Никаких юридических доказательств того, что Чернышевский являлся автором прокламации «Барским крестьянам», в руках следствия не было. Царское правительство использовало подлог и лжесвидетельство.
Чернышевский был признан виновным в «противозаконных сношениях с изгнанником Герценом», в «сочинении возмутительного воззвания к барским крестьянам» и «приготовлении к возмущению», признан «особо вредным агитатором». Его приговорили к 14 годам каторжных работ. Этот срок был сокращен наполовину. В действительности же Чернышевский пробыл в Сибири 20 лет.
Прежде чем отправить на каторгу, над Чернышевским совершили обряд гражданской казни. 19 мая 1864 года он был привезен на Мытнинскую площадь (сейчас на этом месте находится сад имени Чернышевского), там был сооружен
помост, на котором возвышался столб с цепями. Публика стала стекаться с самого утра. По подсчетам полицейских агентов, собралось около 3 тысяч человек.
Чернышевского поставили к столбу, продев его руки в кольца, прикрепленные к цепям. На груди его висела дощечка с надписью: «Государственный преступник» Началось чтение приговора. Из толпы к эшафоту полетел букет ярко-красных цветов После чтения приговора палач сломал над головой Чернышевского шпагу. Вслед карете, увозившей его, неслись крики: «Прощай, наш товарищ! Прощай, наш учитель!»
В. И. Ленин высоко ценил деятельность Чернышевского. «Чернышевский, писал В. И. Ленин в статье Крестьянская реформа и пролетарски-крестьянская революция, был социалистом-утопистом, который мечтал о переходе к социализму через старую, полуфеодальную, крестьянскую общину, который не видел и не мог в 60-х годах прошлого века видеть, что только развитие капитализма и пролетариата способно создать материальные условия и общественную силу для осуществления социализма. Но Чернышевский был не только социалистом-утопистом. Он был также революционным демократом, он умел влиять на все политические события его эпохи в революционном духе, проводя через препоны и рогатки цензуры идею крестьянской революции, идею борьбы масс за свержение всех старых властей».
В 1863 году в Секретном доме находился один из соратников Чернышевского сотрудник журнала «Современник» Н. В. Шелгунов, известный писатель-публицист.
6070-е годы в истории России были отмечены широким распространением революционных народнических идей. Народники не отвергали факта появления капитализма в России, но считали его для России явлением случайным и отрицали неизбежность капиталистического пути развития. Народники в крестьянской общине видели ячейку будущего социалистического общества. Основной революционной силой в России они считали крестьянство, а крестьянскую революцию переворотом, ведущим к социализму.
В Петропавловской крепости в 18511854 годах находился один из идеологов народничества М. А. Бакунин, известный своими анархистскими, бунтарскими взглядами.
В 1871 году в крепость был заключен другой идеолог народничества П. Н. Ткачев, яркий, талантливый публицист, подчеркивавший в своих работах особую роль интеллигенции в революционном движении.
В 18741878 годах в тюрьме Трубецкого бастиона содержалась большая группа народников, участников «хождения в народ»: Д. М. Рогачев, С. Ф. Ковалик, Н. А. Чарушин, П. А. Кропоткин и другие. Они вели пропаганду и среди рабочих Петербурга, считая их наиболее восприимчивыми к социалистическим идеям, и готовили рабочих для пропагандистской работы в крестьянской среде.
В конце 1876 года в Петербурге возникла народническая организация «Земля и воля». В крепости находились землевольцы М. А. Натансон, А. Ф. Михайлов, В. Ф. Трощанский и другие.
В 1879 году в результате раскола «Земли и воли» возникла новая тайная организация народников «Народная воля» (в нее входили М. Ф. Фроленко, В. Н. Фигнер, С. Л. Перовская, А. И. Желябов, А. Д. Михайлов и другие).
Приняв название «Народная воля», новая организация, по словам В. Н. Фигнер, считала себя выразительницей воли народа и объявляла беспощадную войну самодержавному правительству.
«Война, говорилось 1 января 1880 года в Народной воле (печатном органе организации), начата не на жизнь, а на смерть Из этой ожесточенной схватки нет другого исхода: либо правительство сломит движение, либо революционеры низвергнут правительство».
В программе «Народной воли» обстановка в России характеризовалась как полное экономическое и политическое рабство народа. Над ним стоят эксплуататорские силы, создаваемые и защищаемые государством. Народовольцы считали, что государство является единственным притеснителем народа, и поэтому, чтобы осуществить волю народа (его право на землю, на общинное и местное самоуправление, на власть, на свободу совести и слова), надо произвести политический переворот, уничтожить самодержавное государство и передать власть народу.
Программа «Народной воли» определяла роль партии в этой борьбе. Партия должна была взять на себя почин революционного переворота. Программа не исключала возможности народной революции, указывала на необходимость связи с массами.
В стремлении «привлечь к своей организации всех недовольных и направить эту организацию на решительную борьбу с самодержавием» В. И. Ленин видел «великую историческую заслугу» народовольцев.