Выполнение задачи, поставленной военной секции Ц.К. партии, при указанных условиях могло быть возложено только на лицо с[о] специальным военным образованием и военным опытом. Таковым и являлся в партии Генерального штаба подполковник Махин.
Он должен был принять на себя обязанность начальника штаба большевистских войск, действовавших в Уфимском районе, составить свой штаб из партийных эсеровских работников и сделать все для скорейшей и безболезненной ликвидации и борьбы за овладение этим районом» .
По свидетельству Г.И. Семенова (Васильева), «через Мартьянова с.-р. [под]полковник Махин был назначен командиром одной из армий Восточного фронта, стоящей около города Уфы. Выдвигая кандидатуру Махина, Ц.К. полагал, что Махин всеми зависящими от него мерами будет способствовать продвижению Народной армии. Махин впоследствии с частью своего штаба, с планами и кассой перешел на сторону Народной армии» .
Нельзя не привести и мнение врага Махина М.В. Агапова, пытавшегося в эмиграции представить Федора Евдокимовича карьеристом и оппортунистом. Ссылаясь на свидетельства генерала Б.С. Стеллецкого, якобы хорошо знавшего Махина, Агапов писал, что после захвата власти большевиками Махин «быстро нашел решение. С одной стороны, он не верил, что большевики смогут долго продержаться (в это не верили многие видные фигуры в самой большевистской партии). С другой, он полагал, что возвращение к прошлому невозможно, и, судя по всему, в будущем эсерам и меньшевикам снова достанется важная роль. В пользу этого предположения говорил тот факт, что на выборах в Учредительное собрание за эсеров было подано 20 миллионов голосов из 22 миллионов проголосовавших. И вот какое решение принял Махин. Он отдался в распоряжение советской власти, от которой сразу получил должность заместителя московского военрука (военного руководителя Московского военного округа, который охватывал всю центральную Россию). Одновременно он тайно предложил свои услуги эсерам, а именно Уфимской Директории , которую левые антисоветские круги считали наследницей свергнутого Временного правительства. О последнем факте Махин рассказывал Стеллецкому, пытаясь объяснить, что он остался эсером и что в эмиграции его следует считать представителем партии эсеров. Б. Стеллецкий на это заметил, что Махин никакой не эсер, а член партии КВД Куда ветер дует. О том, что приключилось с его однокашником дальше, Стеллецкий узнал из рассказов Махина. Тот, единственно, умолчал, что, пока он служил московским замвоенруком, Уфимская Директория, то есть ее секретный штаб , расценивала его как обычного разведагента, а не как члена штаба, как того хотелось самому Махину» . Думается, подобные наблюдения не соответствовали реальному положению вещей.
9 июня в Уфу прибыл поезд Высшей военной инспекции благоволившего Махину Н.И. Подвойского . Махин же приехал, судя по всему, 16 июня, а уже 18 июня был назначен Подвойским временно исполняющим обязанности начальника Уфимской советской дивизии с возложением на него обязанностей военрука Уфимского губернского комиссариата по военным делам и начальника временного полевого штаба при комиссариате . Это подтверждается и телеграммой Махина командовавшему войсками в районе Уфа Самара В. Н. Блохину от того же числа: «Согласно приказания наркомвоен товарища Подвойского я сего числа принял командование войсками против чехословаков по линиям Уфа Самара и Уфа Челябинск. Военрук Махин» .
В приказе 146 от 17 июня 1918 г. Подвойский писал: «Сегодня я выезжаю в Москву для личного доклада правительству рабочих и крестьян Совету народных комиссаров о чехословацком мятеже и соединенном с ним контрреволюционном движении буржуазии и правых социалистических элементов, идущих рядом с нею, которые на своих спинах, прикрываясь лозунгом Учредительного собрания, желают навязать народу вместо власти рабочих и крестьян власть помещиков и капиталистов, как это и было до Октябрьской революции. Напоминаю, что главная цель капиталистов
и помещиков на спинах социалистов-революционеров ввести самодержавие, о чем пока говорят робкие маневры их, вроде открытия в Самаре памятника Александру II после взятия этого города чехословацкими мятежниками. Вдумайтесь в это, товарищи рабочие и крестьяне, соберите всю силу духа, используйте весь имеющийся у вас запас материальных и технических сил и средств, встаньте как один, создайте стройные боевые единицы, выступите все на защиту чести республики и революции.