Немцы несли большие потери убитыми и ранеными при авариях планеров во время приземления и от упорной обороны англо-греческих войск. В районе аэропорта Малеме один батальон, сброшенный восточнее аэродрома, попал на занятые противником позиции на командующих высотах и был почти полностью уничтожен. Парашютисты другого батальона, приземлившиеся западнее аэродрома, были вынуждены с пистолетами и гранатами
в руках пробиваться через пулеметные позиции к сброшенным контейнерам с оружием. Только резервный батальон, сброшенный в район, где не было противника, смог начать наступление для захвата аэродрома.
К концу дня немцам удалось взять штурмом аэропорт в Малеме, куда стали приземляться транспортные самолеты. Это и решило исход операции. Общая численность немецких солдат, переброшенных по воздуху, достигла примерно 22 тыс. человек. Действия же десантов против аэродромов в Ретимноне и Гераклионе не имели успеха.
Провалом окончилась и попытка осуществления немцами высадки морских десантов. 2122 апреля они были разгромлены кораблями английского флота на подходе к острову. Большая часть судов пошла ко дну вместе со своим грузом. Остальные были вынуждены повернуть обратно. Успешно прошла лишь высадка итальянского десанта на востоке острова. Но и английские корабли понесли большие потери от непрерывных атак немецкой авиации. Два крейсера и два эскадренных миноносца были потоплены, один линкор и два крейсера тяжело повреждены. Такие потери были для англичан слишком тяжелыми. Английский флот был вынужден отойти от Крита.
Лишь полное господство в воздухе немецкой авиации дало возможность в последующие дни перебросить новые части горно-стрелковой дивизии, которые очистили от упорно оборонявшихся новозеландцев район вокруг аэродрома Малеме радиусом до 3,5 км.
Теперь немцы могли подвезти по морю вооружение и организовать снабжение войск. Силы, переброшенные на транспортных самолетах в Малеме, были достаточны, чтобы перейти к постепенному захвату острова. К 27 мая немецкие войска взяли Канию и очистили западную часть Крита.
После этого командующий английскими войсками на Крите генерал Фрейберг был вынужден в ночь на 28 мая начать эвакуацию войск, закончившуюся ночью 31 мая. Она сопровождалась постоянными налетами немецкой авиации. В целом удалось эвакуировать 16,5 тыс. чел., в том числе около 2 тыс. греков. Остальные попали в плен или были убиты. Потери флота составили свыше 2 тыс. человек. Были потоплены 4 крейсера и 6 эсминцев, серьезные повреждения получили 13 других кораблей, в том числе 4 линкора и единственный имевшийся тогда в составе английского Средиземноморского флота авианосец.
Немцы лишились около 4 тыс. человек убитыми и около 2 тыс. ранеными. Число убитых значительно превышало показатели балканской кампании. При этом немцы потеряли в основном элитных воинов единственной тогда у них парашютной дивизии. Известие о таком высоком уроне потерь крайне расстроило Гитлера, и он больше не прибегал к подобным крупным воздушно-десантным операциям. Отчасти благодаря этому впоследствии не был взят остров Мальта.
Несмотря на крупные потери, взятие Крита стало крупным стратегическим успехом стран «оси». Действия британского флота в Средиземном море были еще больше стеснены, связь с островом Мальта затруднена, а нефтяные районы Румынии оказались вне досягаемости английских бомбардировщиков. Крит вместе с итальянским островом Родосом образовывал удобную позицию для ведения дальнейших операций в восточной части Средиземного моря.
Правда, британцы по праву могли себя утешить победой в Атлантике, где они в тот момент потопили лучший германский линкор «Бисмарк». Это, кстати, отрезвляющее подействовало на Турцию, которую немцы пытались привлечь на сторону «оси». Турки трезво оценили два эти события и подвели неутешительный для рейха итог: «у англичан еще много островов, а второго Бисмарка у немцев нет».
Если же говорить о возможностях, которые давал захват Крита, как, впрочем, и победы в Ливии, то они так до конца и остались неиспользованными. Балканская и североафриканская кампании первой половины 1941 года были лишь ступенями в борьбе за Средиземноморье и их успех имел промежуточный характер. Окончательная победа в борьбе за данный регион могла наступить только в случае переброски сюда более крупных германских сил.
Кстати, подобный вариант рассматривался в ноябре 1940 года в докладной записке адмирала Редера. После провала воздушной битвы за Англию он изложил Гитлеру южный план удушения Британской империи с помощью захвата Средиземноморья. Данный проект был более реально выполним и менее затратен, чем, к примеру, план «Барбаросса».
При привлечении дополнительных немецких сил Германия и Италия были вполне в состоянии захватить Египет, установить контроль над Ближним Востоком. Задача облегчалась еще и тем, что среди местного арабского населения были сильны антианглийские настроения. За счет своих успехов в данном регионе Германия вполне могла заполучить себе в союзники Испанию, вишистскую Францию, Иран и Турцию.
Подобный сценарий сулил странам «оси» полное изгнание из Средиземного моря английского флота, контроль над нефтяными богатствами Арабского Востока и создавал прямую угрозу британским колониям в Индии.