгрузить все на баржи и пароходы; и так продолжалось 34 дня подряд» .
Подрывную работу Махин вел и до официального назначения командармом. Так, на заседании военного совета в Уфе 24 июня Махин возражал против создания Горного штаба для руководства борьбой с чехословаками, наступавшими с востока (организации партизанских действий и диверсий на железной дороге). И хотя совет решил все же создать такой штаб, Махин и другие якобы сорвали это решение . Отряды, прибывавшие в Уфу с горных заводов, отправлялись обратно.
Член ЦК ПСР М.А. Веденяпин позднее отметил, что «подполковник Махин со своим штабом, состоящим в значительной своей части из членов партии, по мандату члена Высшей военной инспекции Подвойского принял руководство большевистскими войсками, оперирующими в районе Уфы.
Невзирая на то, что большевистским доморощенным Наполеонам было совершенно ясно, что неорганизованные красноармейские части не в состоянии выдерживать удары образцовых регулярных чехословацких
войск, оперативный план, составленный Подвойским, предполагал генеральное сражение под Уфой у станции Чишмы.
Вместе с этим предполагалось с целью задержания чехов разрушить важнейшие железнодорожные сооружения, как то: мосты, водокачки и произвести обвалы скал на горном участке жел[езной] дор[оги] к востоку от Уфы.
Подобная порча жел[езной] дор[оги] надолго бы прекратила сообщение России с Сибирью и поставила бы железнодорожных служащах Самаро-Златоустовской дороги в безвыходное положение.
Благодаря настойчивым требованиям подполковника Махина, большевистские полководцы отказались от задуманного Подвойским большого сражения под Чишмой и от варварского разрушения ж[елезной] дор[оги].