По мнению Мацумото Нобухиро, сюжет о браке демиургов Изанаки-Изанами сходствует с фольклорными мотивами Юго-Восточной Азии, рождение ими островов, смерть Иванами и ее уход в страну мертвых с полинезийскими сюжетами. Ссора Аматэрасу с Сусаново и ее сокрытие в пещере со сказками южно-китайского племени мяо.
Такого рода соображений можно было бы привести немало. К сожалению, на основании таких гипотез трудно судить достоверно, пришли ли на Острова носители этих сюжетов, или сюжеты оказались просто занесены, откуда они явились и когда это произошло.
Авторитетнейший исследователь японской мифологии Мисина Сёэй различает три разные стадии изменений в состоянии мифологических воззрений древних японцев. Первая период Яёи (около 200 г. до н. э. 250 г. н. э.) эпоха совершения обрядов, лишенных политического аспекта и сопровождаемых магическими действиями. Вторая относится к 250500 гг. н. э. периода Кофун и характеризуется мифами, сфокусированными на ритуалах урожая и земного плодородия. В это время власть двора Ямато распространяется на все более обширные территории, и мифы начинают отражать подчинение местных вождей центральному. На третьей стадии, по Мисина, в мифах начинают преобладать политические тона, и в это время, то есть в VIVII веках, происходит их письменная регистрация.
Разумеется, помимо теории Мисина есть и другие, в частности, гипотеза Мацумаэ Такэси, который восстанавливает историю синто как переход от анимистических форм природных культов к их антропоморфизации, учреждению специальных мест поклонения и отбору группы анимистических духов в качестве родовых божеств местных кланов. Затем, в VIIVIII веках, происходит оформление части этих верований и ритуалов в рамках государственного строительства и под влиянием заимствованных религиозных концепций. Таким образом, практически с самого начала, по мнению Мацумаэ, возникают два разных, но постоянно взаимодействующих течения локальный прихрамовый синтоизм и государственный синтоизм, связанный с культом центрального вождя раннего государства (то есть верховного правителя, получившего титул тэнно) .
При всей разноречивости и разнонаправленности теорий, трактующих мифы «Кодзики» и «Нихон сёки», эти теории, как правило, исходят из постулата о существовании некоей, пусть нестройной, но единичной совокупности мифов, отраженных в «Кодзики» и «Нихон сёки», и разные версии, представленные в этих двух сводах, рассматривают именно как версии одного и того же мифологического сюжета, расходящиеся по причине закономерной вариативности фольклорных текстов, восходящих, тем не менее, к единому мифологическому образу. Эта интерпретация продолжает линию, начатую японским историком-новатором Цуда Сокити .
Сейчас, однако, появляются и другие точки зрения на этот предмет. В частности, Кооноси Такамицу, представитель новейшего течения среди исследователей сводов, предполагает наличие двух разных идеолого-мифологических систем, к которым, соответственно, восходят два эти свода . С его точки зрения, общепринятое выражение «мифы Кодзики и Нихон сёки» абсурд, не имеющий под собой никаких оснований. Он пишет: «Уровень, на котором произведение существует как целостное образование, это не совокупность эпизодов, а тот уровень, на котором возникает его структура и логика Так, применительно к Нихон сёки средоточие всех вопросов космология Инь-Ян, для Кодзики, как показал в своей работе 1972 г. Археологические слои исторического сознания Маруяма Macao, это космология типа мусухи. Здесь миром движут боги, представляющие начало мусухи, то есть энергию как таковую. И только когда мы выйдем на тот уровень памятников, где обретается эта космология, или, иначе говоря, ведущий тип сознания или способ видеть мир в целом, только тогда мы действительно получим доступ к этим двум текстам».
Другими словами, по мнению Кооноси, «Кодзики» и «Нихон сёки» надо рассматривать не как два текста одного и того же мифа, а как два принципиально разных текста. При этом, надо сказать, пишет Кооноси, что «Кодзики» изучено и рассмотрено многократно и с разных сторон, «Нихон сёки» же исследовано довольно мало. Есть работы, трактующие мифы этих двух памятников, много исследований по политической истории того времени, восстанавливаемой по «Нихон сёки», однако при этом «Нихон сёки» часто считается противоречивым, лишенным единства, «незрелым» текстом.
Ряд расхождений между «Кодзики» и «Нихон сёки» представляются фундаментальными, хотя и непонятными. Среди таких фундаментальных числится, например, тот факт, что в «Кодзики» первоимператора Ниниги отправляет с неба на землю богиня Аматэрасу, а в «Нихон сёки» (в основной версии) Таками-мусупи, Аматэрасу же словно и не существует, кроме того, в «Кодзики» центральное место занимает понятие обители богов, Равнины Высокого Неба (Такама-но хара, Такама-но пара), а в «Нихон сёки» (речь снова идет об основных версиях) это понятие почти не упоминается. А между тем это смысловой и идеологический центр японской мифологии, ибо речь идет о мифе о схождении на землю внука богов, прародителя императорского рода.