Если на юге к середине 1614 г. казаки успокоились, то на севере казачьи банды атамана Баловня, наводили страх на жителей Вологодского, Каргопольского и Белозерского уездов. Было решено отправить к «ворам» представителей духовенства и разных чинов, чтобы уговорить их «отстать от воровства» и перейти на царскую службу».
1 сентября 1614 г., от Земского собора в Ярославль была направлена делегация во главе с архимандритами Герасимом и Авраамием для переговоров с казаками. Они смогли уговорить часть казаков влиться в отряд воеводы М. Вельяминова и направиться против шведов. Другие не захотели подчиниться царю и сначала осадили Вологду, Ярославль, а весной 1615 г. подошли к Москве. Эти события заставили активизировать действия царского воеводы Б. М. Лыкова. Он отогнал казаков от Вологды, а в июле разгромил отряды Баловня под Москвой. Руководителей восставших казнили, а простым казакам вновь предложили поступить на царскую службу. Со второй половины 1615 г. стала проводиться перепись всех казаков, распределение по гарнизонам, наделение землями и денежными окладами. Такая политика позволила к 1619 г. покончить с беспорядками, устраиваемыми вольными казаками, и всех их записать на службу.
С первых дней царствования Михаила неотложной задачей было восстановление финансовых средств власти. Поскольку в разорённой стране население оказалось не в состоянии выплатить налоги за Смутные годы, правительство обратилось к богатым промышленникам Строгановым (к ним в трудное время обращался и В. Шуйский). В царской грамоте писалось, что «для крестьянского покоя и тишины» Михаил просит Строгановых дать взаймы денег, хлеба, рыбы, соли, сукон и других товаров. Промышленники не отказали и сначала доли 3000 руб, а потом несколько раз и более крупные суммы.
В целях изыскания финансовых средств, правительство Михаила предприняло попытку собрать налоги за прошлые годы, но она оказалась безнадёжной, времена Смуты развеяли все документы и часто былые оклады оказались вовсе неизвестными; да и применение их на деле стало невозможным, т.к. слишком изменилась в событиях последних лет хозяйственная деятельность. Тогда правительство стало прибегать к займам по доброй воле от всех торговых людей, поскольку ситуация была так тяжела, что если сейчас не помочь, то страну доведут до нового «конечного разорения» и «имения своего всего потеряют». Но следующий 1614 г., с согласия Земского собора было решено ввести чрезвычайные налоги «пятину», т.е. пятую часть всего имущества, но только для торговых людей. На третий год «пятина» становится обязательной для всего посадского населения. А в 1616 г., помимо увеличения прямых поземельных налогов, «пятина» становится обязательной для всего населения. (За период с 1613 од 1619 «пятина» собиралась семь раз, а в годы Смоленской войны ещё два раза).
Кроме основных прямых налогов вводилось много и дополнительных: «стрелецкие деньги» на содержание стрельцов, «мостовщина» плата за перевоз по мосту, «мытные сборы» плата за ввозимые товары на заставах, сбор даточных людей выделение людей либо для военных походов, либо для строительных работ и другие.
Произошли изменения и с владельцами тарханных грамот, ранее освобождёнными от всяческих налогов. Теперь они стали нести отдельные повинности (ямские деньги, стрелецкий хлеб и др.) Вместе с тем, отдельные города в начале царствования убыли освобождены от налогов на срок от 2 до 5 лет. Важную роль для России со временем стал играть экспорт хлеба, особенно выгодный в период европейского хлебного кризиса, вызванного тридцатилетней войной 16181648 гг.
Наиболее тяжёлый удар Смута нанесла по сельскому хозяйству. Грамоты с мест показывали, что в 16131617 гг. в западных районах распахивалось только 5% земельных угодий, в восточных 17%. Численность же сельского населения восстановилась только в 20-х годах XVII в.
