Упоминавшийся ранее Мисина Сёэй выдвинул в 70-е годы теорию о том, что «Нихон сёки» было написано раньше, чем «Кодзики», и именно «Кодзики» представляет собой обдуманный и зрелый плод новой идеологии двора Ямато. Сходным образом объясняет расхождения «Кодзики» и «Нихон сёки» Окада Сэйдзи . По интерпретации последнего, «Нихон сёки» представляет собой шаг назад по сравнению с новой мыслью «Кодзики».
Выступая против этих теорий в духе исторической эволюции, Кооноси пишет, что манера писать исследования типа «мифы Кодзики и Нихон сёки» в конечном счете заводит в тупик и не дает результатов ни по «Кодзики», ни по «Нихон сёки». С точки зрения этого автора, рассматривая эти два текста по отдельности и лишь потом сопоставляя, можно увидеть в них гораздо больше.
Отправной точкой для него служит фиксируемая им разность космологий. Принцип инь-ян, заимствованный из Китая, считает он, становится в «Нихон сёки» космологическим началом, посредством которого излагается все сущее. Этот принцип воплощают Изанаки-Изанами, породившие весь мир, вплоть до богов Солнца и Луны, поэтому естественно, что понятие Равнины Высокого Неба оказывается ненужным. При этом, в отличие от «Кодзики», где Изанами, родив бога огня, умирает и отправляется в Страну Мрака, в «Нихон сёки» (в основной версии) Изанами вовсе не умирает, Страна Мрака в этом сюжете «Нихон сёки» не фигурирует, да и, как доказывает Кооноси в другой своей работе, в ней вовсе и не темно .
Как пишет Кооноси, различия между «Кодзики» и «Нихон сёки» принято объяснять как стадиальные, или ссылаться на то, что «Нихон сёки» предельно китаизированный текст, однако с его точки зрения миф об Изанаки-Изанами именно в «Нихон сёки» впервые обретает конкретное оформление и даже, решается сказать исследователь, впервые становится мифом мифом о сотворении земли посредством двух начал Инь-Ян, выраженных рождением сначала божеств мужского пола, затем становлением принципа инь-ян и появлением пары первопредков.
По Кооноси, «Кодзики» и «Нихон сёки» находятся в отношениях взаимодополнительности
и в сфере языка записи. Фиксирование знаками собственной мифологической истории означало поиск и утверждение самоидентичности, которая на уровне письма находилась в то время между китайским и японским языками. Отсюда запись «Кодзики» по-китайски, но таким китайским языком, который легко конвертируется в японское прочтение и, по мнению многих, в случае «Кодзики» для того и предназначен. «Нихон сёки» же записано на так называемом «чистом камбуне», однако, в свете этой точки зрения, становится понятно, пишет Кооноси, почему чуть ли не с первого дня существования «Нихон сёки» непременным требованием было прочтение его на японский лад .
Таким образом, в настоящее время есть две методики интерпретации мифов «Нихон сёки» как один из вариантов мифологической истории, наряду с «Кодзики» восходящий к «протомифу», или же как более или менее самостоятельный мифологический мир.
Теория Кооноси в принципе представляется вполне приемлемой, во всяком случае, такое прочтение открывает ряд новых возможностей для исследования.
Еще один способ исследования «Кодзики» и «Нихон сёки» представлен в достаточно авторитетной ныне теории, выдвинутой известными японскими историками древности. Как уже говорилось, японские мифы принято делить на три основные группы линия богов Равнины Высокого Неба, группа мифов о схождении на землю в области Кюсю первопредка императора Ниниги-но микото и линия богов Идзумо. Так вот, по мнению Окада Сэйдзи и Мацумаэ Такэси две первых представляют собой обрядовые мифы, отражающие принятые при дворе Ямато ритуалы. Ритуалы же эти, в свою очередь, были впоследствии определены в кодексах «Ёрорё» и «Энгисики». В трудах этих историков установлены следующие соответствия: 1) миф о порождении островов первопредками-сиблингами Изанаки-Изанами обряд Восьми Великих Островов (Ясосима-но мацури), то есть ритуал, по-видимому, предшествовавший Празднику Великого вкушения урожая (Оониэ-но мацури) и составлявший стержень церемонии возведения на трон; 2) миф о порождении той же первопарой бога огня, завершающий процесс порождения богов, обряд усмирения огня (Хи-сидзумэ-но мацури); 3) омовение Изанаки на побережье обряд пиров на дорогах (Митиаэ-но мацури); 4) эпизод, связанный с пребыванием Аматэрасу в ткацкой зале, предшествующий ее сокрытию в Небесной пещере обряд ткания одежд для богов (Каму-мисо-но мацури) при храме Исэ; 5) миф о затворении Аматэрасу в Небесной пещере ритуал переноса храмов Исэ через определенные промежутки времени с места на место; 6) танец Амэ-но удзумэ ритуал усмирения души [императора] (Тама-сидзумэ-но мацури); 7) изгнание Сусаново с Равнины Великого Неба ритуал Великого изгнания скверны (Оохараи); 8) схождение Небесного внука Ниниги с неба на землю предварительный ритуал возведения на трон в связи с началом нового года; 9) повествование о посещении дворца морского царя из мифов Кюсю обряд подношения богам и вкушения плодов нового урожая (Ниинамэ-но мацури) и ежемесячные ночные обряды угощения богов.