Заговору или народной революции должна была предшествовать
пропаганда социалистических идеалов партии и агитация за их претворение в жизнь.
Одним из средств борьбы был террор. Но народовольцы никогда не выдвигали его на первое место. Они считали его оборонительной, агитационной и революционно-воспитательной мерой. Однако на практике террор стал главным орудием борьбы партии и постепенно занял все силы, отвлекая народовольцев от работы в массах. Это объяснялось тем, что теория, на которую опиралась «Народная воля», как отмечал В. И. Ленин, «в сущности была вовсе не революционной теорией». Народовольцы «не умели или не могли неразрывно связать своего движения с классовой борьбой внутри развивающегося капиталистического общества».
В начале 80-х годов состоялось несколько судебных процессов над членами «Народной воли», осуществившей 1 марта 1881 года казнь Александра II. Это «процесс 16-ти» в 1880 году, «процесс первомартовцев» в 1881 году, «процесс 20-ти» в 1882 году, «процесс 17-ти» в 1883 году, «процесс 14-ти» в 1884 году. На этих процессах слушались дела 73 народовольцев. Многие из них были заключены в тюрьму Трубецкого бастиона и Секретный дом Алексеевского равелина. Царский суд вынес 26 смертных приговоров. 10 из них были приведены в исполнение (казнили А. А. Квятковского, А. К. Преснякова, А. И. Желябова, С. Л. Перовскую, Н. И. Кибальчича, Т. М. Михайлова, Н. И. Рысакова, Н. Е. Суханова, Н. М. Рогачева, А. П. Штромберга). Остальным смертная казнь была заменена каторгой.
Из осужденных по этим процессам до перевода в Шлиссельбургскую крепость (то есть с 1880 по 1884 г.) умерли С. Г. Ширяев, Л. Д. Терентьева, А. Д. Михайлов, Н. Н. Колодкевич, М. В. Тетерка, Н. В. Клеточников, М. Р. Ланганс, А. И. Баранников.
В 1887 году в тюрьму Трубецкого бастиона были заключены члены террористической фракции «Народной воли». Они обвинялись в подготовке покушения на Александра III. Пятеро из них А. И. Ульянов, В. Д. Генералов, П. Я. Шевырев, П. И. Андреюшкин, В. С. Осипанов были казнены в мае 1887 года в Шлиссельбургской крепости.
Отмечая ошибочность теоретических воззрений народников, отвергая их метод борьбы путем террора, В. И. Ленин высоко оценил их революционность и героизм: «Они проявили величайшее самопожертвование и своим героическим террористическим методом борьбы вызвали удивление всего мира. Несомненно, эти жертвы пали не напрасно, несомненно, они способствовали прямо или косвенно последующему революционному воспитанию русского народа. Но своей непосредственной цели, пробуждения народной революции, они не достигли и не могли достигнуть.
Это удалось только революционной борьбе пролетариата».
Развитие капитализма в России во второй половине XIX века выдвигает на арену политической борьбы с самодержавием рабочий класс. Передовые рабочие пытаются найти свои пути борьбы, создать рабочие организации.
В 1879 году узником тюрьмы Трубецкого бастиона становится один из создателей первой самостоятельной рабочей организации Петербурга Виктор Обнорский. Организация, созданная В. П. Обнорским и С. Н. Халтуриным, носила название «Северный союз русских рабочих». Союз заявил о своем существовании в конце декабря 1878 года принятием программы, целью которой было «ниспровержение существующего политического и экономического строя государства, как строя крайне несправедливого». Девизом «Северного союза русских рабочих» стали слова: «На нас, рабочих, лежит великое дело освобождения себя и своих братьев». Появление союза означало новый крупный шаг в развитии рабочего движения. Ближайшая задача союза завоевание политической свободы. «Северный союз» просуществовал недолго, так как после ареста В. П. Обнорского в 18791880 годах были арестованы и другие его члены.
Быстрое развитие капитализма, рост промышленного пролетариата создают благоприятную почву для распространения марксистских идей в России. Но существовали еще и народовольческие организации. В 1894 году по делу организации «Группа народовольцев» был арестован и заключен в тюрьму Трубецкого бастиона М. С. Ольминский.
Рост рабочего движения, деятельность марксистских кружков подготовили третий, пролетарский период революционного движения, который начинается с 1895 года.
Именно в этом году в Петербурге В. И. Лениным создается единая социал-демократическая нелегальная организация «Союз борьбы за освобождение рабочего класса». Этот союз, по словам В. И. Ленина, был первым серьезным зачатком революционной партии, которая опирается на рабочее движение и руководит классовой борьбой пролетариата.
С выступления пролетариата, как самой
могучей революционной силы, началась новая мрачная страница истории Петропавловской крепости тюрьмы. Ее узниками становятся пролетарские революционеры.
В 18961898 годах в тюрьме Трубецкого бастиона находились А. С. Шаповалов, Ф. В. Ленгник, М. А. Сильвин, З. П. Невзорова, Н. Э. Бауман члены петербургского «Союза борьбы за освобождение рабочего класса».
За распространение общерусской марксистской газеты «Искра» в октябре 1901 года в тюрьму Трубецкого бастиона был заключен В. П. Ногин, а в 1902 году П. К. Флегонтов.