Смутное время способствовала усилению власти и ее централизации, поскольку центральная власть искала опору не в самоуправляющихся мирах, а в усилении приказной системы. В Смуту местное управление во многих городах сохранялось, поэтому, в интересах централизации власти в его были внесены некоторые коррективы. Воеводы стали назначаться на 12 года из дворян по московскому списку. В их ведении находились приказные избы, копировавшие структуру столичных приказов. Они занимались вопросами обороны, строительства и укреплений дорог, мостов и т. д. Сборами налогов обычно ведали губные старосты и целовальники. Иногда по просьбе горожан (не приграничных городов) царь разрешал обходиться без воевод, а только посредством губных старост.
Особого внимания требовали приграничные города, поскольку Россия была в состоянии войны с Речью Посполитой, Швецией и образовавшимся на юге Астраханским «государством» Марины Мнишек и И. Заруцкого. В 120 городах-крепостях были заменены воеводы и присланы осадные и стрелецкие головы. Им следовало отремонтировать укрепления, провести ревизию вооружения, переписать ратных людей, разделить на сотни и выбрать для каждой начальника голову.
С другой стороны, давние и широкие связи боярского дома Романовых давали возможности ввести в администрацию на разных её ступенях, своих доверенных людей. Свойство родства и простая близость к царствующему дому становится источником придворной и служебной карьеры. Развеянное погромами Грозного и Смутой, старое боярство быстро заменилось новой знатью.
Тушинская распущенность сказалась в нравах деятелей, теперь поднявшихся к власти. Их вымогательства и хищения вызывали ропот; в приказах «дела мало вершились» а брали с ходатаев помногу, потворствуя тем, «за кого заступы великие». В народе осуждали бояр, которых древний враг-дьявол «возвысил на мздоимание», расхищение царских земель, утеснение народа; иноземцы полагали, что такое правление «если останется в теперешнем положении, долго продлиться не может»22 (Исаак Масса). Руководители приказного управления сеяли недовольство, назначая на воеводство и по приказам своих людей, шедших по их примеру.
По идее, воевода, ведая всеми делами своего уезда, должен был быть не самостоятельным наместником, а исполнителем подробных наказов и частных отдельных предписаний столичных приказов, носителем административной централизации. Но, в то же время, запутанность всего дела, неосведомлённость высшей власти и общее расстройство порядка, заставляли предоставлять воеводам полномочия столь же широкие, сколь и неопределённые, требуя от них инициативы и усмотрения, «смотря по тамошнему делу», как окажется «пригоже». Воевода не был «кормленщиком», казённые доходы отправлял в казну, не получал от населения уставных кормов, но и не получал жалования по должности, а «добровольные» дары в благодарность не осуждались ни правительством, ни нравами, и воевода кормился со всем своим приказным людом «от дел».
Такая постановка должности открывала широкий простор для лихоимства, вымогательства, произвола и казнокрадства. Нравственный уровень русской администрации всегда был невысок, а теперь же был ещё больше отравлен навыками «разрух», а общая её организация, при отсутствии контроля и ответственности, не оставила сколько-нибудь действенных сдержек. Население роптало на воеводскую власть, ненавидело приказных людей, а былые органы его самоуправления оказались подавленными этой новой силой и превратились в простых исполнителей её распоряжений, неся при них чёрную административную работу. Только тяжкая нужда и горькие воспоминания Смуты, сознание национальной опасности и влияние Земских соборов сдерживали, до поры до времени, раздражённое народное настроение, и правительственная машина, при всех своих коренных недостатках, заработала, устраняя, шаг за шагом, наиболее резкие последствия пережитой разрухи, но и не более того, укрепляя тем чиновничье-административную деспотию центральной власти.
В первый год царствования Михаила Фёдоровича особую тревогу правительства вызывал Астраханский «господарь» Заруцкий. Точнее, был опасен не сам Заруцкий, сколько его влияние на неустойчивую казацкую среду. Объединившись с ним, казаки могли вновь дестабилизировать ситуацию в стране. Поэтому, по инициативе царя по всем городам были разосланы грамоты, сообщавшие о новом законном правительстве, вернувшем людям прежний порядок и призывавший казаков и всех людей, ещё не оставившие злые дела, служить Земле и государю; всех, кто «придёт в чувство», ожидало полное прощение. Призывы эти имели своё определённое действие, разлагая силы врагов порядка. Где уговоры не помогали, применялся военный нажим. Вместе с тем, само население продолжало дело местной самообороны. Именно с помощью местных сил и был сломлен главный внутренний враг.
Прибыв в Астрахань, Заруцкий, казнив местного воеводу, князя И. Хворостинина, и некоторое число верных ему соратников, отправил в Персию послов, с просьбой к шаху Аббасу принять его в качестве вассала и оказать ему помощь в овладении Московским престолом. Одновременно с этим, он обратился к волжским и терским казакам с призывом идти вместе с ним в поход на Москву. Однако большинство казаков, уже уставших от войны, могло убедиться в законности избранной власти, и потому на призыв Заруцкого отозвалась только небольшая часть молодых казаков, жаждавших «чужого зипуна». В Астрахани Заруцкий, поддерживаемый прибывшими казаками, и временами именовавший себя царевичем Дмитрием, вёл себя, как главарь самой настоящей разбойничьей шайки. Видя нерасположение к себе местных жителей, он стал притеснять их, что, в конце концов, закончилось их восстанием. Заруцкий вынужден был спасаться за высокими стенами кремля, ощетинившись пушками. К этому времени дозрели и разногласия атамана с гарнизоном Терского городка. Какое-то время, сомневаясь в законности избрания Михаила Фёдоровича, гарнизон поддерживал союзнические отношения с новым астраханским диктатором, но разобравшись в ситуации, решили занять сторону центральной власти. Присягнув царю Михаилу, терские люди снарядили против Заруцкого стрелецкого голову Василия Хохлова с семьюстами ратниками. Когда Хохлов подошёл к Астрахани, жители города тут же примкнули к терским людям, и атаману ничего не оставалось делать, как бежать из города. 12 мая он, вместе с Мариной и «Ворёнком» бежал вверх по Волге. Хохлов нагнал их, побил сопровождавших их казаков и ногайцев, но «венценосной семье» удалось скрыться от преследователей. Они спустились вниз по Волге, вдоль берега моря прошли до устья реки Яик (Урал) и поднялись вверх по течению. В Яицком городке их принял атаман Ус. К этому времени к Астрахани подошло войско князя Одоевского. Узнав о местонахождении атамана, князь отрядил на его преследование две стрелецкие команды, которые, осадив Яицкий городок, в конце июня 1614 г. принудили казаков целовать крест государю Михаилу Фёдоровичу и выдать беглецов. Под сильным конвоем их отвезли в Москву, где состоялся боярский суд. Через два месяца атамана ожидало посажение на кол, несчастного «Ворёнка» петля, Марину скорый конец в башне коломенской темницы. Сторонники Заруцкого были прощены и взяты на царскую службу. Это подняло авторитет молодого царя в казачьей среде. Смерть астраханских властителей положила конец затянувшейся авантюре Лжедмитриев, 10 лет сотрясавших устои Русского государства. Но её последствия ощущались ещё несколько десятилетий.