Тем временем постепенно сформировались задачи Исполнительного органа специальных операций, скорректированные после провала первоначального замысла сосредоточить в нем не только диверсионные и партизанские, но и пропагандистские операции. Осенью 1940 года были установлены приоритетные линии и направления, разбитые на три группы по степени важности:
I приоритет. Моральный дух итальянцев, железнодорожное сообщение между Италией и Швейцарией, коммуникации противника и снабжение его войск во Франции, Бельгии и Голландии, коммуникации Румынии с Германией и Италией, коммуникации противника на Среднем Востоке и нефть, подготовка к разрушению коммуникаций противника в Болгарии и Югославии, подготовка к разрушению коммуникаций противника в Испании и Португалии, подготовка к взаимодействию с собственными силами на атлантических островах, в Танжере, на Балеарских островах, в Испанском Марокко и на юге Испании.
II приоритет. Подготовка к взаимодействию с собственными силами в Тунисе, на юге Италии, на Сардинии и Сицилии.
III приоритет. Подготовка к взаимодействию с собственными силами на юге Норвегии, в Бретани, Шербуре и Бордо, а также в Голландии и Бельгии.
Политическая сторона работы СОЕ строго регламентировалась. На оккупированных территориях он имел право решать любые боевые задачи, согласовывая с министерством иностранных дел лишь общую политическую линию. В свободной зоне Франции следовало учитывать интересы МИД, согласовывая с ним операции только в самых общих чертах. Нейтральные государства объявлялись сферой интересов МИД, у которого следовало получать разрешение на каждую отдельную операцию. Неоккупированные союзные страны не входили в сферу интересов СОЕ, там можно было лишь взаимодействовать с коллегами с санкций правительств этих государств. В Латинской Америке действовать следовало так же, как в нейтральных странах. На момент образования Исполнительный орган специальных операций принял на связь всю агентуру своих предшественников и располагал 3 агентами в США, 3 в Венгрии, 12 в Югославии, 7 в Румынии, 7 в Греции, 6 в Турции и некоторым количеством сомнительных связей на Среднем Востоке .
Структура СОЕ постепенно сбалансировалась. После переформирования СО-1 в ПВЕ фактически весь Исполнительный орган специальных операций представлял собой СО-2, ранее состоявший из Разведывательной секции, Оперативной секции и Военного крыла. В связи с этим отпала необходимость в промежуточном подразделении, и этот уровень управления был ликвидирован. Во главе новой организации стоял исполнительный директор, которому подчинялся совет, своего рода коллегия ведомства. Каждый из членов совета имел свое кодовое обозначение и руководил соответствующими подразделениями:
AD/A, он же заместитель исполнительного директора (Ч. Хэмбро):
секция связи в области пропаганды (DQ);
директорат S:
скандинавская секция;
бельгийская секция;
голландская секция;
директорат X:
германская секция (X);
иберийская секция (Н);
запади о-африканская секция (W);
североафриканская секция;
D/Fin (капитан Дж. Венер):
финансовая секция;
AD/Z (подполковник Ф.
Дэвис):
директорат разведки и планирования (L):
секция разведки и планирования;
секция безопасности;
секция связи с армией;
секция связи с ВМС;
секция связи с ВВС;
французская секция (F);
американская секция (U);
секция связи с СИС (D/T);
секция оборудования и снабжения (Е);
М (бригадир К. Габбинс):
польская секция;
чехословацкая секция;
оперативная секция;
учебная секция.
Как видно из перечня, не все секции имели кодовые обозначения. В дальнейшем функции подразделений менялись, в связи с чем они разделялись, переименовывались, ликвидировались и создавались новые. Например, операции во Франции, в принципе, относились к компетенции секции F, однако непосредственно связанными с движением Свободная Франция акциями занималась RF, а французами в Алжире ведала секция AMF. Весьма развиты были секции Т (Бельгия и Люксембург) и Н (Голландия). Польская секция отличалась от других тем, что подчинялась не только СОЕ, но и 4-му отделу штаба действовавшей в стране повстанческой Национальной армии (Армия Крайова, АК). Кроме региональных, в центральном аппарате имелись и подразделения, ведавшие финансами, связью, разведкой и безопасностью, а также связью с Британской миссией по координации безопасности (БСК), которая руководила всеми операциями секретных служб в Западном полушарии, независимо от их подчиненности. Все территориально-оперативные секции проводили агентурные операции. К 1942 году общая штатная численность организации составила 3226 человек, из которых в Великобритании работали 2153, на Ближнем Востоке 608, в Северной и Южной Америках 100, на Дальнем Востоке и в Индии 203, в остальных регионах 162 . Приведенные величины относятся лишь к штатным сотрудникам и не учитывают институт сотрудников-совместителей.
С течением времени концепция использования СОЕ изменялась, а вслед за этим соответствующим образом корректировалась его структура. В июне 1944 года во главе организации стоял исполнительный директор (CD), которым к этому времени стал бригадир Колин Габбинс, одновременно являвшийся главой совета. Ему подчинялся вице-директор (V/CD), заместители и помощники, а также главы директоратов, руководившие соответствующими направлениями: