Во главе всех сил, действующих на самаро-челябинском направлении, мною оставляется временный полевой штаб, учрежденный моим приказом от 13 июня 138 при Уфимском губернском комиссариате по военным делам, во главе с прибывшим вчера ночью, по моему вызову из Москвы, товарищем Генерального штаба Махиным, обладающим великим боевым опытом, запасом совершеннейших знаний, и другими опытными военачальниками с прочно установленной боевой репутацией.
Товарищ Махин военный руководитель Уфимского губернского комиссариата ни один день не оставался в стороне, когда правительство призывало к созданию вооруженных сил Российской Федеративной Советской Республики.
Тов. Махин и прибывшие с ним его сотрудники, видные военные специалисты, в своей работе по руководству Уфимским губ[ернским] военным комиссариатом, формированием боевых частей и по руководству операциями против чехословаков с честью продолжат многодневную работу Высшей военной инспекции совместно с губернским комиссариатом по военным делам и найдут также всемерную поддержку от Уфимского губернского исполнительного комитета Совета рабочих и крестьянских депутатов и от уездных исполнительных комитетов.
Общее руководство всеми войсками против чехословацких мятежников и восставших урало-оренбургских казаков-богатеев передано Народным комиссариатом по военным делам особо назначенному Военно-революционному военному совету во главе с народным комиссаром [П.А.] Кобозевым.
Правительство рабочих и крестьян и трудящийся люд напрягают все свои силы, чтобы раздавить новый взрыв контрреволюции, застрельщиками которой явились находящиеся на службе и содержании французского буржуазного правительства чехословацкие войска.
Рабочие и крестьянская беднота и на этот раз раздавят мятежников.
Да здравствует Социалистическое Отечество.
Да здравствует Российская Федеративная Советская Республика.
Да здравствует власть рабочих и крестьян и их правительство Совет Народных Комиссаров!»
Махину было поручено руководство Уфимским губернским военным комиссариатом, формирование пехотной дивизии и руководство боевыми операциями против чехословаков на миасском и кинельском направлениях . По-видимому, зарекомендовав себя способным военруком, Махин через девять дней после первого приказа получил назначение командующим армией.
В июне 1918 г. на Востоке России уже шла широкомасштабная Гражданская война. Еще в конце мая началось восстание против большевиков Чехословацкого корпуса. 13 июня постановлением СНК для руководства операциями против чехословаков был создан Реввоенсовет. Фактически возник Восточный фронт первый из фронтов Советской России, хотя такое название употреблялось пока редко . Возглавил фронт бывший подполковник М.А. Муравьев. В состав РВС вошли: П.А. Кобозев (председатель), М.А. Муравьев, К.А. Мехоношин и Г.И. Благонравов . Еще до прибытия на фронт Муравьев распорядился о создании армейских штабов с привлечением бывших офицеров Генерального штаба. В войсках, в том числе вследствие боевой обстановки, происходил переход от отрядов к полкам, дивизиям и армиям .
Наряду с другими создавалась и 2-я армия. Приказ о ее создании путем сведения уфимской и оренбургской групп войск был подписан Муравьевым не позднее 22 июня 1918 г. Первым командующим декретом РВС Восточного фронта 3 назначался В.В. Яковлев (позднее перешел на сторону Комуча ), но уже 26 июня на основании декрета РВС Восточного фронта 8 его сменил Махин, назначенный временно исполняющим должность командующего .
На 28 июня армия включала три группы, расположенные в районе Уфы, Златоуста и Оренбурга. Положение Уфы тогда было крайне сложным. Секретарь
уфимского губкома РКП(б) Г.Н. Котов вспоминал, что «от центра мы оказались почти оторваны, так как связь наша шла окольным путем по Волго-Бугульминской железной дороге через Ульяновск . Почта и газеты не приходили Тов. Подвойский приехал в Уфу с большой, крайне серьезной и неотложной задачей: проверить и подготовить наши боевые силы к борьбе с чехословаками и учредиловцами. По ходу событий можно было уже думать, что нам предстоит продолжительная Гражданская война. Необходимо было создавать постоянную регулярную армию, способную не только на партизанские выступления, а на упорную позиционную и, может быть, даже окопную войну; к этому уфимская Красная армия не была приспособлена» .