В землевладении царила большая неразбериха, поскольку каждый властитель Смутного времени раздавал земли своих врагов приближённым. Поэтому, прежде всего, по царскому указу, размер земельных владений для всех членов Боярской думы, был ограничен 1000 четвертей.
В 1614 г. был вновь издан указ о сыске беглых крестьян, покинувших владельцев с 1 сентября 1605 г. Но землевладельцы сразу поднимают вопрос о трудности розыска беглых в указанный срок, и Троице-Сергиев монастырь первый выхлопотал себе в 16141615 гг. льготу возвращения своих беглых крестьян за 9 и 11 лет со времени побега. Однако, несмотря на ропот дворян и детей боярских на эту привилегию, правительство на первых порах не идёт на крутое усиление крестьянской крепости, не столько из опасений народного недовольства, сколько под давлением землевладельческой знати, сумевшей заполнить свои вотчины чужими крестьянами.
Так слагалась внутренняя политика царя Михаила, по существу такая же, какая была у Московских государей XVI века. Ситуация ухудшалась тем, что во главе её зачастую становились люди, хоть и опытные и умелые, но корыстные и случайные, внёсшие с собой господство интриги и произвола, которое даже иностранцев заставило с нетерпением ожидать возвращения из польского плена митрополита Филарета, отца царя.
Во внешней политике наибольшую опасность для молодого царя представляла Речь Посполитая. Бороться со столь грозным противником в одиночку было трудно. Поэтому уже в первые месяцы избрания Михаила Фёдоровича ко дворам европейских монархов были отправлены посольства с сообщениями о новом русском государе и просьбой о военной и материальной помощи. Однако традиционно дружеские Англия и Голландия денег не дали, ссылаясь на собственные трудности, Австрийский император отнеся к послам холодно, поскольку был союзником Сигизмунда. Правда, Английский король пообещал стать посредником в заключение мирного договора со Швецией и вскоре прислал в Москву своего представителя Джона Меррика.
Отношения с северным союзом также были очень сложными. Значительная часть северо-западных рисских земель вместе с Великим Новгородом находилась под властью короля Густава и он планировал посадить на Московский престол своего брата Карла-Филиппа.
В сентябре 1613 г. под Новгород против шведов были отправлены войска под командованием Д. Т. Трубецкого и Д. И. Мезецкого. С переменным успехом военные действия продолжались до 1615 г.; в этом году шведы осадили Псков, но взять его не смогли. После длительных переговоров при посредстве Д. Меррика 17 февраля 1617 г. в местечке Столбово был подписан мирный договор, по которому России возвращался Новгород с прилегающими землями, Старая Русса, Ладога, Гдов, но Швеции передавались территории по южному и восточному берегам Финского залива, Ивангород, Ям, Копорье, Орешек и Карельского уезда. Таким образом, страна оказалась отрезанной от Балтийского побережья.
России в это время было не до войны. В наказе послам, отправленным в Столбово, Михаил писал: «С шведскими послами никак ни зачем не разрывать, ссылайтесь с ними тайно, царским жалованьем их обнадеживайте, сулите и давайте что-нибудь, чтоб они доброхотали, делайте не мешкая для литовскаго дела и для истомы ратных людей»23. В итоге уже 13 марта 1617 г. Новгород вновь вошёл в состав Русского государства.
После решения вопроса со Швецией, приступили к подписанию мирного договора с Речью Посполитой. Переговоры начались осенью 1616 г. в местечке между Смоленском и Вязьмой. Русские послы требовали вернуть Смоленск и всех пленных. Поляки же хотели отдать только пленных. В интересы польской стороны, вообще не входило налаживание отношений с Москвой, оттого ею постоянно провоцировались обострения общей ситуации. Эти переговоры закончились вооружённым столкновением, польские послы были побиты и взяты в плен. В ответ король отправил на Русь войско во главе с подросшим Владиславом «для отмщения за поругание послов». В апреле 1617 г. он вступил на русскую территорию.