Петрашевец Д. Д. Ахшарумов, вспоминая потом гражданскую казнь, писал: «Момент этот был поистине ужасен. Видеть приготовление к расстрелянию, и притом людей, близких по товарищеским отношениям, видеть уже наставленные на них почти в упор ружейные стволы и ожидать вот-вот прольется кровь и они упадут мертвыми, было ужасно отвратительно, страшно Сердце замерло в ожидании, и страшный момент этот продолжался с полминуты. При этом не было мысли о том, что и мне предстоит то же самое, но все внимание было поглощено наступающею кровавою картиною. Возмущенное состояние мое возросло еще более, когда я услышал барабанный бой, значение которого я тогда, как не служивший в военной службе, не понимал. Вот конец всему. Но вслед за тем увидел я, что ружья, прицеленные, вдруг все были подняты стволами вверх. От сердца отлегло сразу, как бы свалился сдавивший его камень».
Эту инсценировку казни пережил вместе с другими петрашевцами, приговоренными к смерти, и Ф. М. Достоевский.
Усиление реакции в последние годы царствования Николая I не остановило развития русского освободительного движения, вступавшего в новую фазу: на исторической арене появились революционеры-демократы 60-х годов. Главной трибуной демократического движения в России стал журнал «Современник».
Революционеры-демократы поставили своей ближайшей целью путем революционного обращения к народу, ко всем слоям русского общества вовлечь их в борьбу с самодержавием. Правительство бросило против революционных демократов хорошо организованный аппарат секретного розыска, жандармерию и полицию. Начались многочисленные аресты, заполнялись тюрьмы. Немало заключенных в 6080-е годы
оказалось и в Петропавловской крепости.
Осенью 1861 года в Петербурге были произведены массовые аресты учащейся молодежи, принимавшей участие в студенческих волнениях. Хотя поводом к ним послужили издание новых правил для студентов, закрытие студенческой кассы и библиотеки, повышение платы за обучение и т. д., события осени 1861 года приняли явно политический характер. Правительство закрыло Петербургский университет. В Петропавловской крепости оказалось более 300 студентов.
14 октября 1861 года в крепость был брошен М. Л. Михаилов поэт, переводчик, публицист, обвинявшийся в написании прокламации «К молодому поколению». Михайлов был осужден на каторгу.
3 ноября 1861 года последовали арест сотрудника журнала «Современник» В. А. Обручева и заключение его в Секретный дом Алексеевского равелина.
В июле 1862 года туда же были заключены Н. А. Серно-Соловьевич и армянский общественный деятель и писатель М. Л. Налбандян. Они обвинялись в сношениях с А. И. Герценом и Н. П. Огаревым, которые еще в 50-е годы создали за границей вольную русскую прессу. В «Полярной звезде» и «Колоколе» они клеймили крепостничество, разоблачали самодержавно-полицейский деспотизм.
В июле 1862 года был заключен в Невскую куртину критик Д. И. Писарев, пробывший в одиночном каземате более четырех лет. Он был арестован за написание статьи-прокламации, обращенной к молодежи. В этой прокламации Д. И. Писарев разоблачал подлые намерения агента русского правительства барона Фиркса, под псевдонимом Шедо-Ферроти написавшего грязную книжонку, стремившуюся опорочить А. И. Герцена. Писарев не только защищал Герцена от клеветы, но и призывал к революционному действию. «Династия Романовых и петербургская бюрократия должны погибнуть говорилось в заключение статьи. Нам останется только дать им последний толчок и забросать грязью их смердящие трупы». Свою статью Писарев передал для напечатания в тайную типографию, но ее раскрыла полиция, была обнаружена и рукопись Писарева.
В заключении Писарев занимался литературной работой. Здесь он написал 25 литературно-критических статей, в том числе «Реалисты», «Промахи незрелой мысли» и другие. Они полны оптимизма и призывали к борьбе за торжество справедливости.
7 июля 1862 года двери камеры захлопнулись за Н. Г. Чернышевским идейным вождем революционной демократии 60-х годов. Он обвинялся в написании листовки «Барским крестьянам от их доброжелателей поклон».
Листовка разъясняла подлинную суть реформы 19 февраля 1861 года и «воли», которую она предоставляла бывшим крепостным крестьянам. Прокламация призывала крестьян готовиться к восстанию. Реформу, подготовленную и проведенную крепостниками, Чернышевский назвал «мерзостью», «новым крепостным правом».
К аресту Чернышевского различные круги русского общества отнеслись по-разному. В кругах реакционеров наступило ликование. Один из анонимных авторов писал в III отделение: «Спасибо вам, что засадили Чернышевского спасибо от многих. Только не выпускайте лисицу пошлите его в Солигалич, Яренск, что-нибудь в этом роде это опасный господин, много юношей сгубил он своим ядовитым влиянием».
Но среди демократической интеллигенции, особенно молодежи, арест Чернышевского вызвал негодование. Его имя не сходило с уст. От лица этой интеллигенции писала Чернышевскому в тюрьму неизвестная женщина: «Благословение Вам, честнейший, благороднейший Николай Гаврилович, благословение от женщины, за всех мужчин и женщин от женщины, матери семейства, от женщины, никогда Вас не видавшей, но хорошо Вас знающей, потому что Вас знают и сочувствуют Вам, благоговеют перед Вами все люди мыслящие и честные. Где бы Вы ни были, Вас всюду сопровождать будет глубокое и задушевное сочувствие лучших людей, потому что Ваши убеждения их убеждения, их правила, их судьба».